genome.fa.s459.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold459
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  425620

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108735--108772	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
108918--108961	2	22.0	2	81	9	54	47	4	2	45	1.35
109325--109371	23	2.2	21	85	11	60	38	2	0	59	1.09
114262--114303	13	3.2	13	82	0	57	21	40	7	30	1.80
117617--117699	22	3.4	25	78	18	86	39	0	0	60	0.97
117630--117718	11	8.6	11	71	20	59	37	0	2	60	1.09
119138--119195	23	2.5	22	81	8	71	48	0	0	51	1.00
121645--121678	8	4.0	8	85	14	50	70	0	0	29	0.87
123409--123453	2	22.5	2	81	0	54	46	0	6	46	1.29
124638--124736	50	2.0	51	87	2	146	43	4	13	39	1.62
128171--128212	21	1.9	21	85	9	57	64	0	0	35	0.94
128660--128705	23	2.0	23	84	16	60	65	0	2	32	1.05
130089--130149	31	2.0	31	83	6	79	27	6	18	47	1.73
131252--131298	25	1.9	25	91	4	78	57	2	4	36	1.30
131246--131307	25	2.6	23	76	20	65	59	1	3	35	1.23
131485--131754	140	1.9	140	87	4	402	35	5	7	51	1.54
132670--132808	31	4.7	29	69	20	92	43	1	0	53	1.14
132687--132790	27	3.6	27	71	20	77	49	0	0	50	1.00
132689--132790	30	3.5	28	76	18	93	49	0	0	50	1.00
132733--132798	30	2.3	26	73	24	62	42	0	0	57	0.98
133015--133053	20	1.9	20	89	5	60	33	0	0	66	0.92
133143--133172	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133413--133462	3	15.7	3	80	12	55	0	62	6	32	1.20
134580--134605	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
135721--135754	16	2.1	16	88	0	50	29	2	5	61	1.34
136047--136109	14	4.5	14	75	16	51	57	0	0	42	0.99
136272--136336	23	2.8	24	80	17	82	53	0	1	44	1.09
136737--136773	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
136946--136988	22	2.0	21	86	4	59	48	0	0	51	1.00
136934--136993	28	2.1	28	81	6	68	51	0	0	48	1.00
139692--139734	21	2.0	21	86	0	59	25	13	6	53	1.65
144930--144969	18	2.2	18	100	0	80	37	12	5	45	1.64
147522--147556	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
148086--148124	2	20.0	2	94	5	71	0	48	0	51	1.00
148177--148254	41	1.9	41	84	5	104	30	3	5	60	1.36
148511--148536	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
149105--149144	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
149360--149720	159	2.3	159	81	8	405	40	6	8	43	1.63
149420--149823	157	2.5	158	80	8	444	42	7	7	42	1.61
150344--150389	6	7.7	6	82	7	58	43	2	2	52	1.25
150344--150389	17	2.6	17	86	6	56	43	2	2	52	1.25
151278--151324	12	3.9	12	75	8	51	40	0	0	59	0.97
151949--151998	25	2.0	25	85	14	68	56	0	2	42	1.11
153432--153465	18	2.0	18	88	11	54	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156850--156934	1	85.0	1	78	0	71	0	5	7	87	0.68
156851--156936	27	3.0	29	88	11	133	0	8	6	84	0.76
169850--169936	1	87.0	1	76	0	66	0	8	5	86	0.71
169850--169938	31	2.9	31	93	6	148	0	10	5	84	0.78
170748--170869	14	8.4	14	72	9	66	45	4	6	43	1.48
170742--170810	29	2.3	29	78	11	77	42	1	7	49	1.39
170791--170874	29	2.9	28	80	3	78	48	7	4	39	1.52
170822--170888	29	2.3	29	81	0	80	47	2	5	43	1.43
173864--173889	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
174077--174119	17	2.8	15	86	10	52	25	0	0	74	0.82
174083--174115	13	2.6	13	95	4	59	24	0	0	75	0.80
174889--174923	8	4.4	8	100	0	70	62	0	0	37	0.95
174923--174957	11	3.0	12	83	8	54	28	0	0	71	0.86
175608--175642	18	2.0	17	88	5	52	48	2	0	48	1.16
176598--176678	29	2.8	28	77	9	81	45	8	8	37	1.66
