genome.fa.s483.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold483
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  459596

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 351 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177318--177368	22	2.3	24	75	21	58	39	0	1	58	1.09
177820--177859	20	2.0	20	95	4	73	37	22	10	30	1.87
177880--177932	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
177992--178017	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
177974--178037	33	2.0	32	87	3	92	37	20	15	26	1.92
183895--183919	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
184360--184404	20	2.1	22	88	8	67	24	48	22	4	1.68
186331--186369	20	2.0	20	95	5	71	38	20	10	30	1.86
186379--186403	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
186391--186443	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
186485--186536	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
187771--187977	115	1.8	114	88	5	321	44	6	8	40	1.61
187771--187988	112	1.9	111	87	5	312	46	6	8	38	1.59
191413--191440	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
192425--192461	19	1.9	19	94	0	65	35	21	8	35	1.83
192913--192961	17	2.8	18	84	9	66	77	0	0	22	0.77
192915--192961	9	5.4	9	84	5	62	78	0	0	21	0.75
200747--200787	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
203606--203638	15	2.2	15	94	0	57	33	36	0	30	1.58
210811--210916	30	3.5	30	84	2	140	26	26	13	33	1.93
210814--210929	61	1.9	60	85	1	160	25	26	13	34	1.93
210956--211069	33	3.4	33	82	8	142	25	20	9	44	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210956--211092	66	2.1	67	84	4	179	24	21	10	44	1.82
210931--211093	33	4.9	33	80	4	141	26	22	9	41	1.84
211158--211243	33	2.6	33	80	7	93	23	29	9	38	1.86
211217--211328	27	4.0	27	73	12	100	24	30	11	33	1.91
211187--211336	59	2.5	60	86	7	218	24	31	10	34	1.88
210994--211346	151	2.3	151	81	2	404	24	27	11	37	1.89
211346--211637	31	9.3	31	82	7	277	31	26	17	24	1.97
211359--211637	64	4.4	64	80	4	296	32	26	16	23	1.96
211365--211629	95	2.8	94	80	8	286	33	27	15	23	1.95
211359--211637	32	8.8	32	81	8	259	32	26	16	23	1.96
211803--211847	22	2.0	22	100	0	90	26	26	8	37	1.86
211757--211898	73	1.9	75	86	4	207	23	21	14	39	1.91
211957--212150	52	3.6	52	70	16	140	23	22	15	38	1.93
211993--212320	61	5.5	61	72	11	200	23	23	13	38	1.91
211824--212225	113	3.5	113	82	4	452	23	23	13	38	1.91
215862--215898	17	2.2	17	100	0	74	54	10	10	24	1.67
216290--216355	20	3.7	20	69	26	74	30	16	15	37	1.90
216255--216353	33	3.0	33	94	4	164	32	15	14	38	1.87
216425--216451	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
216980--217048	22	3.4	21	73	22	76	27	33	2	36	1.72
218931--219026	27	3.6	27	97	0	174	20	17	20	40	1.91
224920--224968	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224920--224989	33	2.1	33	89	7	106	34	18	12	34	1.89
225039--225065	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
226298--226407	55	2.0	55	100	0	220	49	12	18	20	1.79
228537--228602	33	2.0	33	84	0	87	40	9	15	34	1.78
229065--229089	13	1.9	13	100	0	50	24	44	8	24	1.80
235756--236101	166	2.1	163	81	8	398	29	12	8	49	1.70
238449--238502	19	2.8	20	91	2	83	29	16	16	37	1.91
245488--245555	33	2.0	34	86	8	95	27	27	14	29	1.95
245858--245938	34	2.5	33	80	9	87	44	6	19	29	1.75
246599--246625	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
246675--246728	20	2.7	20	85	5	65	37	12	14	35	1.85
250648--250672	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
258448--258477	10	2.8	11	90	10	53	26	0	0	73	0.84
