genome.fa.s464.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold464
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  258458

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 266 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117221--117756	43	11.5	48	85	8	620	30	18	25	25	1.98
117449--117559	21	5.2	21	61	26	54	29	19	26	24	1.99
117206--117756	92	6.0	92	88	6	810	31	18	25	25	1.98
117761--117866	33	3.2	33	93	1	185	18	16	36	27	1.93
117870--118581	34	20.8	35	84	9	816	33	12	33	20	1.89
118107--118166	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
118134--118581	35	12.8	35	85	8	549	33	11	33	20	1.89
117870--118583	106	6.9	105	86	7	875	33	12	33	20	1.89
118557--118680	31	4.0	30	83	7	149	28	16	33	21	1.96
118557--118680	63	2.0	61	85	6	169	28	16	33	21	1.96
119617--119641	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
119979--120070	14	6.4	14	85	6	114	0	0	13	86	0.56
119959--120041	41	2.1	39	81	4	94	2	3	14	79	0.97
119979--120070	41	2.2	41	88	7	134	0	0	13	86	0.56
119979--120068	39	2.3	39	86	3	128	0	0	13	86	0.57
119979--120070	1	92.0	1	73	0	76	0	0	13	86	0.56
127998--128126	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
127998--128146	52	2.9	51	91	4	228	30	17	18	33	1.94
128135--128159	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128202--128299	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
128197--128297	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
128221--128277	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128888--128917	11	2.7	11	100	0	60	50	10	6	33	1.62
130029--130056	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
131166--131385	97	2.3	97	76	4	219	29	23	10	37	1.87
133811--133861	25	2.0	25	92	0	84	21	13	17	47	1.82
137043--137070	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
137682--137807	65	1.9	65	96	0	234	27	12	9	50	1.71
139103--139170	24	2.8	23	78	13	75	38	1	0	60	1.06
140402--140447	20	2.3	20	82	14	51	39	0	4	56	1.19
140417--140506	17	5.0	19	69	21	68	36	1	3	58	1.22
140460--140514	28	2.0	27	82	7	65	30	1	0	67	1.01
140484--140556	19	4.1	17	72	19	60	24	5	4	65	1.31
140485--140558	36	2.1	35	85	9	98	25	5	4	64	1.32
144310--144348	20	2.1	19	85	9	53	56	10	10	23	1.63
145265--145302	20	1.9	20	94	0	67	44	7	13	34	1.72
145275--145341	20	3.3	20	76	0	62	43	11	11	32	1.78
145601--145643	17	2.5	17	77	7	52	25	0	4	69	1.07
145835--145867	17	1.9	17	88	11	50	48	0	3	48	1.17
146156--146217	25	2.5	24	76	7	70	41	0	0	58	0.98
146894--146935	23	1.9	23	85	9	61	30	4	4	59	1.39
147554--147613	29	2.1	29	96	0	111	51	1	0	46	1.10
148324--148355	15	2.1	16	94	5	57	68	0	0	31	0.90
148698--148750	17	2.9	17	83	10	61	64	1	0	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148688--148750	17	3.7	17	73	12	58	61	1	0	36	1.05
149931--149977	2	23.5	2	95	0	85	53	0	0	46	1.00
150923--150991	23	3.0	24	75	10	72	47	0	0	52	1.00
150920--150963	12	3.8	12	84	6	54	52	0	0	47	1.00
151488--151524	11	3.5	11	88	3	58	16	8	0	75	1.02
151486--151536	10	5.3	9	80	15	50	23	5	0	70	1.09
151486--151522	10	3.6	10	89	7	56	21	5	0	72	1.04
152638--152663	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
153792--153861	22	3.3	20	79	13	70	31	0	1	67	1.00
153809--153867	23	2.7	23	87	10	79	30	0	1	67	1.00
153783--153868	20	4.4	19	78	18	79	33	0	1	65	1.01
153810--153878	22	3.1	21	80	13	68	30	1	1	66	1.09
155346--155392	22	2.1	22	84	11	60	42	0	0	57	0.98
159222--159247	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
