genome.fa.s474.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold474
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  406844

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188350--188374	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
188330--188392	33	1.9	33	84	12	85	33	17	14	34	1.90
190086--190130	20	2.2	21	84	11	58	55	0	13	31	1.38
190223--190262	13	3.1	13	81	0	53	37	15	15	32	1.88
190270--190305	18	1.9	19	88	5	56	30	16	16	36	1.91
198937--199054	51	2.3	51	86	2	157	31	13	25	29	1.94
201569--201682	49	2.3	49	85	5	158	40	14	16	28	1.87
202246--202578	41	7.9	42	73	8	237	42	12	24	20	1.87
202395--202532	40	3.2	42	79	10	145	44	13	24	16	1.84
202249--202600	83	4.2	83	75	8	268	40	13	24	21	1.89
202575--203170	61	10.0	60	83	6	612	28	18	26	26	1.98
202572--203171	183	3.3	180	83	5	709	28	18	26	26	1.98
202572--203193	170	3.5	171	83	6	654	28	18	26	26	1.98
204255--204296	13	3.3	13	84	15	61	4	0	9	85	0.72
204255--204296	12	3.4	12	90	6	66	4	0	9	85	0.72
215903--216195	79	3.7	79	76	7	281	33	13	24	28	1.93
216074--216324	130	1.9	130	88	4	382	33	12	23	31	1.92
216142--216261	51	2.4	51	85	0	168	30	12	25	32	1.92
219347--219634	41	6.8	44	73	11	169	42	12	24	20	1.87
219284--219642	83	4.3	86	77	9	300	40	13	24	21	1.89
219612--220039	61	7.0	61	85	1	520	30	18	25	25	1.98
219797--220109	61	5.4	54	80	6	160	28	19	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220252--220344	1	93.0	1	75	0	69	1	3	9	86	0.74
220254--220344	9	9.8	9	81	13	105	1	3	9	85	0.75
220245--220344	10	10.4	10	77	8	93	1	4	10	85	0.78
220245--220344	19	5.2	18	79	12	101	1	4	10	85	0.78
222175--222205	15	2.1	15	100	0	62	38	12	6	41	1.69
234855--234975	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
234855--234995	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
234984--235008	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
235072--235096	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
235050--235116	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
235836--236035	92	2.1	95	88	5	298	31	18	25	25	1.97
235836--236035	49	4.2	49	87	7	304	31	18	25	25	1.97
236035--236104	33	2.1	35	91	5	117	20	18	35	25	1.95
236109--236340	33	6.9	35	85	12	294	33	12	34	20	1.90
236109--236340	70	3.4	69	86	10	320	33	12	34	20	1.90
236211--236364	29	5.0	30	83	11	186	30	13	32	23	1.93
236210--236364	63	2.5	64	89	4	244	30	13	32	23	1.93
237808--237936	1	129.0	1	76	0	87	2	3	8	85	0.81
237811--237937	21	6.0	20	74	20	107	2	3	9	84	0.84
237808--237937	31	4.0	31	75	14	120	2	3	9	84	0.83
241510--241538	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
247645--247671	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251804--251924	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
251804--251944	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
251933--251957	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
252022--252046	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
252000--252066	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
254104--255093	335	3.0	335	98	0	1892	29	15	12	42	1.83
256441--256475	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
257220--257257	16	2.4	17	91	8	62	65	0	0	34	0.93
257195--257285	39	2.4	39	78	14	91	63	2	1	32	1.13
257648--257700	22	2.3	23	78	12	56	56	1	5	35	1.34
258132--258197	27	2.4	27	90	7	98	46	22	7	22	1.77
262580--262625	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
263285--263312	12	2.3	12	100	0	56	53	0	7	39	1.28
263404--263452	23	2.1	24	85	11	66	28	8	6	57	1.52
