genome.fa.s457.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold457
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  607290

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3933--3962	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
3922--3962	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
7881--7985	49	2.1	48	89	5	165	34	3	28	33	1.75
7893--7991	49	2.0	49	98	0	189	35	4	29	31	1.76
11348--11380	17	1.9	17	88	11	50	66	0	0	33	0.92
11333--11380	21	2.5	19	83	16	55	64	0	0	35	0.94
11398--11427	8	3.6	8	91	8	51	23	43	23	10	1.83
23705--23729	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
24975--25024	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
24982--25024	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
25274--25310	18	2.0	20	84	10	51	56	8	5	29	1.51
27155--27250	45	2.1	45	92	0	156	16	19	18	44	1.87
32980--33076	29	3.2	29	85	7	106	34	13	29	22	1.92
33000--33075	29	2.6	30	89	4	109	35	14	26	23	1.93
33813--33889	32	2.4	32	97	0	145	54	11	15	18	1.70
34517--34581	4	16.2	4	78	15	55	0	26	0	73	0.83
46308--46342	16	2.2	16	89	0	52	45	28	8	17	1.77
48572--48611	18	2.2	18	86	0	53	40	2	25	32	1.69
53493--53553	16	3.9	16	93	2	97	34	14	11	39	1.82
63446--63531	21	3.9	21	78	20	70	74	5	11	8	1.21
64718--65365	32	20.5	31	81	5	649	29	32	17	20	1.96
64757--65355	63	9.4	64	80	5	583	29	32	17	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65428--65949	52	9.8	52	73	9	305	25	23	14	36	1.92
65413--65964	217	2.6	216	81	3	585	25	23	14	37	1.92
65358--65964	113	5.6	110	73	9	375	25	23	14	37	1.92
70499--70537	21	1.9	21	94	5	71	28	10	12	48	1.74
70592--70617	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70676--70728	20	2.7	20	100	0	106	33	20	15	30	1.93
73181--73219	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
73205--73283	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
77124--77168	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
79387--79412	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
79451--79526	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
79471--79544	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
79451--79544	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
81753--81801	15	3.3	15	77	5	55	73	0	0	26	0.83
81754--81802	14	3.4	14	82	2	62	71	0	0	28	0.86
85370--85411	15	2.8	15	96	0	75	23	9	28	38	1.86
88283--88333	24	2.1	25	88	3	77	62	5	3	27	1.36
88996--89024	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
91875--91905	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
91912--91944	11	3.1	11	86	4	50	90	0	9	0	0.44
91912--91947	18	2.1	16	90	10	54	88	0	11	0	0.50
91973--92005	16	2.1	16	100	0	66	18	6	36	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95927--95973	24	2.0	23	84	16	60	42	2	4	51	1.33
96981--97025	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
97199--97231	16	2.1	16	88	5	50	48	0	0	51	1.00
97709--97737	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
97699--97749	18	2.9	17	80	13	59	76	0	0	23	0.79
98180--98243	31	2.1	31	96	0	119	48	0	10	40	1.38
101193--101222	14	2.1	14	93	0	51	46	0	6	46	1.29
104574--104605	16	1.9	17	93	6	57	25	6	0	68	1.12
107100--107162	32	1.9	33	87	3	92	41	17	15	25	1.89
117142--117167	7	3.7	7	100	0	52	69	15	15	0	1.20
126444--126473	2	15.0	2	92	0	51	0	0	46	53	1.00
129556--129593	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
135452--135525	29	2.7	26	74	15	69	44	1	1	52	1.17
135444--135505	14	4.4	14	80	9	65	45	3	1	50	1.27
