genome.fa.s464.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold464
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  258458

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 266 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10--45	1	36.0	1	94	0	63	0	0	97	2	0.18
6--45	21	1.9	21	100	0	80	0	0	95	5	0.29
5267--5305	8	4.9	8	81	12	53	87	0	0	12	0.55
5270--5305	15	2.5	15	90	4	56	88	0	0	11	0.50
12460--12507	18	2.7	18	81	12	64	45	0	0	54	0.99
13444--14279	146	5.8	144	80	7	827	33	1	11	53	1.47
13765--13803	20	2.0	19	90	5	60	35	0	5	58	1.20
13444--14279	72	11.5	72	77	9	709	33	1	11	53	1.47
13444--14268	219	3.8	214	82	6	914	32	1	11	53	1.46
14183--14372	98	2.0	96	83	9	244	31	0	13	54	1.43
14254--14304	24	2.1	24	88	3	75	35	0	17	47	1.48
14360--14482	24	5.0	24	67	23	69	29	0	11	58	1.38
14374--14482	26	4.4	25	66	21	77	29	0	11	58	1.38
14115--14448	170	2.0	169	88	2	492	31	1	12	55	1.44
14281--14760	73	6.6	72	81	6	522	31	3	11	53	1.53
14061--14508	242	1.9	242	83	4	591	31	1	12	54	1.48
14281--14760	218	2.2	217	82	6	594	31	3	11	53	1.53
16053--16421	166	2.2	165	80	2	400	34	17	7	40	1.77
16638--17038	166	2.4	166	83	2	502	35	18	6	39	1.76
19435--19500	33	2.0	33	82	11	82	42	15	6	36	1.71
19531--19584	20	2.8	19	91	5	90	35	18	12	33	1.89
19555--19618	33	2.0	32	87	3	92	40	15	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22105--22131	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
29473--29497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29535--29635	32	3.1	32	92	1	166	36	16	10	35	1.84
29540--29636	19	5.7	19	68	27	83	37	16	11	35	1.85
31919--31944	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
31899--31962	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
33934--33958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
34513--34559	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
37623--37648	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
37603--37666	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
38720--38788	33	2.1	32	84	10	86	39	20	10	30	1.85
38750--38787	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
38821--38873	19	2.7	19	86	11	72	33	15	15	35	1.88
38838--38900	32	1.9	32	87	3	90	39	11	15	33	1.83
39662--39709	22	2.3	22	89	7	73	52	2	8	37	1.44
42855--42885	2	15.5	2	93	0	53	51	45	0	3	1.17
42905--42935	16	1.9	16	93	0	53	48	29	3	19	1.64
42885--42911	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
43130--43159	4	7.5	4	100	0	60	73	0	0	26	0.84
44080--44135	20	2.9	19	82	10	62	51	1	1	44	1.22
44119--44159	16	2.6	16	78	21	50	60	2	0	36	1.10
44119--44188	31	2.3	30	76	16	72	60	4	0	35	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44316--44375	16	3.8	16	78	10	61	51	23	11	13	1.73
50251--50288	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
55564--55588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
55544--55610	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
55651--55675	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55684--55812	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
60298--60336	16	2.4	16	91	0	69	30	0	12	56	1.37
62032--62061	14	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
62034--62085	24	2.1	25	82	3	61	50	1	1	46	1.23
68439--68523	19	4.7	19	76	18	92	37	17	12	31	1.88
68477--68501	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
68458--68521	32	2.0	33	96	3	121	34	18	14	32	1.91
69368--71131	140	12.6	149	80	11	855	31	18	25	25	1.97
69368--71144	43	38.0	49	79	11	1910	31	17	25	25	1.97