263778--263877	24	3.8	24	73	16	67	62	2	0	36	1.07
263822--263872	26	1.9	27	92	4	86	70	1	0	27	0.98
263914--263949	18	1.9	19	88	5	56	61	0	0	38	0.96
266794--266829	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
268099--268129	13	2.3	14	94	5	55	19	0	0	80	0.71
269359--269416	2	28.5	2	78	3	53	50	1	1	46	1.22
270674--270727	17	3.2	17	68	21	51	40	1	0	57	1.09
270676--270753	32	2.4	33	89	4	113	43	1	0	55	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271008--271070	27	2.3	27	86	2	81	73	3	0	23	0.98
271018--271079	15	4.1	14	76	14	52	69	1	0	29	0.98
271018--271079	7	8.1	8	77	19	53	69	1	0	29	0.98
271534--271616	39	2.2	36	81	10	87	49	0	0	50	1.00
271557--271636	26	3.1	26	68	12	67	51	0	0	48	1.00
272013--272095	42	2.0	42	97	0	157	38	4	28	27	1.77
272582--272607	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
281072--281133	27	2.3	27	77	0	70	48	0	0	51	1.00
281265--281339	27	3.0	25	77	9	89	50	1	4	44	1.29
282665--282929	79	3.4	78	78	8	272	36	15	22	26	1.93
285800--286488	61	11.3	62	86	4	820	28	20	26	24	1.99
285794--286488	123	5.7	123	85	4	880	28	20	26	24	1.99
287845--288048	79	2.6	80	81	9	229	37	12	22	27	1.90
299105--299130	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
299829--299872	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
301491--301537	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
301658--301696	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
301682--301760	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
303776--303806	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
305610--305654	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
307874--307899	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
314618--314673	26	2.2	26	81	12	64	67	10	1	19	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314919--315292	79	4.8	77	82	5	385	33	15	24	27	1.95
315227--315323	51	1.9	51	81	8	117	39	13	19	27	1.89
317464--318143	348	2.0	349	96	0	1263	35	15	17	31	1.91
318326--318377	15	3.5	14	76	10	50	48	0	0	51	1.00
318314--318380	30	2.2	30	78	5	73	40	0	0	59	0.97
318325--318386	30	2.1	30	82	8	74	45	1	0	53	1.10
319061--319102	22	1.9	21	85	9	57	47	0	0	52	1.00
319686--319763	27	2.8	27	83	11	79	37	5	1	56	1.30
319725--319822	23	4.0	25	79	14	89	37	6	0	56	1.24
319887--319911	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
323045--323080	18	1.9	19	88	5	56	41	0	2	55	1.14
331912--331992	16	5.2	16	80	7	87	55	0	2	41	1.13
332679--332960	151	1.9	151	87	1	422	41	11	9	37	1.74
334999--335063	33	2.0	33	90	0	103	32	15	15	36	1.89
341208--341270	32	2.0	32	84	6	83	46	12	6	34	1.68
341240--341289	19	2.6	19	93	0	82	46	12	4	38	1.60
345375--345434	31	1.9	31	96	0	111	23	10	16	50	1.75
348143--348199	14	4.1	13	76	13	51	22	22	24	29	1.99
348122--348517	29	13.9	28	68	14	141	26	22	22	28	1.99
348261--348535	14	19.1	14	71	11	164	26	23	22	27	1.99
348227--348517	29	10.1	28	73	9	144	26	22	23	28	1.99
348277--348469	43	4.5	42	76	7	147	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348329--348517	57	3.3	57	78	8	170	26	22	23	26	2.00
352628--352685	8	6.9	8	78	9	62	75	1	5	17	1.06
352628--352685	17	3.4	16	83	9	71	75	1	5	17	1.06
357112--357281	56	3.1	56	69	8	157	22	12	33	31	1.92
357086--357337	111	2.3	110	82	2	308	22	13	32	31	1.93
366952--366991	20	2.0	20	85	9	55	22	10	7	60	1.54
370717--370788	30	2.7	26	76	19	76	66	1	0	31	1.00
370722--370780	30	2.0	30	86	6	84	64	1	0	33	1.04
379322--379415	20	4.8	20	84	2	100	40	8	11	39	1.72
379534--379572	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86

Tables:   1   2   3