genome.fa.s442.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold442
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  369669

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 283 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138048--138394	130	2.7	129	78	10	391	27	24	12	35	1.92
138498--138541	21	2.1	21	100	0	88	38	18	9	34	1.82
140025--140085	20	3.0	20	82	2	77	36	14	9	39	1.80
143542--143581	12	3.4	12	86	6	55	20	22	12	45	1.84
145383--145427	20	2.1	22	88	8	67	53	6	4	35	1.47
157464--157615	75	2.0	75	94	0	268	36	21	13	28	1.92
157580--157629	25	2.0	25	96	0	91	32	24	14	30	1.94
159946--159974	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
161342--161382	20	2.0	20	86	9	57	39	2	7	51	1.43
166317--166370	19	2.7	19	82	5	63	37	18	12	31	1.89
166358--166384	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
166923--166956	16	2.1	17	89	10	54	29	32	0	38	1.58
172164--172263	42	2.4	42	86	3	148	35	12	16	37	1.85
172165--172244	21	3.8	21	96	0	151	33	10	17	38	1.83
172299--172366	19	3.9	19	75	25	78	35	11	13	39	1.81
172320--172344	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
172301--172363	32	2.0	32	93	6	110	34	12	14	38	1.84
172406--172431	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
172386--172452	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
176592--176616	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
176656--176725	33	2.1	33	86	0	95	41	14	10	34	1.79
178386--178724	51	6.4	50	68	20	156	30	25	12	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178497--178570	27	2.7	27	89	6	105	24	32	20	22	1.98
178708--178784	28	2.8	28	86	4	93	23	35	19	22	1.96
178381--178832	212	2.1	212	87	4	642	28	26	13	31	1.94
178736--178942	79	2.6	79	82	3	229	24	29	16	29	1.96
184601--184749	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
184738--184762	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
184826--184850	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
185686--185897	52	4.2	52	77	12	217	33	16	25	25	1.95
185793--185882	43	2.1	43	93	0	153	31	17	24	26	1.97
185886--186266	28	13.3	28	85	5	435	21	17	32	28	1.96
185888--186252	115	3.2	111	84	8	459	21	17	32	28	1.96
187815--187839	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
187906--187943	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
187952--188076	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
191261--191332	6	12.8	6	76	17	75	1	0	12	86	0.65
191258--191341	10	8.5	10	83	10	102	1	1	11	85	0.71
191267--191351	19	4.3	20	84	12	97	2	2	10	84	0.80
191258--191334	1	77.0	1	73	0	64	1	0	11	87	0.62
191258--191341	19	4.3	19	89	7	98	1	1	11	85	0.71
191328--191360	9	3.8	9	88	4	50	6	9	3	81	0.95
195622--195804	52	3.5	52	95	0	303	30	16	18	34	1.93
195813--195837	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195901--195925	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
197739--197805	33	2.0	33	86	11	93	31	17	14	35	1.91
197856--197881	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
197864--197901	20	1.9	20	88	0	58	42	18	7	31	1.79
197835--197902	33	2.0	34	86	8	95	36	17	11	33	1.86
197739--197963	97	2.3	97	94	0	389	32	16	16	34	1.92
197972--197998	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
199361--199842	165	2.9	163	81	7	492	48	8	10	31	1.69
199389--199927	165	3.3	164	79	7	441	48	9	10	31	1.69
202690--202766	22	3.5	22	83	0	100	35	6	14	44	1.71
203214--203262	22	2.2	22	82	7	55	32	8	14	44	1.74
205134--205175	21	2.0	21	86	9	59	38	33	7	21	1.81
209368--209406	16	2.5	16	91	4	62	28	2	48	20	1.62
209692--209717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
210701--210757	23	2.2	26	82	17	66	50	5	0	43	1.24
210796--210838	21	2.1	20	86	4	59	44	6	0	48	1.29
211021--211060	21	2.0	21	90	5	64	42	10	2	45	1.51
211457--211514	5	11.6	5	72	20	50	43	0	0	56	0.99
211459--211518	20	3.0	20	88	7	79	46	0	0	53	1.00
211464--211519	19	3.1	18	80	10	60	48	0	0	51	1.00
212161--212224	21	3.1	20	77	6	65	50	14	7	28	1.70
212559--212600	18	2.2	20	87	8	61	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212589--212624	18	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
216025--216073	5	9.6	5	88	2	53	28	2	12	57	1.46
216022--216073	10	5.1	10	83	2	59	28	1	11	57	1.44
224514--224543	14	2.1	14	100	0	60	40	26	6	26	1.81
229920--230049	65	2.0	65	100	0	260	27	23	10	38	1.88
236950--237012	16	3.9	16	74	15	58	15	12	26	44	1.83
240915--240941	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
242595--242629	9	3.9	9	85	14	54	42	0	25	31	1.55
243228--243270	21	2.1	21	87	12	63	53	4	13	27	1.60
243368--243461	46	2.0	46	97	0	179	43	12	12	30	1.80
247028--247072	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
250970--251008	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
251799--251824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
252532--252575	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
252567--252616	25	2.0	25	96	0	91	50	6	4	40	1.46
254405--254429	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
256487--256517	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
258320--258364	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
260577--260602	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
261066--261111	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
263219--263274	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
263333--263358	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265573--265617	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
268638--268664	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
270496--270699	79	2.6	78	80	4	214	27	17	30	24	1.97
270714--270837	53	2.4	53	81	9	146	34	11	24	29	1.90
270737--270836	52	1.9	53	87	2	148	38	11	22	29	1.88
273194--273219	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
273173--273237	33	2.0	33	84	6	87	41	15	15	27	1.87
273259--273358	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
273281--273337	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
273262--273356	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
273393--273450	21	2.7	22	81	7	75	31	13	17	37	1.89
273540--273753	28	7.2	30	82	5	215	28	28	17	25	1.97
274267--274341	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
274267--274344	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
286074--286103	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
288316--288378	10	5.7	10	79	20	56	85	9	3	1	0.77
288317--288378	11	5.5	11	84	7	79	87	8	3	1	0.72
288319--288365	24	2.0	24	95	0	85	89	8	2	0	0.57
288317--288368	1	52.0	1	80	0	59	90	7	1	0	0.53
289599--291116	29	52.9	29	90	2	2222	28	32	16	22	1.96
289598--291116	86	17.7	86	89	3	2197	28	32	16	22	1.96
291642--291716	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291642--291719	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
303178--303202	10	2.5	10	100	0	50	24	16	16	44	1.86
305361--305411	21	2.4	21	76	3	57	58	1	21	17	1.48
306924--306976	20	2.7	20	75	0	61	41	13	11	33	1.80
307796--307827	15	2.1	15	94	0	55	43	6	9	40	1.62
309066--309129	32	2.0	32	90	6	103	65	7	6	20	1.40
309679--309711	15	2.1	16	88	5	50	39	21	6	33	1.78
309972--310142	39	4.5	39	79	5	179	39	18	8	32	1.82
309973--310231	39	6.7	38	72	11	152	40	18	8	32	1.80
313936--313984	15	2.9	18	77	22	61	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3