genome.fa.s472.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold472
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  529027

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38--215	51	3.5	51	91	5	281	29	17	19	33	1.95
47--270	102	2.2	102	81	8	244	29	16	19	34	1.94
309--333	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
412--453	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
964--1015	20	2.7	18	80	16	59	32	19	9	38	1.84
2478--2719	29	8.3	29	80	10	255	20	17	29	33	1.95
2526--2926	29	13.7	30	74	13	248	25	17	28	29	1.97
2510--2719	87	2.4	87	88	10	331	20	17	28	33	1.95
4357--4525	1	169.0	1	86	0	221	0	0	6	92	0.45
4357--4525	31	5.4	31	88	6	250	0	0	6	92	0.45
14249--14275	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
18408--18608	52	3.9	52	95	1	341	29	17	19	33	1.95
18597--18621	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18684--18708	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18766--18807	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
23132--23390	77	3.4	75	74	5	200	41	12	15	31	1.84
27022--27090	33	2.1	33	86	0	93	33	21	13	31	1.92
27049--27073	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
27119--27172	19	2.8	20	88	2	83	38	14	16	29	1.89
27822--27989	78	2.2	78	92	2	275	27	22	6	43	1.78
27976--28073	40	2.4	41	89	1	144	29	23	5	41	1.76
31174--31198	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36250--36295	20	2.3	20	81	3	58	36	10	17	34	1.85
36250--36305	19	2.9	19	78	2	67	37	10	17	33	1.85
45745--46234	79	6.2	79	84	4	580	32	14	25	27	1.95
46170--46336	51	3.3	51	88	1	228	31	13	26	28	1.93
48637--48709	20	3.7	19	87	7	101	41	13	16	28	1.87
63380--63440	19	3.5	19	68	25	62	37	16	11	34	1.85
63366--63436	32	2.2	32	94	0	124	38	16	9	35	1.82
64171--64511	49	6.7	51	79	5	293	31	17	26	24	1.97
64178--64690	48	10.8	48	73	12	360	30	18	26	25	1.98
64230--64690	87	4.9	98	82	7	374	29	18	26	25	1.98
64178--64511	149	2.2	152	82	3	379	30	17	26	24	1.97
64479--64724	39	5.8	39	70	16	159	28	20	25	25	1.99
64429--64777	87	4.0	87	88	0	473	28	20	25	25	1.99
64801--64895	30	3.2	29	82	5	111	17	16	30	34	1.93
64876--65649	33	24.7	33	80	9	589	34	13	31	21	1.91
64869--65609	149	4.8	158	82	10	602	34	12	32	20	1.91
65111--65609	93	5.5	87	79	14	409	32	13	33	21	1.92
65264--65541	28	9.8	26	76	17	204	28	14	33	23	1.93
65228--65541	55	5.4	53	75	17	245	30	13	33	22	1.93
64841--65524	149	4.4	149	79	13	666	34	13	31	21	1.91
65519--65619	34	3.0	34	91	0	157	32	11	34	20	1.89
65585--65773	31	6.1	30	78	7	148	33	14	28	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66702--66739	20	1.9	20	94	0	67	0	15	0	84	0.63
66987--67020	15	2.4	14	90	5	50	0	0	17	82	0.67
66986--67033	12	3.8	12	77	20	53	2	0	18	79	0.84
66978--67040	23	2.4	28	72	22	64	4	4	15	74	1.16
77231--77269	20	2.0	20	94	0	69	33	15	15	35	1.89
77253--77279	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
79677--79782	5	22.2	5	73	24	70	64	0	0	35	0.94
79675--79774	12	8.7	11	76	16	80	64	0	0	36	0.94
79677--79785	17	6.7	17	75	22	92	64	0	0	35	0.94
79735--79835	28	3.5	30	76	19	92	57	0	0	41	1.05
79764--79835	16	4.3	16	80	7	72	55	0	1	43	1.08
79769--79862	41	2.3	42	83	5	111	51	1	4	43	1.28
79675--79836	10	16.1	10	69	20	58	60	0	0	38	1.01
80167--80249	30	2.8	30	74	16	93	42	0	0	57	0.98
80175--80251	29	2.7	29	84	9	104	41	0	0	58	0.98
80175--80286	29	3.9	29	81	8	86	47	0	0	52	1.00
80228--80309	29	2.6	31	76	23	84	56	1	0	42	1.07
