genome.fa.s474.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold474
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  406844

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111--154	17	2.4	20	85	14	60	59	0	0	40	0.98
1800--1854	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
2202--2231	3	10.0	3	92	0	51	66	3	0	30	1.07
2190--2231	18	2.3	18	91	0	66	61	4	2	30	1.29
4444--4480	18	2.1	18	90	5	58	51	0	0	48	1.00
6705--6743	19	2.1	19	85	0	51	23	7	12	56	1.62
6897--6943	22	2.1	22	100	0	94	34	8	6	51	1.58
10772--10822	21	2.5	22	81	9	63	50	0	17	31	1.46
10931--10956	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17123--17162	20	2.0	20	95	0	71	35	15	12	37	1.85
17219--17270	19	2.7	20	87	3	70	36	15	15	32	1.89
21933--21960	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
30440--30480	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
30520--30590	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
30667--30697	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
30708--30765	14	4.2	14	84	2	82	27	24	6	41	1.80
31317--31383	37	1.9	35	88	11	102	34	11	23	29	1.91
33112--33148	16	2.2	17	90	4	58	51	13	10	24	1.73
35472--35517	23	2.0	24	86	4	67	45	0	6	47	1.28
36536--36569	10	3.4	10	83	0	50	85	0	0	14	0.60
36652--36710	28	2.1	29	83	3	75	49	5	0	45	1.24
36776--36809	2	17.0	2	93	0	59	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39995--40024	11	2.8	11	95	5	53	50	0	0	50	1.00
46819--46905	35	2.5	33	79	15	88	35	4	3	56	1.37
47516--47549	16	2.1	16	100	0	68	17	0	5	76	0.98
50689--50730	21	2.0	22	90	4	68	23	0	4	71	1.05
51442--51482	17	2.5	17	92	7	68	46	0	0	53	1.00
51442--51493	17	3.1	17	86	8	54	51	0	0	48	1.00
52427--52468	2	21.0	2	90	0	66	45	0	4	50	1.23
54526--54596	35	2.0	35	100	0	142	45	11	23	19	1.83
61570--61618	2	24.5	2	95	0	89	53	0	46	0	1.00
62977--63006	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
69208--69271	8	8.0	8	72	18	53	35	0	0	64	0.94
69212--69270	11	5.5	11	80	15	70	35	0	0	64	0.94
69210--69270	21	2.9	21	85	7	79	36	0	0	63	0.94
69207--69270	27	2.3	27	82	15	78	34	0	0	65	0.93
69210--69301	19	4.7	21	71	21	58	40	1	0	58	1.05
69213--69327	32	3.8	29	74	17	85	40	2	0	56	1.13
70745--70775	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
71203--71243	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
71892--71945	16	3.4	16	78	14	58	44	18	16	20	1.87
72782--72833	15	3.4	15	72	2	50	48	25	1	25	1.62
75153--75187	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
83206--83231	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83184--83251	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
83281--83333	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
83321--83345	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85804--85841	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
85829--85920	47	1.9	48	85	12	127	30	15	17	36	1.91
86044--86069	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
92009--92047	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
92137--92161	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92937--92970	13	2.6	13	90	0	50	41	8	41	8	1.67
93034--93079	24	1.9	24	91	8	76	45	28	8	17	1.78
93067--93139	27	2.7	27	86	2	101	46	20	10	21	1.81
95203--95401	29	7.0	28	77	5	157	35	16	6	42	1.73
95225--95367	56	2.5	56	81	3	162	35	18	4	41	1.72
97494--97524	6	5.2	6	92	0	53	80	0	0	19	0.71
97500--97541	22	1.9	22	85	9	59	76	0	2	21	0.90
103869--103943	20	3.8	20	83	0	96	32	14	13	40	1.85
103930--104005	31	2.5	31	97	0	143	25	21	11	42	1.86
110644--111060	168	2.5	165	82	3	482	43	10	11	34	1.77
111152--111200	18	2.7	18	83	3	62	69	0	0	30	0.89
111876--111941	34	1.9	35	84	9	91	42	1	1	54	1.18
114354--114391	20	1.9	20	94	0	67	39	13	21	26	1.89
116427--117037	303	2.0	304	96	0	1116	34	13	15	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119258--119304	21	2.2	22	75	21	55	44	21	2	31	1.64
119263--119304	21	2.1	20	86	8	59	40	23	2	33	1.68
119284--119386	46	2.2	46	91	3	163	31	24	4	39	1.76
124515--124579	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
124533--124558	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124515--124579	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
124839--124898	32	1.9	30	83	12	77	20	10	10	60	1.57
130293--130330	13	2.9	13	88	0	58	31	18	18	31	1.95
130442--130487	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
132860--132924	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
132878--132903	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132860--132924	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
136858--136926	33	2.1	33	81	5	77	34	20	11	33	1.89
137976--138027	28	2.0	27	88	11	81	40	0	7	51	1.30
139366--139618	123	2.1	122	79	12	274	37	4	8	49	1.54
154747--155059	166	1.9	166	86	2	450	28	8	9	53	1.62
154748--155125	166	2.3	166	83	2	447	30	8	8	52	1.61
155646--155686	11	3.6	11	93	3	64	78	0	12	9	0.98
155646--155684	12	3.3	12	89	7	62	79	0	12	7	0.93
156028--156331	167	1.8	168	91	0	511	30	13	16	39	1.87
160103--160130	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
160571--160870	155	1.9	156	86	2	433	22	16	23	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160597--161018	155	2.7	155	81	3	395	22	15	21	40	1.90
164380--164409	12	2.4	13	94	5	53	80	0	13	6	0.91
164435--164470	13	2.6	14	86	13	56	83	0	11	5	0.80
166207--166723	89	5.8	89	87	2	644	28	26	15	29	1.96
166197--166723	267	2.0	266	85	3	720	28	26	15	29	1.96
167241--167313	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
167259--167334	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
167241--167334	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
167372--167398	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
167355--167418	32	2.0	33	87	9	96	42	15	15	26	1.87
171459--171489	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
173500--173577	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
173566--173603	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
176046--176118	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
176064--176139	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
176046--176139	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
176177--176203	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
176160--176222	32	2.0	32	90	6	101	41	15	15	26	1.88
177514--177625	41	2.7	41	83	2	134	16	28	17	37	1.91
177307--178255	42	22.6	42	71	8	367	18	25	18	37	1.93
177389--177678	83	3.5	83	71	7	210	17	23	17	41	1.90
177482--177745	125	2.1	126	79	6	279	17	24	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177674--178153	168	2.9	164	78	8	518	18	26	18	36	1.94
181755--181868	51	2.2	52	82	1	131	31	26	10	31	1.90
181887--182002	51	2.3	51	83	3	135	30	30	10	29	1.90
181676--182076	131	3.1	129	81	5	443	29	25	11	33	1.91
183101--183240	42	3.3	42	73	7	124	18	22	17	41	1.90
183099--183288	84	2.3	84	82	1	220	19	22	17	41	1.91
183354--183627	42	6.5	42	73	10	141	18	23	16	41	1.90
183399--183618	84	2.6	84	76	4	194	18	23	16	40	1.90
183185--183514	126	2.6	126	74	4	292	19	23	16	39	1.92
183558--183637	42	1.9	42	82	5	99	12	25	18	43	1.85

Tables:   1   2   3