genome.fa.s440.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold440
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  783396

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120853--120893	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
120937--120977	21	2.0	21	85	0	55	14	31	43	9	1.78
120973--121052	33	2.4	33	95	0	142	20	12	52	15	1.74
121046--121109	24	2.7	24	82	0	83	18	10	56	14	1.67
121412--121465	24	2.4	22	78	15	56	50	0	1	48	1.11
122240--122329	45	2.0	45	95	0	162	22	44	24	8	1.81
125317--125391	2	38.0	2	90	2	116	46	4	0	49	1.20
129376--129405	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
129702--129837	56	2.4	56	93	2	229	31	19	18	30	1.95
129917--130256	170	2.0	166	86	5	468	41	19	11	27	1.86
138732--138781	25	2.0	25	84	11	66	26	0	2	72	0.96
138752--138781	16	1.9	15	93	6	51	23	0	3	73	0.98
138834--138875	22	2.0	21	90	4	66	38	4	11	45	1.62
139295--139357	29	2.3	27	84	10	76	41	0	0	58	0.98
139378--139427	20	2.5	20	78	9	50	36	0	2	62	1.07
139516--139579	29	2.1	31	82	5	78	46	0	0	53	1.00
139528--139577	16	3.0	16	75	11	55	50	0	0	50	1.00
145583--145621	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
146654--146737	24	3.6	23	77	16	84	63	0	1	35	1.03
146681--146751	32	2.2	32	85	11	94	57	0	0	42	0.98
146908--146936	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
147966--148004	20	2.0	20	90	5	62	53	5	0	41	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149149--149189	21	2.0	19	86	13	55	60	0	0	39	0.96
152297--152339	11	3.6	12	75	12	52	30	0	0	69	0.88
152302--152374	24	3.1	23	80	11	69	42	0	0	57	0.98
152310--152370	22	2.9	21	79	15	72	44	0	0	55	0.99
152310--152385	24	3.5	22	74	20	63	43	0	0	56	0.99
152306--152387	43	1.9	43	82	5	103	42	0	0	57	0.98
152953--152999	15	3.0	15	75	22	51	46	0	0	53	1.00
165256--165280	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
166866--166927	24	2.6	24	72	23	58	40	1	0	58	1.08
166824--166900	22	3.6	22	77	6	79	45	0	0	54	0.99
167138--167275	10	13.8	10	69	20	58	38	1	0	60	1.06
167148--167212	10	6.4	10	77	15	71	40	1	0	58	1.07
167141--167254	30	3.9	29	78	14	112	39	0	0	59	1.03
167497--167558	28	2.3	25	86	10	79	38	0	1	59	1.07
167531--167571	9	4.3	9	87	6	55	36	0	0	63	0.95
167531--167571	19	2.2	19	91	8	66	36	0	0	63	0.95
167504--167581	22	3.3	23	73	19	72	37	0	1	61	1.04
168338--168489	23	6.6	23	70	17	84	63	7	5	23	1.40
168438--168485	26	1.9	24	84	16	62	68	8	6	16	1.35
168523--168592	26	2.7	26	83	16	92	68	17	4	10	1.34
168521--168633	27	4.6	25	73	17	92	66	15	4	13	1.40
168521--168636	24	4.7	24	74	16	85	66	15	4	13	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169279--169327	13	3.5	13	79	15	62	46	0	0	53	1.00
169269--169327	29	2.0	29	100	0	118	52	0	0	47	1.00
169356--169383	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
169588--169637	20	2.6	18	81	12	55	58	0	0	42	0.98
169767--169808	21	2.0	21	90	9	68	54	0	0	45	0.99
170117--170389	143	1.9	142	90	1	440	31	8	9	50	1.63
170773--170800	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
170981--171011	15	2.1	15	93	0	53	45	0	9	45	1.36
173847--173886	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
175205--175234	6	5.0	6	91	0	51	50	3	0	46	1.18
175450--175490	19	2.2	19	95	0	73	65	0	0	34	0.93
175450--175485	11	3.5	11	82	17	51	66	0	0	33	0.92
176120--176167	20	2.4	20	79	6	53	54	0	0	45	0.99
176152--176192	5	8.4	5	79	15	50	63	0	0	36	0.95
