genome.fa.s454.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold454
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  526734

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129417--130105	34	21.0	33	75	14	477	20	32	13	33	1.91
129868--130031	87	1.9	87	87	7	244	19	34	14	32	1.91
129952--130124	35	4.9	36	79	9	176	19	32	11	35	1.88
129969--130107	69	2.0	69	86	8	194	20	29	11	38	1.87
130113--130204	32	2.8	32	92	7	159	29	35	19	15	1.92
130113--130205	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
130259--130491	43	5.1	43	79	14	268	24	26	18	31	1.98
130210--130491	92	3.0	94	93	3	496	24	26	18	31	1.97
132874--132993	52	2.3	52	95	0	213	29	18	18	34	1.95
132874--133013	52	2.7	51	88	4	201	30	17	18	32	1.95
133002--133026	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
133092--133116	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
133070--133136	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
134016--134674	49	13.5	49	87	4	947	30	18	27	24	1.98
136084--136108	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
136173--136197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
136151--136217	33	2.0	33	85	0	89	41	14	10	32	1.80
137009--137135	67	1.9	68	85	1	175	38	12	24	24	1.90
137085--137656	49	11.7	52	82	9	389	31	17	25	25	1.97
137148--137662	49	10.7	49	85	6	680	30	18	26	25	1.98
137655--137757	33	3.3	31	75	12	111	17	16	33	32	1.92
137768--137895	35	3.9	35	75	20	143	32	12	35	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137801--137942	27	4.9	27	78	14	140	29	14	35	20	1.92
137773--137911	61	2.3	62	94	3	246	28	13	36	20	1.91
137806--138040	31	7.7	31	76	13	150	28	15	34	22	1.95
138450--138491	19	2.3	19	88	8	61	35	14	26	23	1.93
143163--143187	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
145515--145568	19	2.7	19	83	11	56	57	7	0	35	1.27
146590--146655	26	2.8	24	71	13	64	37	0	0	62	0.96
147143--147185	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
147457--147501	20	2.2	21	84	4	56	62	2	0	35	1.08
149107--149146	20	2.0	20	90	0	62	55	0	0	45	0.99
149133--149183	19	2.6	20	81	9	61	58	3	1	35	1.28
150287--150320	16	2.2	16	89	5	52	61	0	0	38	0.96
153663--153699	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
153944--153975	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
155552--155652	5	20.8	5	73	19	56	61	1	0	35	1.14
155593--155655	26	2.4	28	86	7	87	68	1	1	28	1.08
155614--155657	23	1.9	23	90	9	72	68	2	2	27	1.14
155580--155749	28	5.9	28	70	19	91	59	1	1	38	1.13
156265--156349	28	2.9	29	77	11	77	42	0	2	55	1.12
156930--156989	22	2.7	23	77	12	79	48	1	0	50	1.11
157623--157652	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
157956--157995	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157974--158048	36	2.1	36	82	4	91	50	1	1	46	1.18
162254--162282	15	1.9	15	100	0	58	55	10	0	34	1.34
162530--162555	12	2.2	12	100	0	52	15	0	30	53	1.42
168219--168244	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
168303--168349	24	2.0	24	91	0	76	59	10	4	25	1.49
181700--181828	52	2.5	52	90	0	213	29	16	16	37	1.90
181904--182001	19	5.8	18	70	28	81	38	17	10	33	1.83
181923--181979	13	3.9	13	74	24	51	35	17	12	35	1.87
181902--181999	32	3.0	32	93	1	160	37	17	10	34	1.83
183822--183847	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
183886--183961	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
183906--183979	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
183886--183979	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