176638--176771	14	9.5	14	76	8	101	50	6	3	39	1.47
176667--176741	29	2.7	27	84	8	89	50	5	4	40	1.44
176621--176771	43	3.5	42	78	5	151	50	7	3	38	1.49
176621--176768	15	10.3	15	72	13	80	50	7	4	37	1.49
176622--176780	41	3.8	41	78	4	95	52	7	3	36	1.48
176991--177042	22	2.4	22	83	3	61	59	0	0	40	0.97
179649--179694	15	3.0	15	90	3	65	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179670--179803	16	8.7	16	72	13	93	44	0	0	55	0.99
179652--179803	16	9.9	16	73	14	72	44	0	0	55	1.04
179780--179809	15	1.9	15	93	6	51	56	0	0	43	0.99
179794--179830	18	2.0	20	89	10	60	56	5	0	37	1.22
182003--182096	44	2.2	43	84	1	116	48	4	8	38	1.53
182003--182122	44	2.7	44	79	7	102	45	8	7	38	1.63
185109--185149	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
185311--185365	5	11.4	5	83	11	62	30	0	0	69	0.89
185298--185350	25	2.1	25	82	6	63	39	0	0	60	0.97
185309--185365	20	3.0	20	83	16	77	31	0	0	68	0.90
185309--185365	25	2.3	26	85	14	86	31	0	0	68	0.90
186152--186184	11	2.8	12	81	9	50	30	0	0	69	0.88
186642--186672	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
186790--186862	34	2.2	32	85	11	94	50	0	0	49	1.00
186804--186872	15	4.3	16	71	16	54	57	0	0	42	0.98
186787--186883	49	2.0	48	83	2	122	55	0	0	44	0.99
188379--188427	24	2.0	24	92	0	80	40	6	18	34	1.75
188877--188967	15	5.9	16	71	20	68	37	3	0	59	1.14
188877--188994	32	3.7	30	71	13	85	38	3	0	57	1.15
189444--189487	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
192263--192302	19	2.1	19	95	0	71	37	25	0	37	1.56
194583--194636	27	2.0	27	100	0	108	33	14	11	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195711--195736	13	2.0	13	100	0	52	23	38	7	30	1.83
198431--198509	24	3.5	24	76	11	69	65	1	1	31	1.08
198604--198725	65	1.9	65	84	3	165	40	8	11	39	1.71
198609--198742	65	2.1	65	80	5	146	41	6	11	40	1.67
198772--198817	22	2.1	21	88	11	67	47	0	0	52	1.00
198772--198817	21	2.1	22	88	11	69	47	0	0	52	1.00
198763--198825	21	2.8	23	78	7	67	50	0	0	49	1.00
198770--198841	21	3.3	21	73	7	56	48	0	0	51	1.00
203245--203527	99	2.9	99	88	2	412	25	21	18	34	1.96
210121--210159	19	2.2	19	86	9	55	56	0	0	43	0.99
211144--211179	3	12.3	3	94	5	65	66	0	0	33	0.92
211630--211659	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
213728--213779	21	2.4	22	77	3	61	36	0	5	57	1.23
215509--215555	14	3.3	14	77	13	51	55	2	0	42	1.12
216221--216259	16	2.4	17	86	4	53	41	0	0	58	0.98
222051--222093	16	2.7	16	82	10	52	51	0	0	48	1.00
229664--230129	233	2.0	233	99	0	923	36	20	18	24	1.94
236323--236389	28	2.3	31	80	12	79	49	1	4	44	1.31
236470--236501	8	4.0	8	95	0	55	25	3	0	71	1.00
236523--236558	5	7.2	5	100	0	72	61	0	0	38	0.96
238430--238490	26	2.3	26	97	0	113	42	19	14	22	1.88
238566--238623	30	1.9	30	86	6	82	48	1	8	41	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241384--241681	141	2.1	142	81	5	334	28	18	18	34	1.95
244174--244208	17	2.1	17	89	5	54	40	20	0	40	1.52
247296--247320	6	4.2	6	100	0	50	0	52	0	48	1.00
252130--252167	20	1.9	20	88	0	58	39	2	0	57	1.12
255813--255879	2	35.0	2	80	14	70	46	2	2	47	1.33
255962--256045	44	1.9	44	85	4	116	26	20	26	27	1.99
255962--256059	44	2.2	44	82	7	101	27	21	25	25	1.99
257132--257162	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
275541--275581	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
275732--275776	22	2.0	22	95	0	81	46	11	4	37	1.60

Tables:   1   2   3   4