genome.fa.s481.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold481
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  370912

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 321 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115017--115118	2	51.0	2	86	0	105	40	0	9	49	1.43
115050--115120	20	3.7	20	88	7	119	36	0	12	50	1.41
120604--120629	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127469--127516	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
127723--127762	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
129039--129105	26	2.9	22	84	8	80	38	46	13	1	1.52
129048--129102	22	2.5	22	90	0	83	38	47	12	1	1.52
129105--129144	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
129579--129621	21	2.0	21	90	0	68	39	0	16	44	1.48
129921--129989	35	2.0	33	81	13	77	46	0	0	53	1.00
130415--130444	5	6.2	5	92	7	53	56	0	0	43	0.99
131738--131804	33	2.0	33	88	5	100	28	26	1	43	1.64
133329--134821	213	7.0	213	98	0	2905	27	12	18	41	1.86
136787--136817	14	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
136821--136854	13	2.6	13	85	0	50	41	0	0	58	0.98
138760--138784	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
139140--139214	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
139140--139217	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
143460--143503	22	2.0	22	86	0	61	15	6	6	70	1.31
149845--149911	33	2.0	33	100	0	134	43	14	17	23	1.87
153252--153293	10	3.7	11	87	12	59	85	9	2	2	0.77
154515--155189	28	24.5	28	82	11	740	25	33	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155058--155188	26	4.9	26	72	19	101	23	31	21	23	1.98
154514--156165	28	59.5	25	76	16	634	26	32	19	21	1.97
155304--156200	28	31.5	28	84	5	1124	26	32	19	20	1.97
154540--156199	255	6.6	255	83	9	1907	26	32	19	21	1.97
156807--156882	20	3.8	20	75	6	82	31	13	14	40	1.84
157791--157848	23	2.6	22	92	7	100	17	10	8	63	1.49
161052--161103	2	26.5	2	92	3	88	48	0	0	51	1.00
166714--166792	20	4.1	20	71	19	60	60	2	1	35	1.18
168158--168186	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
169862--169903	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
170132--170162	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
170132--170174	5	7.5	6	87	12	56	53	0	0	46	1.00
170235--170269	12	2.8	13	86	8	54	37	0	0	62	0.95
170235--170311	31	2.4	31	80	4	82	35	0	5	59	1.20
170838--170863	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
170818--170885	33	2.1	33	94	2	120	33	20	13	32	1.91
176488--176526	20	1.9	21	94	5	71	35	15	17	30	1.91
176562--176599	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
178461--178505	22	2.0	22	87	8	65	35	2	28	33	1.70
179021--179085	21	3.1	21	88	2	78	40	12	16	30	1.86
179037--179085	21	2.3	21	96	0	89	42	8	16	32	1.77
179111--179178	33	2.1	32	88	2	100	35	19	13	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180088--180174	20	3.8	24	75	13	67	48	0	0	51	1.00
180123--180178	19	2.9	19	75	17	62	50	0	0	50	1.00
185385--185419	17	2.0	18	88	5	54	60	0	0	40	0.97
186141--186346	50	4.1	50	88	1	279	32	17	20	30	1.96
186141--186346	100	2.1	100	89	0	313	32	17	20	30	1.96
190738--190949	50	4.2	50	88	0	298	31	20	17	30	1.96
190760--190971	100	2.1	100	84	1	273	33	19	18	28	1.95
191091--191130	20	2.0	20	85	9	55	40	0	5	55	1.22
191956--191999	18	2.3	18	84	11	52	61	2	2	34	1.21
192293--192326	17	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
193886--193954	27	2.5	27	72	23	63	36	0	1	62	1.04
194170--194219	13	3.6	14	74	15	50	48	2	0	50	1.12
194177--194219	14	2.9	15	75	6	52	44	2	0	53	1.13