159657--159693	17	2.2	17	100	0	74	18	13	27	40	1.88
161629--161693	22	3.0	22	79	0	76	41	9	9	40	1.69
161625--161712	44	2.0	43	84	6	115	42	7	9	40	1.66
161773--161887	46	2.6	46	80	12	134	45	2	3	48	1.33
161853--162425	51	11.3	51	70	20	305	41	1	5	51	1.32
161877--162170	108	2.7	109	81	12	309	39	1	5	53	1.32
162070--162256	94	2.0	90	80	8	207	39	1	4	55	1.27
163137--163206	15	4.3	15	67	19	50	57	1	0	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163112--163231	51	2.3	53	88	8	174	55	1	2	40	1.23
163374--163421	21	2.3	21	82	10	62	60	2	0	37	1.09
163384--163418	18	1.9	18	94	0	61	65	2	0	31	1.07
163544--163662	46	2.6	44	78	11	123	53	2	2	41	1.28
163800--164008	105	2.0	105	84	8	257	55	5	1	37	1.31
163811--164034	52	4.3	50	83	9	261	55	4	2	37	1.32
163829--164027	105	1.9	105	89	7	314	54	5	2	38	1.34
164133--164175	22	2.0	22	85	0	59	46	13	0	39	1.44
164546--164580	17	2.1	17	100	0	70	45	5	11	37	1.64
164578--164632	22	2.5	21	82	8	65	45	7	9	38	1.64
164753--164814	22	2.8	22	82	4	63	50	6	6	37	1.54
165101--165144	2	22.0	2	81	9	54	43	0	2	54	1.12
165101--165153	18	2.9	18	86	10	65	39	1	1	56	1.21
168895--168920	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
168874--168962	29	2.9	31	81	11	103	44	14	14	25	1.83
168903--168964	29	2.2	28	97	2	115	48	14	12	24	1.79
168984--169051	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
168987--169049	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
169006--169030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
169107--169152	21	2.3	19	92	7	74	36	19	10	32	1.87
170778--170818	21	2.0	21	85	0	55	43	4	19	31	1.72
171942--171999	21	2.7	21	81	7	73	37	25	3	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181526--181563	19	2.1	19	90	5	60	47	2	0	50	1.15
187337--187370	16	2.2	15	89	5	50	38	0	0	61	0.96
192551--192596	20	2.3	20	81	7	58	67	2	0	30	1.03
193341--193366	10	2.6	10	100	0	52	38	7	7	46	1.61
193394--193435	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
194633--194659	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
194681--194729	21	2.3	22	79	10	57	65	0	0	34	0.93
194682--194719	15	2.6	14	88	12	51	68	0	0	31	0.90
194989--195052	12	5.5	12	75	14	62	54	0	0	45	0.99
194989--195053	23	2.8	24	79	6	71	53	0	0	46	1.00
196091--196135	24	2.0	22	86	8	63	55	0	2	42	1.12
196865--196901	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
197079--197128	23	2.1	24	85	3	66	46	4	0	50	1.20
199645--199669	11	2.3	11	100	0	50	84	8	8	0	0.79
199883--199943	18	3.3	19	80	11	65	60	0	0	39	0.97
199883--199945	19	3.4	18	76	22	60	60	0	0	39	0.97
199883--199949	11	6.1	11	70	16	50	59	0	0	40	0.97
208295--208655	124	2.9	126	86	10	496	53	1	2	42	1.25
209392--210001	91	6.8	90	78	8	550	42	7	15	35	1.74
209397--209984	175	3.3	172	81	8	596	42	6	14	35	1.73
209380--209999	266	2.3	264	82	7	732	42	7	15	35	1.74
213396--213428	16	2.0	17	94	5	59	48	6	12	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214164--214212	21	2.3	22	78	3	55	26	4	6	63	1.36
214206--214480	34	7.6	34	63	20	94	43	1	2	52	1.24
214188--214685	111	4.5	112	88	7	639	42	2	2	52	1.29
214188--214685	222	2.2	221	88	7	708	42	2	2	52	1.29
214640--214687	20	2.4	19	77	16	53	39	2	2	56	1.23
215318--215342	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
215741--215831	36	2.5	37	82	8	107	50	0	1	48	1.08
221629--221674	25	1.9	25	82	8	60	58	19	8	13	1.60
222424--222462	20	2.0	20	84	0	51	56	2	5	35	1.35
222469--222509	22	2.0	20	85	9	55	60	0	2	36	1.10

Tables:   1   2   3