genome.fa.s471.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold471
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  409746

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 292 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147419--147475	25	2.2	26	78	12	64	49	0	0	50	1.00
147403--147478	34	2.4	30	78	12	80	50	1	0	48	1.09
147437--147495	29	2.0	29	84	12	77	52	0	0	47	1.00
147561--147590	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
152755--152794	21	1.9	21	84	0	53	47	15	2	35	1.58
153517--154054	165	3.2	166	81	7	612	30	12	8	48	1.70
154877--154903	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
155974--156092	51	2.3	51	91	2	186	32	15	25	26	1.95
156075--156151	28	2.8	28	85	0	91	23	22	32	22	1.98
156170--156352	76	2.4	76	93	0	303	33	14	25	26	1.95
156968--157002	10	3.5	10	96	0	61	71	8	0	20	1.11
158587--158660	20	3.7	19	83	7	85	44	13	14	27	1.83
158698--158722	13	1.9	13	100	0	50	32	8	28	32	1.86
160337--160413	21	3.8	20	87	5	100	38	15	12	32	1.86
160336--160413	41	1.9	41	89	5	122	38	16	12	32	1.87
160524--160549	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
160504--160570	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
174436--174481	14	3.7	13	86	13	62	82	6	10	0	0.83
174437--174481	12	3.7	12	88	8	56	84	4	11	0	0.76
174465--174496	9	3.6	9	95	0	55	90	6	3	0	0.53
175499--175973	26	17.3	26	60	17	88	28	32	19	19	1.96
175452--176514	55	19.3	55	90	3	1617	28	31	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175647--175734	29	3.1	29	61	26	71	26	35	19	19	1.95
177121--177202	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
177121--177202	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
177293--177331	20	1.9	21	94	5	71	20	15	15	48	1.81
179703--180087	52	7.4	51	69	12	219	30	25	12	31	1.92
180076--180147	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
179698--180198	263	1.9	263	88	2	756	28	26	13	31	1.94
180022--180226	107	1.9	107	81	5	243	26	27	16	29	1.96
180101--180304	78	2.6	78	82	2	230	24	30	16	28	1.97
183800--183850	20	2.5	20	93	0	84	41	13	9	35	1.78
183909--183935	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
183889--183952	32	2.0	33	87	9	96	42	14	15	28	1.86
192447--192511	33	2.0	33	85	11	89	32	16	16	33	1.92
192541--192594	19	2.8	20	88	2	74	35	18	16	29	1.93
192581--192609	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
196355--196394	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
198131--198279	77	1.9	77	95	0	271	36	9	16	37	1.81
198873--198897	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
199638--199678	11	3.8	11	84	12	50	70	0	26	2	0.99
201318--201388	27	2.6	27	100	0	142	12	19	45	22	1.84
203502--203647	52	2.8	52	93	0	247	30	16	15	37	1.90
203659--203683	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203745--203771	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
203726--203791	33	2.0	33	87	0	96	42	15	12	30	1.83
204582--204708	67	1.9	68	81	1	157	38	11	25	24	1.89
204721--205283	49	11.7	49	83	6	681	29	18	26	25	1.98
205343--205434	35	2.7	35	81	5	116	39	11	28	20	1.88
205412--205643	29	7.9	29	81	7	227	24	17	29	28	1.97
205442--205620	89	2.0	89	90	2	279	25	17	28	29	1.97
205537--205856	34	10.6	27	75	17	163	27	15	33	23	1.95
205558--205860	92	3.3	91	82	6	303	28	14	33	23	1.94
205616--205929	33	9.9	33	77	13	243	31	14	33	20	1.92
205929--206258	31	10.7	31	73	7	235	29	17	29	24	1.97
205928--206259	62	5.4	60	76	9	269	29	17	29	24	1.97
206020--206234	64	3.4	64	79	10	230	31	17	28	23	1.97
207180--207221	11	3.7	11	84	15	59	0	9	2	88	0.61
