genome.fa.s481.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold481
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  370912

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 321 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
507--542	15	2.3	16	90	4	56	47	0	13	38	1.44
517--548	10	3.1	11	86	13	50	50	0	15	34	1.45
4143--4192	25	2.1	23	85	7	64	66	16	14	4	1.40
5384--5535	68	2.2	68	89	1	232	29	21	9	39	1.85
7334--7448	60	1.9	60	94	0	203	24	13	14	46	1.81
8646--8699	21	2.7	19	83	10	72	75	5	9	9	1.17
8638--8708	37	1.9	36	81	16	83	73	9	9	7	1.26
9917--11865	29	67.2	28	77	12	1350	29	28	16	25	1.97
9917--11865	57	33.6	55	77	10	1318	29	28	16	25	1.97
10228--10302	38	2.0	38	89	5	116	29	32	13	25	1.93
10199--10326	66	1.9	66	88	3	195	30	32	13	23	1.93
10806--11078	151	1.8	151	83	3	370	31	26	14	27	1.95
11005--11748	151	5.0	149	78	11	536	30	28	15	25	1.96
11322--11865	28	18.9	28	78	12	371	29	28	16	25	1.97
11396--11579	94	1.9	95	85	3	255	28	29	15	26	1.96
11826--11979	32	5.1	31	78	8	113	29	28	18	24	1.98
11873--12026	32	4.9	31	78	4	139	29	28	18	24	1.98
11873--12026	63	2.4	63	83	8	188	29	28	18	24	1.98
12209--12563	174	2.0	173	87	0	503	26	25	11	36	1.90
13262--13329	25	2.6	25	73	13	66	72	5	1	20	1.14
13262--13358	26	3.8	26	76	10	92	74	5	1	19	1.07
13262--13359	51	1.9	50	82	12	119	73	5	1	20	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13313--13357	13	3.2	14	84	9	56	77	4	0	17	0.92
13858--13925	35	1.9	35	84	0	91	42	23	22	11	1.86
15464--15835	97	3.8	97	93	0	584	29	24	11	34	1.90
15785--16007	69	3.2	69	87	2	322	30	18	11	40	1.85
17972--18195	113	2.0	113	93	0	385	35	16	16	32	1.90
19484--19557	27	2.8	27	78	12	73	44	2	0	52	1.15
19592--19667	31	2.6	27	77	16	80	35	1	0	63	1.03
20105--20174	16	4.4	16	75	8	63	62	7	2	27	1.35
20510--20564	23	2.3	24	81	12	69	60	0	0	40	0.97
20488--20614	59	2.3	55	84	13	161	61	0	0	38	0.96
20488--20607	27	4.2	28	74	20	124	61	0	0	38	0.96
20502--20621	55	2.1	59	84	10	160	60	0	0	38	1.09
20878--20964	8	10.5	8	76	20	81	59	0	0	40	0.97
20875--20955	26	3.1	26	87	8	112	61	0	0	38	0.96
24978--25053	32	2.4	33	78	8	86	42	1	0	56	1.07
25336--25383	24	1.9	24	83	8	60	58	0	2	39	1.10
25364--25466	18	5.7	18	71	24	67	60	0	0	39	0.97
25362--25459	11	9.5	11	69	20	68	60	0	0	39	0.97
25362--25464	28	3.8	28	72	14	99	60	0	0	39	0.97
25383--25441	31	1.9	31	82	6	75	57	0	0	42	0.98
25414--25484	33	2.2	33	84	5	90	61	0	1	36	1.05
25716--25777	23	2.8	23	77	15	60	58	3	0	38	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25736--25837	24	4.1	22	73	19	69	57	1	0	40	1.10
25720--25832	11	10.5	11	68	17	67	58	1	0	39	1.09
25993--26036	5	8.6	5	85	9	54	40	0	0	59	0.98
25993--26035	16	2.8	16	80	16	54	41	0	0	58	0.98
25981--26034	26	2.0	27	89	7	83	42	0	0	57	0.98
25992--26042	26	2.0	26	88	0	75	45	0	0	54	0.99
26207--26241	16	2.2	16	89	0	52	60	0	2	37	1.12
26556--26670	7	15.6	7	70	20	58	66	0	0	33	0.98
26556--26690	40	3.5	38	76	17	113	65	0	0	34	0.98
26558--26690	10	13.7	10	68	23	56	64	0	0	34	0.99
26833--26888	2	28.0	2	85	0	76	42	0	3	53	1.18
27471--27526	23	2.4	24	80	13	64	66	0	0	33	0.92
27469--27573	17	6.3	17	71	19	71	58	1	1	38	1.20
27490--27539	25	2.0	26	84	7	68	64	2	2	32	1.16
27841--27974	11	13.0	11	71	19	51	42	0	0	55	1.10
27831--27874	18	2.4	19	88	7	65	36	0	2	61	1.09
