genome.fa.s459.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold459
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  425620

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 363 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2102--2127	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
5669--5711	20	2.2	20	95	0	77	32	0	2	65	1.06
5676--5717	20	2.1	20	95	0	75	33	0	0	66	0.92
5781--5826	6	8.0	6	81	18	53	28	2	0	69	1.00
5787--5837	21	2.3	22	83	12	61	31	1	0	66	1.03
5768--5899	50	2.7	51	76	16	136	39	0	0	59	1.08
16657--16700	18	2.3	20	80	11	56	59	0	0	40	0.98
17006--17087	10	8.1	11	74	15	63	64	0	0	35	0.94
16996--17091	9	10.3	9	69	28	60	65	0	0	34	0.93
17025--17060	17	2.1	17	94	0	63	69	0	0	30	0.89
17264--17306	13	3.0	14	80	16	52	32	0	0	67	0.91
17317--17397	34	2.4	33	81	6	92	41	0	0	58	0.98
17375--17426	11	5.0	11	77	13	65	32	0	1	65	1.04
17262--17426	18	9.7	18	67	22	65	38	0	0	61	1.01
18542--18593	22	2.4	21	81	12	61	46	1	0	51	1.12
18658--18696	20	1.9	21	94	5	71	48	2	0	48	1.15
21128--21161	18	1.9	17	88	5	50	32	0	0	67	0.91
21866--22007	28	5.4	26	71	17	73	30	1	2	64	1.16
21886--21994	28	3.8	28	89	9	157	29	1	2	66	1.16
21873--21933	20	3.2	20	77	11	58	29	0	1	68	0.99
22253--22317	6	11.3	6	78	15	50	49	0	0	50	1.00
22255--22315	17	3.6	17	71	8	61	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22264--22335	34	2.2	32	82	5	90	51	0	0	48	1.00
22341--22392	18	2.9	18	77	5	52	36	3	0	59	1.16
22397--22453	22	2.4	25	77	19	68	36	0	0	63	0.95
23374--23436	23	2.7	24	78	9	67	41	0	1	57	1.08
23376--23441	19	3.1	22	79	14	59	40	0	1	57	1.08
24238--24291	27	2.1	25	83	13	65	55	0	0	44	0.99
26881--26915	17	2.1	17	89	10	54	42	0	0	57	0.99
27218--27275	29	2.0	30	86	10	84	58	1	0	39	1.08
29014--29092	37	2.0	39	83	13	101	53	0	0	46	1.00
30281--30309	10	2.9	10	100	0	58	89	0	0	10	0.48
31171--31259	34	2.6	36	82	12	98	44	0	0	55	0.99
31162--31245	18	4.6	18	69	20	59	46	0	0	53	1.00
31212--31273	19	3.4	18	80	10	56	48	0	0	51	1.00
31243--31277	9	3.8	9	85	7	52	48	0	0	51	1.00
31658--31722	2	33.5	2	84	6	80	43	0	0	56	0.99
31818--31852	18	1.9	17	88	11	52	25	2	0	71	1.00
31895--31929	15	2.3	15	85	0	52	31	0	0	68	0.90
32026--32052	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
32593--32622	15	2.0	15	93	0	51	70	0	3	26	1.03
32779--32812	16	2.1	16	88	0	50	55	2	0	41	1.15
41641--41768	59	2.2	59	82	4	159	38	5	0	55	1.29
43145--43190	21	2.2	21	96	0	83	54	4	6	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43420--43444	12	2.1	12	100	0	50	80	8	0	12	0.92
43807--43858	26	2.0	27	84	3	70	9	1	11	76	1.09
43995--44034	20	2.0	20	85	0	53	5	17	0	77	0.94
48262--48317	2	29.0	2	89	7	89	50	1	0	48	1.11
48505--48543	2	19.5	2	94	0	69	53	0	0	46	1.00
49010--49048	19	2.1	19	90	4	62	48	2	0	48	1.15
49004--49050	19	2.4	19	82	13	60	51	2	0	46	1.13
50649--50684	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
53019--53061	13	3.4	13	84	12	54	44	6	0	48	1.29
53130--53159	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
54890--54974	32	2.7	32	73	21	81	50	1	0	48	1.08
54839--54936	36	2.8	35	74	18	87	56	1	0	42	1.06
54936--54995	17	3.6	17	68	6	52	48	1	0	50	1.11
56243--56317	34	2.3	33	84	15	102	53	0	0	46	1.00
56320--56368	20	2.5	20	80	9	57	53	2	0	44	1.12
