genome.fa.s442.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold442
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  369669

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135--191	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
2437--2479	21	2.1	20	83	12	52	53	9	13	23	1.69
2437--2479	20	2.1	21	83	12	54	53	9	13	23	1.69
4652--4690	20	2.0	20	94	0	69	28	17	12	41	1.87
4717--4821	20	5.6	19	70	22	80	27	16	14	41	1.86
4732--4801	33	2.1	33	89	0	104	25	17	15	41	1.89
4717--4821	53	2.0	52	81	10	124	27	16	14	41	1.86
7131--7250	51	2.4	51	82	2	134	30	23	13	32	1.93
7314--7390	28	2.8	26	80	7	82	24	31	19	24	1.98
7373--7490	51	2.3	51	85	5	159	33	26	9	31	1.88
7424--7721	158	1.9	157	84	4	395	30	25	12	32	1.92
7425--7721	79	3.8	79	79	6	332	29	25	12	32	1.92
7662--7772	51	2.2	51	90	0	168	33	20	10	35	1.88
7760--7814	28	2.0	28	96	0	101	20	32	18	29	1.96
7763--7838	28	2.7	28	83	4	91	18	30	22	28	1.97
12100--12141	22	1.9	22	90	0	66	40	4	33	21	1.74
12809--12861	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
12793--12861	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
19432--19458	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19763--19975	105	2.0	105	92	0	354	36	20	12	30	1.89
24153--24195	20	2.2	19	91	4	68	81	4	0	13	0.84
25917--25955	3	13.7	3	84	10	55	69	0	0	30	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25925--25979	20	2.8	20	84	13	69	63	0	0	36	0.95
26887--26942	27	2.1	27	93	0	94	51	10	7	30	1.63
28771--28805	3	12.0	3	87	6	54	71	0	0	28	0.86
28768--28829	23	2.7	24	79	18	69	66	1	0	32	1.02
28779--28829	20	2.6	19	82	14	59	64	1	0	33	1.05
29741--29796	27	2.1	27	93	0	94	51	10	7	30	1.63
31628--31684	20	2.8	20	85	12	73	64	0	0	35	0.93
31698--31724	7	3.9	7	100	0	54	25	29	29	14	1.95
32599--32654	27	2.1	27	93	0	94	51	10	7	30	1.63
35430--35477	19	2.5	19	96	0	87	37	14	18	29	1.91
41183--41207	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41259--41311	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
41299--41323	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
43260--43311	20	2.4	21	81	12	61	3	25	50	21	1.65
43576--43616	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
49924--49948	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49901--49968	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
50000--50052	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
52057--52105	18	2.9	16	80	16	55	48	0	2	48	1.12
52500--52526	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
52797--52861	23	3.0	22	72	12	62	50	3	3	43	1.33
52845--52878	16	2.2	16	90	10	54	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52821--52864	23	1.9	23	90	0	70	47	2	0	50	1.13
56719--56876	35	4.7	35	80	8	168	10	26	10	52	1.68
56719--56861	32	4.3	33	81	6	164	11	27	11	49	1.72
57366--57412	24	2.0	24	87	4	69	23	0	2	74	0.93
57384--57462	14	5.4	15	76	15	67	24	1	1	73	0.98
57370--57454	14	6.4	13	71	14	57	21	1	2	75	0.99
60095--60148	20	2.7	20	94	0	90	29	16	9	44	1.79
60175--60301	20	6.7	19	81	15	131	29	16	13	40	1.86
60175--60301	40	3.4	39	80	16	151	29	16	13	40	1.86
60192--60261	33	2.1	33	100	0	140	27	18	14	40	1.89
60175--60281	53	2.0	53	87	7	155	28	16	14	41	1.87
60212--60242	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
61778--61808	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
61758--61824	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
61853--61909	19	2.9	19	92	5	87	36	15	15	31	1.90
61894--61920	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
64344--64371	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
70489--70555	33	2.0	32	86	11	91	32	16	13	37	1.88
70584--70640	19	2.9	19	86	5	69	35	15	15	33	1.90
70606--70670	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
72527--72654	51	2.5	50	87	5	186	28	25	11	35	1.91
72588--72994	79	5.2	79	80	4	466	27	25	14	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75057--75081	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
82704--82822	52	2.4	51	86	8	167	29	18	16	35	1.93
82735--82842	52	2.1	52	85	3	146	32	18	16	32	1.94
82831--82855	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
82917--82941	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82896--82961	32	2.0	33	88	2	98	36	13	12	37	1.82
90000--90182	94	1.9	94	90	4	289	26	31	18	24	1.97
90110--90302	55	3.4	55	87	6	244	26	30	21	20	1.98
90186--90302	62	1.9	62	94	0	207	25	30	20	23	1.98
90321--90514	61	3.2	60	79	12	188	27	26	18	27	1.98
90220--90413	100	1.9	100	86	7	277	24	29	18	28	1.98
90577--90733	61	2.6	60	82	4	190	24	22	21	31	1.98
90561--90748	61	3.1	60	77	3	189	23	25	18	32	1.97
90721--90898	45	4.2	42	75	17	124	20	27	14	38	1.91
90738--90900	87	1.9	86	81	13	201	18	26	13	41	1.88
91610--91639	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
91595--91782	42	5.0	33	78	17	106	28	18	14	38	1.90
91613--91710	42	2.3	42	96	0	187	29	18	15	36	1.91
91696--91782	20	4.8	19	76	22	89	27	17	14	40	1.89
91733--91763	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
91697--91798	53	1.9	52	82	9	127	28	17	13	40	1.88
94104--94216	50	2.2	51	87	1	165	30	27	10	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94170--94526	76	4.6	76	86	5	423	28	25	12	33	1.92
94459--94576	51	2.3	51	86	1	157	28	25	13	32	1.94
94384--94655	129	2.1	126	84	3	339	27	24	13	34	1.93
94528--94675	78	1.9	78	88	0	224	27	22	13	36	1.92
96778--96855	30	2.6	30	88	6	106	41	7	10	41	1.68
107428--107453	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
107423--107476	16	3.5	16	78	9	51	72	0	0	27	0.85
107439--107475	8	4.4	8	90	10	56	75	0	0	24	0.80
107723--107879	20	7.8	20	70	24	91	28	15	15	40	1.88
107813--107837	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107793--107857	33	2.0	33	93	0	112	30	18	15	35	1.92
110170--110300	51	2.6	51	81	2	138	27	22	12	37	1.91
110322--110398	28	2.8	28	86	7	104	23	31	19	25	1.98
110381--110499	51	2.3	51	84	2	159	29	25	12	32	1.92
110350--110686	130	2.6	130	78	7	387	27	25	12	34	1.92
122976--123006	12	2.5	12	94	5	53	83	16	0	0	0.64
124231--124256	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
126797--126835	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
126821--126899	20	3.7	20	75	15	68	45	15	13	25	1.83
128914--128944	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
130746--130790	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
133009--133034	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133942--134125	94	1.9	94	84	10	246	25	29	17	27	1.98
134058--134251	55	3.4	55	85	6	255	27	29	21	22	1.99
134135--134260	62	2.0	62	95	0	225	24	28	19	27	1.98
134168--134361	100	1.9	101	89	3	302	23	29	19	27	1.98
134269--134520	61	4.3	57	83	7	280	26	26	20	26	1.99
134541--134873	61	5.6	60	79	9	308	25	26	19	28	1.99
135486--135515	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
135554--135578	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
137906--138068	51	3.2	51	74	3	150	28	21	14	35	1.92
138090--138206	51	2.3	51	85	4	164	29	24	13	32	1.94

Tables:   1   2   3