27928--27970	20	2.1	21	86	4	61	32	2	0	65	1.06
27842--27989	29	5.5	26	71	17	90	43	0	0	55	1.09
30885--30946	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
36233--36267	18	2.0	17	94	5	61	20	0	0	80	0.72
44799--44847	16	2.9	17	80	16	57	61	0	0	38	0.96
45065--45156	36	2.5	34	79	12	85	48	0	2	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45082--45157	34	2.2	35	80	15	86	47	0	2	50	1.15
45079--45156	36	2.1	36	81	11	88	47	0	2	50	1.15
45631--45689	13	4.6	14	79	14	65	33	0	1	64	1.04
45606--45691	12	6.7	12	75	19	68	39	0	2	58	1.11
45730--45782	26	2.1	25	82	10	63	54	0	0	45	0.99
45844--45883	19	2.0	20	85	4	55	60	0	0	40	0.97
45941--46113	29	6.5	26	67	23	87	63	0	0	36	0.99
45948--46017	21	3.4	20	82	11	79	68	0	0	31	0.90
45961--46116	41	3.9	39	73	13	124	63	0	0	35	0.99
45947--46122	19	9.2	19	68	20	84	64	0	0	35	0.98
45977--46116	24	5.4	25	70	16	90	62	0	0	37	1.01
46385--46495	27	4.0	28	70	21	65	46	0	0	52	1.06
46429--46476	16	3.0	15	79	11	51	47	0	0	52	1.00
46396--46499	45	2.3	46	81	6	124	47	0	0	51	1.07
52381--52414	14	2.5	13	86	13	50	23	0	0	76	0.79
52661--52698	20	1.9	20	100	0	76	39	10	7	42	1.69
52835--52863	15	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
57963--58009	21	2.2	21	85	7	60	46	23	23	6	1.75
68208--68279	28	2.6	28	86	2	101	29	29	16	25	1.97
68451--68610	32	5.0	32	82	6	200	31	31	16	20	1.95
68451--68626	63	2.8	62	77	10	185	30	32	15	21	1.94
68659--68949	52	5.9	50	76	14	239	25	22	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68634--68951	95	3.3	94	82	6	354	25	22	17	34	1.96
69038--69183	61	2.4	61	88	5	208	26	28	9	36	1.88
70548--70585	19	2.1	19	90	5	60	26	10	18	44	1.82
70707--70759	20	2.7	20	96	0	97	33	13	15	37	1.86
70953--71016	33	2.0	33	82	14	80	17	9	10	62	1.53
76851--76890	13	3.1	13	85	0	62	32	12	15	40	1.84
78281--78349	33	2.1	33	86	5	95	26	20	20	33	1.97
85419--85461	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
85903--85928	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88009--88039	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
92086--92137	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
92086--92143	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
94167--94237	30	2.3	30	92	2	115	40	16	15	26	1.89
94843--95007	77	2.2	77	82	3	192	41	13	26	18	1.88
94939--95119	42	4.3	42	85	2	202	39	14	23	23	1.91
95100--96588	61	24.5	61	88	2	2000	30	18	25	25	1.98
97562--97600	7	5.6	7	85	8	53	0	15	0	84	0.62
97562--97620	18	3.1	18	83	11	57	0	10	5	84	0.76
97559--97601	15	2.9	15	79	10	52	0	16	0	83	0.64
97572--97621	18	2.7	19	85	11	61	0	8	8	84	0.79
107040--107087	24	2.0	24	95	0	87	20	39	16	22	1.92
107263--107308	22	2.1	22	100	0	92	17	13	21	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110779--110808	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
111330--111358	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
112128--112179	17	3.4	15	82	12	61	55	0	0	44	0.99
112128--112170	17	2.5	17	92	0	68	55	0	0	44	0.99
112158--112214	18	2.8	20	79	17	64	52	0	0	47	1.00
112578--112622	20	2.2	21	88	4	65	55	0	2	42	1.12
113220--113262	22	2.0	22	90	9	70	39	0	0	60	0.97
114244--114279	10	3.5	10	92	3	54	36	2	0	61	1.11
114152--114415	126	2.1	128	92	2	444	39	13	6	41	1.69
114367--114405	10	3.8	10	90	6	60	35	2	0	61	1.10

Tables:   1   2   3