57552--57620	19	3.6	19	78	5	59	42	0	1	56	1.08
57569--57618	19	2.7	19	81	3	66	40	0	0	60	0.97
57571--57614	13	3.4	14	76	17	51	38	0	0	61	0.96
57671--57730	24	2.7	21	84	10	66	40	1	0	58	1.08
57869--57895	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
58399--58434	16	2.2	16	95	0	63	77	0	0	22	0.76
61798--61839	22	2.0	20	82	17	50	47	19	7	26	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65162--65216	27	2.0	28	86	6	78	29	1	12	56	1.47
66072--66132	16	3.8	16	86	0	86	16	16	26	40	1.89
66308--66356	19	2.5	19	76	3	62	48	0	2	48	1.12
67203--67398	100	2.0	98	82	8	238	43	7	4	43	1.53
68017--68070	3	18.0	3	92	0	90	31	0	3	64	1.11
71189--71219	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
72102--72159	17	3.4	17	72	11	55	67	3	3	25	1.22
72109--72181	35	2.0	37	85	15	100	61	6	8	23	1.48
72500--72551	22	2.5	22	82	14	65	57	1	1	38	1.21
72605--72659	19	2.8	19	88	5	74	74	3	0	21	0.97
72605--72661	20	2.9	19	89	5	78	73	3	0	22	0.98
73228--73271	21	2.1	21	87	8	63	45	2	0	52	1.13
73448--73506	27	2.2	27	81	9	75	45	0	1	52	1.10
77731--77760	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
81601--81630	11	2.7	11	100	0	60	0	10	0	90	0.47
81816--81854	18	2.1	19	85	4	53	48	0	0	51	1.00
82183--82214	17	1.9	16	93	6	55	37	0	0	62	0.95
84376--84483	56	2.0	55	87	5	157	52	6	5	35	1.50
84654--84699	24	2.0	23	87	8	67	36	0	0	63	0.95
84921--85054	22	6.3	22	72	18	88	56	0	0	43	0.99
84933--85050	27	4.2	28	72	24	106	55	0	0	44	0.99
84886--85055	14	10.8	16	66	24	87	54	0	0	45	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84921--85054	11	12.5	11	68	20	72	56	0	0	43	0.99
85009--85074	27	2.4	28	80	10	73	54	0	3	42	1.15
85760--85792	14	2.2	16	89	10	52	36	0	3	60	1.12
96305--96406	30	3.5	30	75	18	92	47	9	0	42	1.43
96689--96733	15	3.0	15	80	6	56	44	0	0	55	0.99
96708--96743	19	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
98090--98128	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
99085--99121	17	2.2	17	90	0	56	45	5	2	45	1.40
101147--101215	27	2.6	27	76	21	74	40	1	1	56	1.17
101194--101235	20	2.0	21	86	4	59	35	0	0	64	0.94
101198--101255	25	2.4	25	88	2	82	34	0	0	65	0.93
101172--101263	16	6.0	16	69	26	58	38	0	0	61	0.96
101527--101592	24	2.6	25	85	7	80	63	0	0	36	0.95
101536--101594	29	2.0	29	86	0	82	62	0	0	37	0.95
101537--101595	24	2.4	24	83	13	84	61	0	0	38	0.96
101546--101597	14	4.1	14	79	20	60	55	0	0	44	0.99
101580--101616	17	2.1	18	85	14	51	43	0	0	56	0.99
102335--102472	5	27.6	5	66	16	54	41	0	0	57	1.09
102332--102473	38	3.8	37	71	20	91	40	0	0	57	1.09
102337--102414	16	4.8	16	71	21	54	42	0	0	57	0.98
102339--102466	32	3.8	33	70	16	93	42	0	0	56	1.10
105204--105237	16	2.1	16	100	0	68	41	8	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105243--105282	21	2.0	19	85	9	53	42	2	0	55	1.13
105877--105905	12	2.3	13	94	5	51	44	6	10	37	1.65
106820--106871	27	1.9	27	84	7	70	59	1	0	38	1.08
108419--108460	22	1.9	22	90	9	68	57	0	4	38	1.20
108460--108559	16	6.5	15	72	20	82	60	1	1	38	1.11
108431--108491	27	2.3	25	83	16	70	62	0	3	34	1.12
108470--108559	8	10.2	8	70	24	58	58	1	1	38	1.12
108432--108522	27	3.3	26	79	15	62	61	1	2	35	1.15
108488--108546	20	3.0	20	80	9	59	54	1	0	44	1.10
108518--108555	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99

Tables:   1   2   3   4