69374--71149	92	19.0	92	86	6	2062	31	17	25	25	1.97
69728--69795	22	3.1	22	62	19	52	30	17	27	23	1.97
70734--70802	21	3.2	21	66	18	61	31	18	23	26	1.97
70939--71007	22	3.2	22	63	19	54	33	18	23	24	1.97
71142--71243	32	3.2	32	89	6	154	19	17	33	29	1.95
71137--71272	65	2.1	64	80	8	152	22	16	33	27	1.96
71245--71765	34	15.8	33	78	11	400	34	12	32	19	1.90
71245--71764	102	5.3	100	78	10	468	35	12	32	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71624--71824	30	6.7	29	76	10	129	29	15	31	23	1.95
71644--71772	65	2.0	63	83	5	161	32	13	32	21	1.92
71673--71824	30	4.9	30	82	7	144	32	14	29	23	1.94
72836--72870	15	2.2	16	90	5	54	0	8	5	85	0.73
79982--80110	52	2.5	52	92	0	222	28	17	17	36	1.93
80192--80216	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
80168--80236	32	2.1	33	91	2	113	36	17	13	33	1.88
83086--83132	18	2.7	18	93	3	78	19	6	6	68	1.34
87070--87161	40	2.3	40	83	9	116	29	17	11	41	1.85
87070--87140	20	3.5	20	92	3	108	28	18	12	40	1.87
89504--89623	51	2.4	51	82	2	134	31	25	12	30	1.92
89610--89680	28	2.6	26	85	12	90	25	30	18	25	1.98
89715--89790	28	2.7	27	82	15	93	22	28	19	28	1.98
89596--89889	107	2.7	109	87	3	418	25	24	17	33	1.96
89561--89956	107	3.7	107	80	5	406	26	25	15	33	1.95
89850--90041	79	2.4	79	85	2	249	28	24	14	33	1.94
89963--90077	51	2.3	51	83	3	151	31	26	9	32	1.88
96248--96570	60	5.4	60	87	6	444	26	27	19	26	1.99
96275--96570	115	2.5	116	90	4	470	26	27	20	25	1.99
96248--96570	176	1.8	176	90	4	517	26	27	19	26	1.99
96546--96737	43	4.4	43	86	5	251	21	29	14	35	1.92
96546--96810	88	3.0	88	80	9	299	19	29	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96547--96798	131	1.9	130	87	4	364	20	30	13	36	1.90
96962--97193	122	1.9	122	84	5	308	25	25	18	30	1.98
96962--97193	61	3.8	61	79	7	256	25	25	18	30	1.98
97181--97319	42	3.3	42	80	7	172	20	25	14	38	1.91
97373--97474	40	2.5	41	80	3	116	17	26	10	45	1.81
97793--97817	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
97774--97837	32	2.0	32	84	9	85	31	15	18	34	1.93
97857--97929	20	3.7	19	81	3	83	30	15	12	42	1.83
100081--100200	51	2.4	51	85	2	161	30	23	14	32	1.94
100273--100340	27	2.5	28	85	2	93	23	32	16	27	1.96
100327--100441	51	2.3	51	92	0	194	31	30	8	29	1.87
100373--100592	79	2.8	78	82	5	273	28	25	14	31	1.95
102167--102343	20	8.8	20	74	20	147	26	17	15	40	1.89
102254--102323	33	2.1	33	100	0	140	27	18	14	40	1.89
102185--102343	53	3.1	53	79	11	177	27	18	15	39	1.90
102274--102304	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
104794--104867	28	2.6	28	82	0	94	20	29	22	27	1.98
104900--104974	28	2.7	28	91	4	116	21	32	21	25	1.98
104781--105162	107	3.6	107	85	4	448	25	26	17	31	1.97
105118--105176	28	2.0	29	87	9	84	28	25	13	32	1.94
105035--105227	79	2.4	79	85	2	251	29	26	12	31	1.93
105148--105262	51	2.3	51	84	3	160	31	28	10	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105730--105796	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
105750--105774	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105839--105863	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105872--105991	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
111287--111490	100	2.0	100	93	0	345	34	13	8	43	1.75
112104--112148	17	2.6	17	76	13	56	35	0	8	55	1.31
113158--113182	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
113138--113207	33	2.1	33	89	5	106	34	11	15	38	1.84
113281--113401	52	2.3	52	95	0	215	35	17	18	28	1.93
117076--117202	67	1.9	68	83	1	166	37	13	25	24	1.92

Tables:   1   2   3