genome.fa.s471.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold471
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409746

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1312--1356	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
3551--3602	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
3551--3608	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
6508--6636	52	2.5	52	94	0	231	29	18	16	35	1.93
6645--6669	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11814--11942	52	2.5	52	93	0	222	29	17	17	35	1.93
12007--12071	13	4.5	13	71	25	51	33	16	13	35	1.89
13761--13825	17	3.9	17	69	18	55	41	0	3	55	1.15
14023--14048	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
14654--14700	23	2.0	23	83	0	58	38	4	0	57	1.18
15008--15048	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
15454--15498	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
15963--16010	22	2.2	22	81	7	53	27	4	6	62	1.38
17291--17317	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
18752--18787	19	1.9	18	94	5	63	36	0	0	63	0.94
21935--21977	16	2.7	16	85	0	50	58	4	2	34	1.32
22786--22829	22	2.0	23	86	4	63	34	2	9	54	1.44
23407--23862	168	2.7	166	81	4	524	30	11	8	49	1.67
23345--23851	167	3.0	165	79	5	543	29	11	8	49	1.69
24145--24181	10	3.7	10	92	0	65	27	0	10	62	1.28
24822--24855	16	2.0	18	88	11	54	50	8	5	35	1.58
25170--25213	20	2.2	20	84	11	56	54	6	2	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27101--27138	13	2.9	13	81	11	51	65	0	34	0	0.93
27099--27145	17	2.9	17	87	6	62	65	0	34	0	0.93
27109--27147	20	2.1	19	86	13	55	69	0	30	0	0.89
30306--30341	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
30399--30454	22	2.5	22	91	0	94	37	8	25	28	1.86
30442--30472	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
30497--30633	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
30713--30753	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
31334--31370	5	7.6	5	93	6	67	0	0	18	81	0.70
34041--34108	21	3.2	22	75	12	70	76	4	8	10	1.14
35988--36115	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
36124--36148	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36212--36236	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36190--36256	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
37238--37322	30	2.7	32	80	7	102	31	28	18	21	1.97
37295--38330	62	17.0	62	88	2	1257	27	25	19	27	1.99
38265--38414	81	1.9	80	92	1	255	26	23	18	32	1.97
38413--38539	31	4.1	31	77	6	123	30	31	22	15	1.95
38463--38619	31	5.1	31	77	1	127	29	31	21	17	1.96
38442--38619	62	2.9	62	80	1	187	28	32	22	16	1.96
38639--38790	32	4.8	31	73	8	108	27	26	17	27	1.98
38636--38814	96	1.9	96	82	4	227	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39900--39935	14	2.6	14	95	0	63	63	0	36	0	0.94
39903--39937	17	2.0	18	94	5	63	62	0	37	0	0.95
42581--42620	20	2.0	20	85	9	55	77	0	0	22	0.77
42618--42717	14	8.2	14	62	28	50	41	6	33	20	1.76
42613--42782	35	4.9	35	98	0	331	42	5	31	20	1.76
42638--42773	21	7.5	20	64	30	83	42	5	31	19	1.75
44178--45102	79	11.8	79	89	2	1373	26	25	15	32	1.95
45115--45283	51	3.3	51	82	8	175	30	26	11	31	1.91
45008--45390	209	1.8	209	92	0	649	28	27	13	30	1.94
44978--45410	107	4.1	106	71	11	357	27	26	15	30	1.95
45294--45468	79	2.2	79	81	2	199	25	28	16	30	1.96
54127--54661	79	6.8	79	90	4	807	27	26	14	31	1.94
54127--54660	236	2.3	237	92	3	882	27	26	13	32	1.94
54567--54839	51	5.3	51	69	13	153	29	27	12	30	1.93
54613--54689	28	2.8	28	84	7	95	24	33	18	23	1.96
54534--54956	107	4.0	107	72	10	366	27	27	13	30	1.94
54565--54949	209	1.8	209	92	1	655	28	28	13	30	1.94
54852--55056	79	2.6	79	82	3	243	24	30	16	28	1.96
58134--58210	20	3.8	20	76	6	84	33	12	11	41	1.80
59590--59615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60313--60356	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
62163--62188	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64258--64288	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
66092--66136	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
68354--68379	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
72776--72900	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
72776--72920	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
72909--72933	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
72974--73043	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
72999--73023	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81862--81960	52	1.9	52	89	4	155	38	13	18	30	1.88
83570--83734	39	4.0	39	77	13	159	27	21	24	26	1.99
83483--83782	87	3.4	87	85	3	397	29	19	25	26	1.98
83609--83791	48	4.0	48	77	12	213	30	17	26	26	1.97
83985--84086	28	3.7	27	79	8	89	23	15	31	29	1.95
84000--84086	27	3.1	27	81	4	84	26	16	32	25	1.96
84054--84654	35	17.1	35	86	6	826	38	10	30	20	1.87
84054--84657	71	8.6	71	87	7	842	38	10	30	20	1.86
84059--84654	176	3.4	175	89	6	891	37	10	31	20	1.87
84688--84764	29	2.6	29	81	2	91	18	18	33	29	1.94
84668--84796	28	4.5	28	76	3	105	18	14	32	34	1.91
86240--86316	1	77.0	1	78	0	73	0	7	3	88	0.63
86225--86315	9	9.6	9	78	15	67	0	6	7	85	0.73
86264--86312	25	1.9	26	91	4	82	0	12	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95013--95088	27	2.8	27	90	6	109	23	32	21	22	1.98
95040--95613	79	7.3	79	92	1	963	27	25	14	32	1.95
95547--95691	52	2.8	50	76	11	150	26	22	12	38	1.89
102265--102292	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
109155--109233	8	9.9	8	81	13	92	83	13	2	0	0.75
109155--109233	32	2.5	32	87	4	115	83	13	2	0	0.75
110485--110951	28	16.3	28	82	7	528	29	30	17	23	1.97
110479--110951	85	5.5	84	84	6	549	29	30	16	23	1.96
110485--110923	143	3.1	143	84	4	536	29	30	17	22	1.96
114187--114261	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
114184--114261	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
114823--115858	29	36.0	28	85	5	1227	23	17	30	28	1.97
119001--119063	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
119019--119076	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
119001--119096	32	3.0	32	95	1	165	38	18	14	28	1.90
121291--121346	21	2.6	22	75	13	64	55	7	14	23	1.63
125253--125289	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
125410--125455	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
127844--127869	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
127826--127887	32	2.0	31	93	3	106	37	19	14	29	1.91
136654--136728	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
136651--136728	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136926--137024	39	2.6	37	82	6	119	37	17	17	28	1.92
137070--137189	49	2.6	46	81	7	143	21	28	20	29	1.98
137904--137957	20	2.7	20	97	0	99	31	20	7	40	1.80
141259--141607	167	2.1	167	83	2	441	31	10	9	49	1.68
143371--143401	16	1.9	16	93	0	53	80	0	0	19	0.71
145420--145478	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
145758--145783	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147009--147050	21	2.0	20	95	4	75	38	14	11	35	1.83
147341--147387	12	4.2	12	86	8	64	65	0	2	31	1.04
147320--147382	26	2.4	27	73	21	69	61	0	1	36	1.05

Tables:   1   2   3