194484--194520	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
195407--195446	17	2.4	17	87	8	55	20	2	0	77	0.88
195404--195453	15	3.1	17	78	16	54	22	2	0	76	0.89
196974--197009	16	2.2	16	90	9	56	11	11	5	72	1.28
196972--197011	17	2.3	19	76	24	52	10	10	5	75	1.19
199868--199893	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
199953--200025	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
199932--200025	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
199932--200007	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200662--200708	23	2.0	23	95	0	85	48	12	6	31	1.66
202493--202531	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
202517--202555	20	2.0	20	94	0	69	51	10	15	23	1.73
204611--204641	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
208702--208727	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
208787--208859	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
208766--208859	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
208766--208841	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
211371--211488	55	2.1	55	90	0	182	33	19	19	27	1.96
214753--214790	12	3.2	12	82	10	51	55	0	7	36	1.29
214760--214798	13	3.1	14	79	20	50	51	0	5	43	1.24
214756--214809	25	2.2	25	81	15	60	57	0	5	37	1.22
214916--214959	18	2.4	18	85	11	54	56	0	2	40	1.11
215759--215819	22	2.8	22	75	2	61	49	1	1	47	1.21
216037--216088	26	2.0	26	85	3	70	42	0	7	50	1.31
216319--216368	24	2.1	24	92	0	82	10	48	4	38	1.56
217464--217511	20	2.4	21	86	6	64	43	0	0	56	0.99
217452--217511	20	3.2	19	80	13	63	45	0	0	55	0.99
217610--217647	11	3.4	11	88	3	58	65	0	0	34	0.93
218930--218960	15	2.1	15	93	0	53	29	6	3	61	1.37
219208--219273	22	3.0	22	68	14	55	42	0	0	57	0.98
219415--219459	23	1.9	24	82	13	58	48	0	17	33	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220638--220667	15	1.9	16	93	6	53	33	0	0	66	0.92
220636--220673	16	2.4	16	82	8	51	39	0	0	60	0.97
221224--221273	12	4.5	11	78	14	50	46	0	4	50	1.20
221276--221338	33	1.9	33	90	0	99	50	0	0	49	1.00
223364--223400	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
228124--228168	23	2.0	23	83	16	58	46	0	8	44	1.34
230826--231017	92	2.1	93	95	2	350	32	9	18	40	1.82
230919--231156	83	2.8	84	82	3	300	33	8	18	40	1.80
230828--231156	175	1.9	167	84	6	426	32	8	18	40	1.81
232225--232410	78	2.4	76	76	7	180	53	8	1	36	1.42
235351--235387	17	2.2	16	90	4	56	45	0	0	54	1.00
235401--235492	28	3.4	27	78	11	75	70	1	1	27	1.01
235444--235489	18	2.6	17	76	10	56	80	0	0	19	0.71
239611--239933	117	2.8	115	81	10	331	47	12	10	29	1.75
239588--239941	58	6.1	58	74	10	253	47	11	11	29	1.74
243040--243093	13	4.0	13	72	9	54	37	1	0	61	1.07
244755--244791	2	18.5	2	88	0	56	45	2	2	48	1.30
249302--249369	16	4.2	16	73	14	59	14	11	27	45	1.80
249311--249372	32	1.9	32	83	6	81	14	9	29	46	1.76
249418--249461	23	2.0	23	86	4	63	29	6	22	40	1.80
250457--250549	16	5.8	16	78	5	89	19	11	25	43	1.85
250416--250546	32	4.1	32	80	2	138	18	12	25	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250819--250922	16	7.1	14	70	22	54	47	0	1	50	1.19
250844--250952	28	3.6	28	76	13	92	44	1	1	51	1.22
250891--250963	35	2.1	35	82	5	85	41	1	1	56	1.16
255903--255939	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
257304--257364	6	9.7	6	75	10	50	16	63	1	18	1.38
260738--260789	17	2.9	17	73	15	50	71	0	3	25	1.03
260729--260797	21	3.3	21	72	23	58	65	0	4	30	1.12
261892--261965	14	4.8	14	68	26	51	36	4	1	58	1.26
263253--263290	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
264208--264263	22	2.6	22	80	8	62	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3