186431--186469	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
186455--186533	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
190382--190426	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
195154--195282	52	2.5	52	92	0	213	29	18	17	34	1.94
195154--195302	52	2.9	52	87	2	165	30	18	16	33	1.94
195360--195411	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
195368--195464	19	5.7	19	67	26	83	38	15	12	34	1.85
195360--195462	32	3.2	32	92	0	179	36	16	12	33	1.87
198024--198059	14	2.4	16	82	17	51	33	0	5	61	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205194--205279	5	17.2	5	73	15	63	56	0	1	41	1.06
205149--205272	57	2.2	54	78	16	135	55	0	0	43	1.05
205549--205625	20	4.0	20	77	6	86	61	0	2	36	1.10
205835--205868	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
206032--206093	29	2.2	28	88	5	90	41	0	0	58	0.98
206037--206092	22	2.5	23	82	8	62	41	0	0	58	0.98
206448--206492	20	2.1	22	84	8	58	37	0	0	62	0.96
206534--206573	21	1.9	21	84	0	53	52	0	0	47	1.00
206675--206732	20	2.9	20	75	14	66	58	0	0	41	0.98
207189--207243	26	2.2	25	83	3	65	52	0	7	40	1.29
208868--208909	21	2.0	21	86	9	59	52	0	0	47	1.00
209757--209928	17	10.1	17	65	24	60	60	1	1	37	1.12
209753--209872	34	3.5	35	72	14	83	60	0	0	38	1.02
210382--210430	26	1.9	26	87	4	73	59	2	0	38	1.09
210380--210429	22	2.3	21	86	3	73	60	2	0	38	1.09
210366--210461	37	2.7	34	80	12	97	61	1	0	37	1.03
210369--210499	34	3.7	36	74	20	109	57	0	0	41	1.04
210369--210483	35	3.2	35	75	22	114	60	0	0	38	1.03
210795--210830	17	2.1	17	89	5	54	44	0	0	55	0.99
215391--215555	84	2.0	84	90	0	258	33	7	11	47	1.69
215411--215587	84	2.1	82	81	7	196	35	7	9	48	1.64
216196--216234	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216199--216232	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
216197--216235	19	2.1	19	100	0	78	53	0	0	46	1.00
216691--216719	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
217436--217521	32	2.7	32	77	10	86	39	8	17	34	1.79
226095--226139	23	2.0	23	100	0	90	53	0	8	37	1.32
230496--230559	32	1.9	33	87	12	96	56	0	3	40	1.15
231314--231347	14	2.5	13	90	4	50	35	0	0	64	0.94
231647--231683	14	2.9	14	80	19	53	43	0	0	56	0.99
233430--233464	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
233505--233543	18	2.1	19	85	4	53	5	30	5	58	1.41
233622--233648	4	6.8	4	100	0	54	22	25	0	51	1.48
234101--234168	31	2.2	31	86	0	91	44	2	1	51	1.25
236697--236725	13	2.2	13	100	0	58	31	34	27	6	1.83
236941--236971	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
237059--237092	17	1.9	18	94	5	61	52	8	0	38	1.33
237060--237210	16	9.6	15	70	10	61	54	7	3	34	1.44
237175--237227	15	3.5	15	74	5	52	52	9	0	37	1.34
241856--241890	17	2.1	17	94	0	61	54	0	0	45	0.99
242136--242164	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
242665--242715	26	2.0	25	84	3	66	39	3	1	54	1.30
243648--243698	14	3.8	14	77	15	54	54	3	0	41	1.19
243862--243937	34	2.2	34	81	6	91	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243887--243933	11	4.3	11	78	10	60	48	0	0	51	1.00
243887--243931	6	8.0	6	76	14	51	46	0	0	53	1.00
244404--244466	31	2.1	29	85	11	83	47	1	1	49	1.20
244454--244521	18	4.1	16	75	16	59	50	1	0	48	1.10
244962--245017	12	4.7	12	77	14	53	66	0	1	32	1.03
244961--245017	24	2.5	22	77	11	60	66	0	1	31	1.02
245828--245868	21	2.0	21	85	9	57	4	31	0	63	1.15
245839--245885	20	2.3	21	85	3	60	2	29	0	68	1.02
247904--247953	16	3.2	15	81	15	57	40	6	14	40	1.70
248656--248699	22	2.0	23	86	4	63	29	2	9	59	1.41

Tables:   1   2   3   4