genome.fa.s454.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold454
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  526734

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341--366	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
710--955	115	2.2	115	85	4	320	44	4	6	44	1.51
1460--1518	26	2.4	25	81	13	68	27	3	5	64	1.30
1467--1504	18	2.1	19	85	5	51	26	5	5	63	1.37
1790--1866	40	1.9	40	84	5	102	62	7	16	12	1.53
2817--2849	9	3.8	9	84	8	50	66	0	0	33	0.92
2817--2870	24	2.2	26	86	6	76	62	0	1	35	1.06
3201--3239	21	1.9	20	89	5	60	58	0	0	41	0.98
3220--3284	34	1.9	34	83	0	85	53	1	1	43	1.19
3429--3533	38	2.8	37	77	12	97	46	0	0	53	1.00
3471--3536	25	2.5	26	80	4	71	50	0	0	50	1.00
4049--4109	27	2.2	28	82	8	72	52	0	0	47	1.00
7975--8019	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
8171--8258	43	2.0	43	88	0	131	35	5	23	35	1.79
8237--8288	24	2.2	24	86	6	70	32	5	11	50	1.62
8282--8323	2	21.0	2	85	0	57	45	0	2	52	1.13
9149--9251	46	2.2	47	80	13	115	61	2	0	34	1.18
9876--9919	13	3.5	13	81	15	56	45	0	0	54	0.99
10314--10347	14	2.4	14	90	0	50	64	0	2	32	1.08
10385--10425	17	2.5	17	81	18	59	48	0	0	51	1.00
10796--10825	12	2.5	12	94	0	51	63	0	0	36	0.95
13928--13975	23	2.1	23	100	0	96	45	4	14	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16657--16760	52	2.0	52	88	0	154	25	25	17	32	1.97
16758--16782	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
22666--22703	20	1.9	20	89	10	60	47	0	0	52	1.00
22956--23006	16	3.1	16	75	16	50	50	1	1	45	1.24
23136--23175	21	2.0	21	85	5	55	37	2	2	57	1.26
24023--24203	71	2.5	73	80	6	201	58	11	1	29	1.40
24143--24203	25	2.4	26	75	10	63	60	8	0	31	1.26
25731--25828	13	7.2	13	69	18	56	50	1	2	46	1.19
25728--25836	56	2.0	53	80	10	121	48	1	2	46	1.27
26108--26137	14	2.1	14	93	0	51	23	0	13	63	1.29
26957--27045	31	2.9	30	79	14	101	50	0	0	49	1.00
26960--27039	28	2.7	29	77	20	78	50	0	0	50	1.00
27350--27383	11	3.2	11	91	4	52	20	0	5	73	1.04
28013--28076	2	32.0	2	93	0	101	50	4	0	45	1.22
28895--28962	16	4.2	16	73	14	50	58	0	2	38	1.13
28984--29021	20	1.9	19	89	5	58	52	0	2	44	1.14
35392--35480	39	2.3	39	77	11	92	42	4	12	40	1.63
35417--35491	39	1.9	39	83	5	98	42	2	12	42	1.56
35656--35842	93	2.0	93	85	2	250	42	5	14	36	1.71
37568--37612	22	2.0	22	100	0	90	28	8	13	48	1.72
38039--38096	29	2.0	30	86	10	84	51	0	0	48	1.00
38185--38217	17	2.0	17	88	5	50	45	6	9	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38417--38449	14	2.4	14	90	10	50	57	12	0	30	1.35
38723--38765	20	2.2	20	82	0	50	32	0	2	65	1.06
39204--39253	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
39699--39729	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
42685--42724	20	2.1	18	86	9	53	65	0	2	32	1.06
43118--43153	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
44917--44956	16	2.4	17	87	8	64	62	0	0	37	0.95
44929--44956	11	2.5	11	100	0	56	64	0	0	35	0.94
45672--45719	17	2.8	17	79	17	55	60	0	0	39	0.97
45676--45776	27	3.7	26	75	17	80	59	1	0	37	1.15
46907--46952	13	3.2	14	87	12	67	41	0	0	58	0.98
46907--46967	28	2.2	27	82	11	70	40	0	0	59	0.98
47394--47440	23	2.0	23	83	0	58	57	0	0	42	0.98
48785--48838	20	2.8	20	78	18	60	38	1	0	59	1.08
49016--49070	13	3.9	13	79	11	56	60	1	3	34	1.25
57835--57866	4	8.0	4	92	0	55	28	0	0	71	0.86