176131--176207	29	2.7	28	81	15	95	59	0	0	40	0.97
176131--176200	18	3.8	18	75	17	63	61	0	0	38	0.96
176131--176196	11	6.4	11	73	21	54	60	0	0	39	0.97
176665--176698	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
176682--176752	30	2.3	33	79	20	91	50	0	2	46	1.16
176700--176806	25	4.5	24	73	15	96	51	1	0	45	1.18
177479--177544	23	3.1	21	75	10	55	62	3	0	34	1.11
178469--178497	15	1.9	15	100	0	58	48	3	0	48	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181721--182114	159	2.5	158	87	3	540	25	26	12	35	1.92
182252--182296	3	15.0	3	100	0	90	0	33	0	66	0.92
183398--183468	6	11.5	6	72	21	58	39	0	0	60	0.97
183433--183499	22	3.0	22	82	8	82	47	0	0	52	1.00
183399--183514	28	4.2	28	71	17	82	42	0	0	57	0.98
184395--184428	9	4.0	8	85	14	50	35	0	2	61	1.11
185587--185645	21	2.8	20	75	10	55	50	0	0	49	1.00
193865--193897	16	2.2	16	89	10	52	33	6	9	51	1.58
194044--194087	20	2.2	20	80	15	56	43	0	0	56	0.99
194468--194506	13	3.2	13	82	10	55	51	0	0	48	1.00
194993--195027	15	2.3	15	90	9	54	48	0	0	51	1.00
195813--195978	7	24.4	7	64	21	50	40	1	0	57	1.14
195903--195974	34	2.0	37	84	12	98	36	1	0	62	1.04
196569--196620	16	3.3	16	70	5	52	36	1	1	59	1.19
200196--200265	24	2.8	25	89	6	99	44	25	8	21	1.80
200250--200320	27	2.6	27	84	6	90	46	22	7	23	1.76
202418--202859	216	2.0	216	88	4	651	32	21	16	30	1.95
206256--206293	13	2.8	14	88	4	51	47	0	5	47	1.24
206592--206633	19	2.2	20	86	4	59	50	0	7	42	1.30
214458--214486	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
214700--214745	18	2.6	19	86	10	62	67	0	2	30	1.03
214718--214785	22	3.0	22	76	20	68	63	0	1	35	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214738--214788	27	1.9	26	84	11	68	60	0	0	39	0.97
214777--214831	16	3.4	16	78	9	58	32	0	1	65	1.03
214844--214961	7	16.1	7	69	17	55	55	0	0	44	1.05
214843--214959	29	4.0	28	73	22	82	55	0	0	43	1.05
214879--214938	23	2.7	23	73	14	63	53	0	0	46	1.00
214924--214970	14	3.5	13	83	13	51	55	2	0	42	1.12
215125--215173	9	5.3	9	79	11	55	36	2	0	61	1.08
215138--215179	18	2.5	17	85	14	61	33	2	0	64	1.07
215825--215865	16	2.6	16	88	0	55	43	2	2	51	1.28
215900--215968	25	2.8	26	76	8	74	57	0	2	39	1.13
215980--216040	24	2.5	25	82	10	74	54	1	0	44	1.10
216084--216112	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
216841--217030	37	5.1	37	69	14	106	53	1	3	42	1.25
216804--217034	108	2.1	111	90	4	362	51	0	3	44	1.22
217005--217043	15	2.6	14	84	15	51	71	0	0	28	0.86
217191--217264	37	2.0	37	84	7	96	58	0	0	41	0.98
217741--217770	11	2.6	12	89	10	53	70	0	0	30	0.88
217870--217915	21	2.2	21	84	0	56	39	4	2	54	1.32
218057--218111	17	3.4	16	75	25	53	52	1	1	43	1.22
218177--218233	9	6.3	9	79	16	57	63	0	0	36	0.95
218182--218233	19	2.7	19	91	8	88	63	0	0	36	0.95
218117--218219	34	3.0	34	73	18	106	57	0	1	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220280--220334	29	1.9	29	92	3	94	34	23	18	23	1.96
228034--228119	27	2.8	32	79	17	94	53	1	0	45	1.07
228065--228133	27	2.5	26	75	13	68	53	1	0	44	1.09
228142--228172	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
228305--228347	22	2.0	22	90	0	68	46	2	2	48	1.27
228359--228441	16	5.5	16	76	12	86	60	1	0	38	1.05
228360--228435	22	3.4	21	75	8	71	61	1	0	36	1.04
228401--228441	8	5.2	8	80	16	50	65	0	0	34	0.93
228912--228940	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
229718--230485	261	2.9	261	84	5	949	26	15	17	39	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6