258743--258775	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
259528--259580	11	4.9	11	75	11	56	1	18	1	77	0.96
260102--260395	163	1.8	162	81	6	371	51	8	9	30	1.64
273861--274012	39	3.9	39	77	6	141	40	7	6	45	1.59
274240--274409	88	1.9	87	88	5	254	40	12	5	41	1.67
274379--274443	26	2.4	27	80	10	71	55	3	0	41	1.15
277070--277102	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
278591--278653	18	3.5	18	77	0	81	25	4	52	17	1.64
278573--278674	36	2.8	36	91	2	143	29	4	49	16	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278637--278685	24	2.0	24	88	0	71	32	2	48	16	1.57
284542--284628	16	5.4	16	82	6	104	13	12	31	42	1.82
285441--285502	32	1.9	32	83	0	79	11	4	29	54	1.56
285441--285490	16	3.1	16	76	0	55	14	6	30	50	1.66
285451--285502	16	3.2	16	77	0	50	9	1	30	57	1.42
285488--285532	21	2.1	21	95	0	81	4	0	37	57	1.19
285492--285538	21	2.2	21	88	3	67	4	2	36	57	1.30
285501--285544	21	2.1	21	86	0	61	4	4	38	52	1.42
287317--287351	13	2.6	14	86	9	54	40	0	5	54	1.24
287260--287712	229	2.0	229	97	0	852	42	3	7	45	1.50
295737--296022	79	3.6	77	87	3	268	28	22	13	36	1.92
295851--296022	79	2.2	79	100	0	344	26	25	15	32	1.96
295954--296073	51	2.4	51	91	2	188	28	24	14	33	1.94
296008--296158	79	1.9	79	83	2	196	28	24	11	35	1.90
295875--296126	130	1.9	130	85	4	348	28	23	13	35	1.92
309196--309316	52	2.3	52	87	4	181	28	15	19	36	1.92
309188--309336	52	2.9	52	82	6	160	31	15	18	34	1.92
309325--309383	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
309325--309404	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
309424--309490	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
309446--309470	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
313127--313530	61	6.7	61	85	4	514	26	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313127--313530	120	3.3	120	85	3	544	26	24	17	30	1.97
313499--313561	31	2.0	31	90	0	99	28	22	19	30	1.98
313530--313722	61	3.2	59	85	5	253	29	25	17	27	1.98
313438--313622	92	2.0	92	82	2	228	28	22	16	32	1.95
313385--313663	153	1.8	153	83	3	373	27	24	17	30	1.97
314274--314368	30	3.5	30	68	26	93	24	15	16	43	1.87
314256--314389	50	2.7	50	89	0	196	23	18	14	43	1.87
316741--316983	79	3.1	79	91	1	371	26	25	13	34	1.94
316741--317022	79	3.6	77	85	7	320	27	24	13	34	1.93
318196--318274	24	3.2	24	77	13	88	45	0	2	51	1.14
318197--318339	28	5.0	28	72	20	111	43	0	2	53	1.17
318196--318305	52	2.1	51	83	9	143	43	0	2	52	1.21
318263--318306	22	2.0	21	82	4	52	43	2	2	52	1.26
322202--322237	5	7.2	5	100	0	72	0	41	0	58	0.98
324448--324575	15	8.5	15	65	19	61	43	0	3	52	1.22
324404--324538	51	2.6	52	79	11	134	45	2	3	48	1.32
324404--324554	51	2.9	51	77	9	130	44	1	3	50	1.29
324545--324583	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
326118--326189	16	4.4	16	73	23	53	38	0	0	61	0.96
326133--326193	15	3.8	15	81	18	70	39	0	0	60	0.97
326150--326197	19	2.5	20	86	10	73	39	0	0	60	0.97
326100--326193	33	2.9	33	79	14	106	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326434--326492	18	3.2	18	80	9	57	49	0	0	50	1.00
326553--326620	9	7.9	9	73	14	54	51	0	1	47	1.09
326563--326611	24	2.1	23	88	3	71	55	0	0	44	0.99
326589--326647	19	2.9	21	80	10	68	49	1	0	49	1.11
326580--326632	19	2.9	19	83	10	67	50	0	0	49	1.00
326607--326655	22	2.2	22	77	0	53	44	2	0	53	1.12
327496--327530	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
328026--328050	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
332931--333018	33	2.8	34	86	10	116	51	1	0	47	1.08
339252--339301	27	1.9	25	88	8	73	18	20	0	62	1.34

Tables:   1   2   3