58875--58913	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
59870--59913	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
60113--60201	31	2.9	29	76	12	90	46	2	0	51	1.13
61670--61781	5	22.2	5	68	15	61	58	0	2	38	1.19
61675--61788	21	5.7	21	70	16	66	57	0	2	38	1.18
61653--61749	16	6.3	16	73	17	73	59	1	2	37	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61695--61748	14	3.6	14	75	20	56	64	0	1	33	1.04
61914--61963	20	2.6	20	75	15	52	62	4	0	34	1.14
64154--64199	17	2.6	18	80	13	60	52	2	2	43	1.25
65927--65966	12	2.8	15	75	25	50	42	0	0	57	0.98
68346--68389	14	3.2	14	78	18	56	68	0	0	31	0.90
68348--68389	13	3.2	13	78	18	50	69	0	0	30	0.89
68804--68849	18	2.4	20	85	7	60	32	0	2	65	1.05
68805--68849	20	2.4	18	82	10	56	31	0	2	66	1.04
72079--72125	20	2.3	22	78	14	55	55	2	2	40	1.24
72583--72612	14	2.1	14	93	0	51	93	3	3	0	0.42
78198--79260	563	1.9	565	94	0	1871	40	18	13	26	1.88
82449--82528	42	1.9	41	87	7	117	36	16	1	46	1.55
84711--85734	79	12.9	79	93	0	1665	33	14	24	27	1.95
85662--85788	53	2.5	51	85	12	163	29	14	27	28	1.95
86511--86606	43	2.2	43	86	0	147	8	19	37	34	1.82
86559--86683	55	2.3	55	80	0	142	8	20	39	32	1.82
86566--86669	18	5.7	18	73	4	84	8	23	38	29	1.84
86992--87134	26	5.5	26	95	1	252	11	29	9	49	1.70
87264--87290	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
87754--88088	160	2.1	161	94	0	582	38	13	26	21	1.91
88092--88177	28	3.1	28	60	9	68	25	23	26	24	2.00
88072--88561	117	4.2	117	87	9	680	26	21	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88072--88561	56	8.4	62	83	10	565	26	21	26	25	1.99
88072--88536	178	2.6	176	85	8	633	26	21	26	25	1.99
89566--89599	11	2.9	11	91	8	50	2	0	8	88	0.62
89565--89601	15	2.6	15	91	8	60	2	0	8	89	0.58
102053--102552	79	6.3	79	92	1	779	35	15	23	26	1.94
102053--102552	236	2.1	237	94	0	876	35	15	23	26	1.94
102405--102663	130	2.0	130	94	0	455	35	13	23	28	1.92
102484--102603	51	2.4	51	95	0	222	31	14	25	28	1.94
102327--102761	209	2.1	209	91	1	712	33	14	24	28	1.94
102535--103081	79	6.9	79	90	0	860	32	14	25	27	1.95
103009--103135	53	2.5	51	83	12	154	29	13	27	29	1.94
104059--104128	18	3.8	18	73	16	54	8	24	37	30	1.85
104083--104184	43	2.4	43	96	0	186	6	22	38	32	1.81
104083--104218	43	3.2	43	85	4	141	8	22	38	31	1.83
104552--104694	26	5.5	26	95	1	252	11	29	9	49	1.70
104825--104851	6	4.5	6	100	0	54	29	0	14	55	1.40
105496--105759	133	2.0	133	97	0	501	43	9	15	31	1.79
107866--107930	33	2.0	33	81	6	78	36	16	10	35	1.84
107960--108032	20	3.7	19	83	7	76	36	17	16	28	1.92
108910--108958	24	2.0	24	96	0	89	36	10	26	26	1.88
109172--109252	42	2.0	41	82	2	99	33	14	2	49	1.57
119374--120032	49	13.5	49	87	3	938	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119851--119988	43	3.1	43	91	5	204	25	26	18	28	1.98
119942--120080	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
120911--120977	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
120931--120955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
121020--121160	52	2.7	50	85	6	192	33	18	17	30	1.94
128438--128470	11	3.0	11	100	0	66	90	9	0	0	0.44
129418--129508	30	2.9	31	90	7	141	23	25	17	34	1.96
129421--129534	31	3.7	30	87	8	140	24	28	18	28	1.98
129514--129942	70	6.3	68	79	10	468	21	35	12	30	1.91
129512--130105	104	6.0	101	74	15	506	20	34	12	32	1.90

Tables:   1   2   3   4