genome.fa.s472.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold472
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  529027

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157228--157591	116	3.0	119	78	8	330	25	24	18	31	1.98
157586--157751	45	3.9	43	77	12	180	20	30	12	37	1.89
157557--157752	83	2.3	83	89	3	295	21	28	12	37	1.90
160695--160916	78	2.8	78	82	2	257	27	26	14	30	1.95
160695--160912	79	2.8	79	82	0	258	27	26	15	30	1.96
160852--160971	51	2.4	51	84	0	159	30	28	12	29	1.93
160951--161026	28	2.8	27	84	6	100	25	31	17	26	1.97
160825--161156	157	2.1	156	82	6	393	28	27	13	31	1.94
160957--161025	27	2.5	27	86	6	95	24	33	14	27	1.94
161009--161124	51	2.2	52	81	4	128	30	24	13	31	1.94
161063--161279	79	2.7	79	81	0	254	29	26	11	32	1.92
164864--164923	11	5.5	11	71	15	52	28	8	25	38	1.84
164717--165095	207	1.8	207	98	0	731	37	15	19	28	1.91
167125--167191	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
167642--167682	20	2.1	20	86	4	57	31	9	19	39	1.84
170912--170949	15	2.5	15	91	0	58	28	0	2	68	1.03
170908--170950	19	2.3	19	87	0	59	30	0	2	67	1.03
174002--174182	93	1.9	93	90	0	290	43	10	14	32	1.79
174243--174312	20	3.5	20	90	2	86	30	15	12	41	1.85
177208--177259	13	4.5	13	71	26	53	38	17	11	32	1.85
177208--177276	33	2.1	33	86	10	97	37	18	13	30	1.89
179869--179908	13	3.1	13	81	0	53	35	12	17	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186175--186228	19	2.8	19	82	2	63	38	16	12	31	1.87
193766--193890	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
193766--193910	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
193899--193923	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
193965--194034	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
193990--194014	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
197111--197176	33	2.0	33	85	5	89	31	16	10	40	1.83
197694--197719	12	2.2	12	100	0	52	46	38	7	7	1.61
200022--200051	8	3.6	8	91	8	51	50	23	0	26	1.50
200154--200322	30	5.4	31	78	11	159	22	28	14	34	1.94
200159--200322	61	2.6	61	84	7	188	23	28	15	32	1.95
200219--200881	34	20.7	34	78	15	288	20	31	12	35	1.90
200252--200845	61	9.3	62	82	7	453	20	31	12	35	1.90
200297--201056	95	8.1	94	76	14	550	19	32	12	35	1.89
200637--200818	27	6.2	27	71	18	141	21	32	12	32	1.90
200864--200897	17	2.0	17	94	0	59	23	44	17	14	1.86
200795--201286	85	5.5	85	78	8	329	19	34	12	33	1.89
200829--200931	51	2.0	51	92	0	170	19	36	12	31	1.89
200880--201454	34	17.7	34	73	16	345	19	32	12	34	1.90
200786--201234	119	3.8	119	87	7	605	19	34	12	33	1.89
200983--201016	17	2.0	17	94	0	59	23	44	17	14	1.86
200948--201113	51	3.1	51	80	16	215	19	35	13	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201024--201415	27	13.0	27	76	15	228	20	32	13	34	1.91
200999--201360	61	6.0	61	82	10	427	19	32	12	34	1.90
201000--201395	182	2.1	186	89	4	602	19	32	12	35	1.90
201000--201395	88	4.2	93	82	12	474	19	32	12	35	1.90
201294--201454	27	5.0	34	74	14	117	19	29	13	37	1.90
201329--201478	62	2.4	62	81	8	171	22	30	16	31	1.95
201429--201563	29	4.6	30	78	10	127	31	29	20	18	1.97
201429--201563	59	2.3	58	81	11	143	31	29	20	18	1.97
201622--202086	39	11.0	39	73	15	275	27	25	19	27	1.99
201574--201961	87	4.5	87	89	0	553	27	25	18	28	1.98
201807--202087	126	2.2	126	85	0	382	27	26	19	27	1.99
201940--202324	98	4.1	90	82	7	280	25	25	18	31	1.97
202048--202441	49	7.9	49	81	3	405	24	25	17	33	1.96
208836--208886	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