135504--135593	20	4.7	19	77	8	67	52	1	0	46	1.07
135548--135600	17	3.2	17	68	10	56	45	0	0	54	0.99
135772--135816	23	2.0	23	86	0	63	53	0	4	42	1.21
136166--136196	15	2.0	15	93	6	53	80	0	0	19	0.71
138266--138311	21	2.2	21	88	0	65	54	0	19	26	1.44
143141--143186	21	2.2	20	82	14	58	23	15	19	41	1.89
156198--156233	12	3.0	12	91	0	54	86	13	0	0	0.58
156203--156240	4	9.8	4	88	5	51	81	18	0	0	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157589--158039	52	8.9	52	82	5	539	24	24	16	35	1.95
157544--158187	101	6.3	101	80	5	593	24	25	15	34	1.95
157544--158040	153	3.3	151	90	2	730	24	24	16	34	1.95
157539--158187	52	12.7	51	77	9	533	24	25	15	34	1.95
157641--158185	253	2.1	255	82	5	656	24	25	15	34	1.95
159821--159866	21	2.2	20	82	14	58	23	15	19	41	1.89
164331--164363	16	2.1	16	94	0	57	36	18	18	27	1.94
172908--172959	16	3.2	16	81	8	52	44	0	1	53	1.11
172940--173007	28	2.4	28	80	11	77	45	0	0	54	0.99
172989--173043	24	2.3	25	78	9	60	45	3	0	50	1.19
174307--174400	49	1.9	49	100	0	188	42	10	8	38	1.70
184627--184680	23	2.3	23	83	0	63	40	3	9	46	1.54
184637--184684	23	2.1	23	92	0	78	33	6	10	50	1.62
186710--186751	21	2.0	20	82	17	50	57	0	0	42	0.99
187497--187530	16	2.1	16	100	0	68	50	11	0	38	1.39
189280--189465	94	2.0	93	80	10	209	30	21	8	39	1.83
189295--189483	97	2.0	94	80	9	213	30	21	8	39	1.84
189767--193078	676	4.9	676	90	1	4887	34	18	13	33	1.90
194947--194975	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
196696--196773	21	3.8	20	69	17	61	53	1	2	42	1.22
196889--196935	25	1.9	24	86	4	67	40	0	4	55	1.19
202743--202777	18	1.9	18	88	0	52	11	8	0	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208162--208202	13	3.1	13	96	3	73	39	14	14	31	1.87
208231--208317	19	4.8	19	78	17	96	40	17	12	29	1.86
208271--208328	13	5.0	13	73	26	67	41	15	13	29	1.86
208252--208328	32	2.4	32	100	0	154	42	15	12	28	1.84
208966--209019	25	2.1	26	83	10	67	35	27	1	35	1.68
210896--210922	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
217050--217100	20	2.5	20	90	6	77	37	23	9	29	1.87
217169--217195	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
219897--220427	52	9.8	52	73	12	289	37	13	23	25	1.92
219935--220281	61	6.0	60	72	13	262	37	12	25	25	1.90
219844--220427	113	5.3	113	80	4	586	36	14	24	24	1.92
220504--221236	32	23.2	31	76	10	493	21	16	32	30	1.95
220500--221236	63	11.7	63	75	10	539	21	16	32	30	1.95
221143--221225	28	3.0	27	92	5	139	16	14	36	32	1.89
221260--221377	34	3.5	33	75	4	119	38	10	29	21	1.86
229884--229938	20	2.7	20	86	10	76	45	10	14	29	1.79
229884--229938	21	2.7	21	88	8	78	45	10	14	29	1.79
235416--235445	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
237497--237535	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
239964--240020	21	2.8	21	81	2	71	36	12	17	33	1.87
240066--240091	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
240048--240112	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245638--245690	29	2.0	25	85	14	70	41	3	0	54	1.18
245991--246041	26	2.0	26	92	0	84	21	13	5	58	1.56
246652--246725	30	2.5	30	84	6	89	44	1	12	41	1.50
247756--247783	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
250399--250429	16	1.9	16	93	0	53	16	12	16	54	1.71
255306--255351	16	3.0	16	90	6	69	73	6	19	0	1.04
256470--256510	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
256550--256620	20	3.5	20	75	11	74	43	15	12	28	1.83
256590--256726	53	2.6	53	92	1	229	38	18	16	27	1.91
259706--259730	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3