81139--81180	11	3.8	11	84	9	59	59	0	2	38	1.10
81139--81181	5	8.0	5	80	14	50	58	0	2	39	1.11
83853--83921	31	2.2	31	82	12	79	57	1	0	40	1.07
84372--84414	17	2.5	17	75	14	52	44	0	4	51	1.22
84793--84819	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84800--84840	20	2.0	21	90	4	66	34	9	19	36	1.85
85683--85749	31	2.2	31	89	2	100	58	4	1	35	1.28
86118--86367	126	2.0	126	94	0	437	25	17	22	34	1.95
87927--87989	2	31.5	2	100	0	126	49	0	0	50	1.00
89463--89594	34	3.9	32	79	9	122	37	9	21	31	1.85
89467--89594	67	1.9	68	84	7	172	37	9	21	31	1.85
91970--92212	29	8.6	30	67	21	132	48	12	11	27	1.75
91859--92212	58	6.3	58	76	8	257	49	13	11	26	1.75
94033--94570	79	6.9	78	70	9	285	32	11	27	28	1.91
94139--94478	158	2.2	158	82	4	391	33	10	25	29	1.90
99626--99676	19	2.6	20	87	3	77	33	15	13	37	1.87
101549--101574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
101529--101596	33	2.1	32	91	2	109	35	17	14	32	1.91
104346--104397	20	2.7	20	90	3	79	38	19	13	28	1.89
110808--110871	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
110808--110871	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
112733--112778	23	2.0	23	87	4	67	32	2	30	34	1.70
113345--113397	21	2.6	20	78	3	61	41	15	13	30	1.85
114404--114436	12	2.8	12	90	0	57	45	0	27	27	1.54
116165--116223	13	5.0	13	75	23	67	27	16	15	40	1.89
116141--116223	33	2.5	33	92	0	130	25	16	16	40	1.90
116174--116211	20	1.9	20	94	0	67	23	18	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118817--118892	28	2.7	28	83	4	91	22	30	19	27	1.98
118876--118993	51	2.3	51	92	0	191	27	27	15	29	1.96
118930--119147	79	2.8	77	83	8	267	27	23	15	34	1.94
122328--122353	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122413--122485	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
122392--122485	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
122392--122467	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
124356--124380	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
125865--126029	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
128082--128107	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128167--128239	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
128146--128239	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
128146--128221	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
128593--128670	20	3.9	20	76	6	68	41	14	11	33	1.81
128593--128670	40	2.0	39	84	2	102	41	14	11	33	1.81
129231--130706	29	50.1	29	81	8	1659	21	17	32	28	1.96
129231--130709	59	25.1	57	82	8	1555	21	16	32	28	1.95
129235--130706	411	3.6	407	83	8	1385	21	17	32	28	1.95
131938--131977	19	2.2	19	86	8	57	2	5	10	82	0.91
131946--131983	11	3.4	11	86	13	51	0	2	13	84	0.73
145975--146049	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
145972--146049	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155789--155852	1	64.0	1	74	0	56	87	9	1	1	0.68
155789--155852	14	4.4	14	82	11	76	87	9	1	1	0.68
155788--155841	17	3.3	17	82	15	69	87	11	0	1	0.63
155791--155845	5	11.6	5	84	3	62	87	10	0	1	0.63
155796--155852	10	5.6	10	91	2	87	87	8	1	1	0.68
156938--157188	55	4.5	54	78	11	247	29	26	19	24	1.98
157050--157344	156	1.9	154	87	1	428	26	27	18	27	1.98
157206--157393	55	3.3	55	77	10	198	28	25	18	28	1.98
156834--157469	265	2.4	265	84	5	789	26	26	18	28	1.98
157228--157592	61	6.1	59	77	9	253	25	24	18	31	1.98

Tables:   1   2   3   4