209578--209622	23	2.0	23	100	0	90	24	26	4	44	1.72
209760--209802	22	2.0	22	86	8	63	58	18	9	13	1.62
210942--210986	20	2.1	22	80	12	58	11	28	40	20	1.86
211250--211290	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
211424--211460	13	2.8	13	87	0	56	37	13	16	32	1.87
217754--217803	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
227743--227786	21	2.1	21	83	8	54	27	18	13	40	1.88
229511--229630	50	2.4	51	84	1	161	37	10	22	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229565--229770	80	2.6	79	83	3	247	39	11	19	30	1.86
229565--229895	79	4.2	78	81	3	306	37	12	20	29	1.89
232988--233039	28	1.9	26	84	7	68	71	0	1	26	0.97
233364--233402	19	2.0	20	85	14	55	53	5	0	41	1.23
239133--239772	42	15.0	43	83	6	623	38	18	28	13	1.90
239133--239771	255	2.5	253	83	4	804	38	18	28	13	1.90
252832--252962	47	2.8	47	85	0	190	13	20	35	29	1.91
253590--253633	20	2.1	21	95	4	81	13	4	2	79	0.98
255959--255985	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
257525--257557	17	1.9	17	88	11	50	9	18	6	66	1.40
257863--257890	11	2.5	11	100	0	56	92	7	0	0	0.37
260062--260102	21	2.0	21	90	9	68	39	0	0	60	0.96
269881--269921	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
269960--270031	20	3.6	20	75	9	67	40	16	12	30	1.86
270108--270157	10	5.1	10	90	4	75	26	30	4	40	1.74
270108--270157	20	2.5	20	90	3	84	26	30	4	40	1.74
270205--270242	13	2.9	13	100	0	76	31	15	21	31	1.94
272563--272605	22	2.0	22	95	0	77	46	16	9	27	1.77
273968--274004	17	2.2	17	95	0	65	32	5	32	29	1.80
277546--277587	9	4.8	9	77	16	52	59	0	0	40	0.97
285297--285321	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
287496--287540	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289343--289373	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
291452--291490	13	3.0	13	92	0	69	30	12	15	41	1.85
294022--294047	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
298688--298817	65	2.0	65	98	0	251	26	21	16	35	1.94
299529--299596	31	2.2	31	84	7	86	42	1	0	55	1.08
305205--305234	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
305289--305322	2	17.5	2	87	6	52	50	0	0	50	1.00
306483--306546	26	2.5	26	80	9	71	50	0	1	48	1.10
308444--308550	34	3.1	36	72	14	107	56	0	0	42	1.05
308385--308553	69	2.5	69	84	4	218	55	1	2	41	1.20
308895--308955	26	2.3	26	73	15	63	31	0	8	60	1.26
309052--309092	21	2.0	21	90	9	66	48	17	4	29	1.67
309643--309685	23	1.9	22	85	4	59	51	2	2	44	1.27
309764--309817	20	2.7	20	78	18	67	61	1	3	33	1.25
309764--309821	19	2.9	21	77	15	68	62	1	5	31	1.27
310158--310294	71	2.0	69	84	5	179	43	2	1	52	1.25
311312--311341	3	10.3	3	92	7	53	0	33	0	66	0.92
316005--316065	31	2.0	31	93	0	104	32	6	37	22	1.80
318985--319029	23	2.0	23	95	0	81	26	8	22	42	1.83
335608--335722	51	2.3	50	87	1	158	44	10	14	30	1.79
336429--336465	18	2.1	18	89	0	56	2	18	0	78	0.87
336951--337298	163	2.1	164	80	6	393	47	7	12	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336951--337343	163	2.4	163	78	7	379	47	7	11	33	1.68
338894--339077	85	2.2	85	82	5	212	47	13	20	17	1.81
339094--339297	85	2.4	83	81	4	230	44	12	24	18	1.84
339374--339487	39	2.9	39	88	2	158	37	16	25	20	1.93
339525--339760	46	5.2	46	79	3	221	46	10	22	21	1.81
340524--340703	92	2.0	92	86	2	254	29	15	26	29	1.96
353637--353662	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
353619--353682	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
355885--355929	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
359822--359846	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4