genome.fa.s49.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold49
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668912

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 1071 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668--712	2	22.5	2	95	0	81	48	0	0	51	1.00
960--995	7	5.0	7	86	6	54	61	0	0	38	0.96
949--1032	15	5.4	15	69	17	55	55	2	0	41	1.12
949--995	22	2.1	22	84	7	60	59	2	0	38	1.09
1040--1102	16	3.7	16	72	10	54	55	3	0	41	1.16
1786--1830	22	2.0	23	86	4	65	48	0	4	46	1.22
4945--4993	25	2.0	25	91	0	80	30	12	16	40	1.85
5585--5655	16	4.9	14	74	14	56	47	7	5	39	1.54
5593--5655	15	4.1	15	72	11	56	46	6	6	41	1.55
5782--5980	101	2.0	101	98	0	389	42	12	3	42	1.57
6936--6987	28	1.9	26	88	7	77	44	5	0	50	1.26
7011--7041	16	1.9	16	93	0	53	48	0	6	45	1.28
7154--7209	29	1.9	28	82	13	69	51	3	1	42	1.29
7153--7215	29	2.2	28	77	11	65	53	3	3	39	1.33
7489--7526	15	2.5	15	83	8	51	50	0	0	50	1.00
9027--9065	15	2.7	14	84	4	51	43	10	0	46	1.37
9203--9234	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9770--9818	11	4.2	12	79	7	57	69	2	0	28	1.00
11789--11836	20	2.3	22	89	7	73	58	0	0	41	0.98
11909--11970	19	3.3	19	78	8	65	37	1	9	51	1.45
11942--11986	21	2.1	21	83	0	54	31	2	15	51	1.56
12408--12476	31	2.2	32	81	2	77	59	0	1	39	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12447--12492	20	2.3	20	78	17	51	67	0	0	32	0.91
12632--12665	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
12905--12949	15	2.8	16	86	10	65	40	0	0	60	0.97
13265--13311	15	3.2	15	82	14	62	51	2	0	46	1.13
13738--13770	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
13980--14041	21	3.0	21	92	0	79	29	24	9	37	1.87
14164--14236	20	3.7	20	73	12	60	34	20	9	35	1.85
16163--16548	79	4.9	79	77	5	332	33	14	24	27	1.94
16492--16612	50	2.4	50	85	1	161	38	14	20	26	1.91
18300--18355	20	2.8	20	86	0	85	39	19	16	25	1.91
18980--19158	82	2.2	83	79	3	200	40	12	22	24	1.88
18981--19244	42	6.4	41	72	14	177	39	12	25	22	1.89
19113--19223	46	2.5	44	73	16	104	43	9	27	18	1.82
19216--19928	61	11.7	61	84	4	855	29	19	26	24	1.98
19217--19926	306	2.3	304	89	3	1106	29	19	26	24	1.98
20923--20982	1	60.0	1	79	0	66	1	1	6	90	0.59
20911--20982	10	7.2	10	77	14	69	1	1	9	87	0.67
20902--20975	21	3.5	21	80	9	87	0	4	9	86	0.69
20903--20982	42	1.9	41	87	7	117	1	3	8	86	0.75
29041--29096	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
30007--30081	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
30004--30081	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30572--31174	32	18.8	32	95	0	1044	14	18	35	31	1.91
31173--31807	27	23.2	27	91	2	1011	27	14	34	22	1.94
31173--31807	110	5.8	110	91	2	1005	27	14	34	22	1.94
39321--39376	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
40287--40361	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
40284--40361	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
46944--47000	26	2.3	26	79	11	66	68	14	3	14	1.34
47241--47618	79	4.8	79	80	7	381	35	14	23	26	1.94
47559--47682	50	2.5	50	82	4	151	39	12	20	27	1.88
53019--53132	51	2.2	51	87	0	156	37	17	10	34	1.84
58559--58611	20	2.6	21	84	6	72	30	18	13	37	1.89
58577--58630	20	2.7	20	91	8	83	31	18	11	38	1.86
59900--59958	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
60239--60264	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60219--60282	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