207183--207221	16	2.4	16	91	4	60	0	7	2	89	0.56
214387--214510	52	2.4	52	91	0	203	29	17	17	34	1.94
215442--215789	155	2.2	154	80	4	396	26	16	18	38	1.92
217946--218474	154	3.4	151	76	9	444	42	15	13	29	1.85
234337--234827	27	17.9	27	79	4	471	21	32	15	30	1.94
234335--234827	55	9.0	54	80	4	479	21	32	15	31	1.94
234393--234827	82	5.3	82	86	6	524	20	33	15	30	1.94
236972--237038	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236992--237016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
237081--237105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
237114--237234	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
241565--242087	166	3.1	165	84	3	640	27	11	9	51	1.69
241688--242188	165	3.0	165	81	5	381	28	11	9	49	1.70
242510--242563	24	2.2	25	83	3	74	72	3	22	1	1.10
244064--244794	156	4.8	154	81	7	756	21	16	23	37	1.93
244167--244765	145	4.0	146	81	6	589	21	16	24	38	1.93
246091--246145	20	2.7	21	82	2	67	36	12	20	30	1.90
248821--249027	102	2.0	102	89	1	317	31	14	13	40	1.85
250494--250550	20	2.8	20	86	7	80	38	15	17	28	1.91
250601--250665	34	2.0	33	90	6	105	46	15	10	27	1.79
252864--252913	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
254711--254741	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
255892--255929	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
258346--258402	20	2.8	20	86	7	80	38	15	17	28	1.91
258453--258517	21	3.6	19	69	26	61	44	16	10	27	1.81
258453--258517	34	2.0	33	90	6	105	44	16	10	27	1.81
263647--263685	20	2.0	20	94	0	69	35	15	7	41	1.76
264455--264582	61	2.1	61	82	5	152	41	14	19	24	1.89
264950--265272	65	5.0	64	81	3	362	22	16	30	31	1.96
264923--265273	32	10.9	32	75	5	307	21	17	29	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282154--282180	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
282167--282252	20	4.7	20	78	19	114	39	18	17	24	1.92
282135--282200	32	2.0	32	88	2	96	40	16	15	27	1.88
282187--282252	33	2.0	33	96	0	123	39	18	16	25	1.91
282207--282233	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
282134--282252	53	2.3	52	92	1	202	39	18	16	25	1.91
287831--287870	21	1.9	21	85	10	55	25	17	5	52	1.64
290071--290123	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
290153--290208	19	2.9	19	89	2	76	37	17	14	30	1.90
290193--290219	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
290174--290238	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
296018--296086	34	2.1	32	84	10	86	36	17	14	31	1.90
302011--302041	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
302235--302270	13	2.8	13	86	0	54	33	13	16	36	1.89
304836--304889	21	2.7	21	86	13	78	37	16	14	31	1.89
305671--305894	35	6.4	34	70	9	130	40	15	12	31	1.85
305670--305878	70	3.0	68	74	13	183	39	15	12	32	1.85
311567--311621	21	2.7	21	74	2	58	43	12	16	27	1.84
315754--315791	3	12.7	3	94	0	67	65	0	2	31	1.06
319716--319803	31	2.8	31	78	0	95	25	25	30	19	1.98
319922--320447	180	2.9	180	81	3	560	31	23	23	22	1.99
321067--321122	21	2.7	21	78	10	71	35	14	7	42	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326577--326624	18	2.7	18	78	15	55	2	8	8	81	0.96
327247--327318	21	3.4	21	78	3	83	37	12	12	37	1.81
327242--327360	42	2.9	42	77	7	111	39	15	11	33	1.83
328131--328186	29	1.9	29	82	7	69	62	1	12	23	1.39
329851--329904	25	2.2	25	93	0	90	51	5	9	33	1.57
331569--331608	21	1.9	21	85	10	55	22	25	17	35	1.95
332664--332721	21	2.8	21	86	0	80	36	13	8	41	1.76
340585--340779	92	2.1	93	85	2	259	35	17	12	33	1.88
345388--345413	11	2.4	11	100	0	52	50	19	11	19	1.77
348936--348966	13	2.3	14	94	5	55	12	6	58	22	1.58

Tables:   1   2   3