62798--62835	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
68655--68713	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
68994--69019	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69001--69037	19	2.1	18	90	10	58	35	16	16	32	1.91
70424--70644	78	2.9	76	84	2	271	28	30	10	31	1.90
72141--72198	30	1.9	30	89	6	91	41	0	5	53	1.23
72173--72209	19	1.9	19	88	0	56	37	2	5	54	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72261--72304	12	3.7	12	85	11	63	68	2	0	29	1.02
77058--77083	7	3.7	7	100	0	52	84	0	0	15	0.62
81156--81203	21	2.2	22	85	10	64	43	0	0	56	0.99
81144--81273	65	1.9	68	86	6	185	46	3	0	49	1.25
81612--81690	40	2.0	40	82	2	97	45	2	10	41	1.51
82019--82043	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
86008--86062	19	2.8	20	86	10	78	36	12	18	32	1.88
86091--86144	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
94951--95016	13	5.5	13	79	20	90	31	13	16	37	1.88
94935--95016	20	3.7	23	80	19	95	30	13	18	37	1.89
100206--100256	21	2.5	20	84	6	59	56	3	3	35	1.36
102640--102690	25	2.0	25	81	7	59	54	0	0	45	0.99
105126--105159	16	2.1	16	88	0	50	32	8	2	55	1.45
108465--108569	16	6.6	16	75	4	86	40	34	14	10	1.80
108529--108576	16	3.0	16	87	0	51	47	29	12	10	1.74
110442--110478	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
112286--112330	23	1.9	24	86	4	65	73	2	2	22	1.05
115346--115371	12	2.2	12	100	0	52	42	15	26	15	1.87
114989--115739	378	2.0	378	99	0	1475	33	15	19	31	1.93
117193--117468	138	2.0	138	100	0	552	31	10	23	34	1.88
118394--118444	25	2.1	24	82	10	59	27	0	5	66	1.14
119273--119314	23	1.9	23	85	9	61	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119298--119364	29	2.4	27	73	11	64	58	0	0	41	0.98
119289--119373	27	3.0	29	76	23	83	54	0	0	45	1.00
119430--119545	8	14.4	8	66	21	55	41	0	0	57	1.04
119467--119545	32	2.7	27	77	19	86	44	0	0	55	0.99
119463--119550	33	2.6	33	87	7	124	43	0	0	56	0.99
119527--119579	25	2.1	26	82	10	65	33	1	0	64	1.05
119419--119570	29	5.2	28	73	19	82	40	0	0	58	1.08
119502--119568	9	7.6	9	73	15	59	35	0	0	64	0.94
120017--120115	9	11.1	10	64	33	57	58	0	0	41	0.98
120011--120100	13	7.8	12	68	20	59	58	0	0	41	0.98
120011--120105	34	2.8	34	95	4	167	58	0	0	41	0.98
120025--120111	16	5.2	16	74	20	79	57	0	0	42	0.98
120015--120163	44	3.4	43	75	16	112	59	0	0	40	1.03
120445--120495	14	3.6	14	76	5	50	50	1	0	47	1.12
123663--123699	2	18.5	2	94	0	65	48	48	2	0	1.15
127452--127499	12	4.0	12	75	8	53	58	0	10	31	1.32
127856--127896	22	1.9	22	90	5	66	43	9	9	36	1.71
129734--129833	48	2.0	51	84	5	134	54	3	4	39	1.35
132985--133046	31	2.0	31	81	6	72	33	22	11	32	1.90
133488--133557	31	2.3	31	84	0	86	37	17	8	37	1.80
133962--134050	45	2.0	45	95	0	160	33	10	14	41	1.79
137943--138027	32	2.7	32	83	5	102	24	8	18	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138793--138836	20	2.2	20	84	12	54	72	6	2	18	1.17
140718--140745	14	2.0	14	100	0	56	28	35	14	21	1.92
141020--141048	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
142657--142689	12	2.6	13	90	4	50	33	0	3	63	1.10
142681--142718	20	1.9	19	94	5	67	50	0	0	50	1.00
142679--142736	20	2.8	21	79	10	57	44	3	0	51	1.18
143582--143606	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
143759--143793	13	2.7	13	86	0	52	31	0	5	62	1.18
143746--143812	13	6.0	11	74	17	50	31	0	2	65	1.07
144061--144109	20	2.5	20	84	12	59	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9