genome.fa.s49.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold49
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668912

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1071 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1107333--1107357	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
1114055--1114107	19	2.7	19	82	2	70	41	15	5	37	1.70
1119378--1119425	20	2.3	20	82	10	62	33	14	10	41	1.80
1127430--1127487	19	3.1	18	85	11	80	32	15	15	36	1.89
1127471--1127530	13	5.1	13	73	22	69	43	15	13	28	1.84
1127452--1127538	33	2.7	33	90	1	140	42	14	13	28	1.85
1130036--1130096	20	3.4	20	66	29	64	45	14	11	27	1.80
1130033--1130096	33	1.9	33	100	0	128	45	14	12	28	1.81
1133565--1133638	20	3.7	20	92	3	114	33	17	12	36	1.87
1138811--1138939	52	2.5	52	90	0	213	31	16	16	36	1.91
1138948--1138972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1139012--1139049	20	1.9	19	94	5	67	52	10	10	26	1.68
1140550--1140753	80	2.6	79	82	3	223	28	16	29	25	1.96
1140711--1140779	28	2.5	28	85	0	84	24	17	33	24	1.96
1140693--1140942	108	2.3	109	88	2	360	27	14	29	28	1.95
1140820--1140890	27	2.6	27	86	2	88	23	21	30	23	1.99
1140875--1141005	51	2.5	51	81	9	156	32	11	25	29	1.91
1143367--1143392	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1143346--1143412	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1143432--1143499	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1143454--1143478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1143435--1143497	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1146341--1146544	80	2.6	79	82	4	216	28	16	29	25	1.96
1146419--1146733	108	2.9	108	84	4	323	28	14	28	27	1.95
1146502--1146570	28	2.5	28	85	0	84	24	17	33	24	1.96
1146611--1146679	27	2.5	27	84	13	88	21	20	31	26	1.98
1146666--1146796	51	2.5	51	82	9	165	32	11	25	30	1.91
1149136--1149190	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
1149210--1149277	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1149232--1149256	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1149213--1149275	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1149333--1149389	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
1150080--1150257	55	3.2	53	85	7	230	23	20	28	28	1.99
1152978--1153027	19	2.6	19	93	0	82	28	18	22	32	1.97
1153077--1153143	20	3.7	20	74	25	85	29	13	17	38	1.88
1153093--1153156	13	5.4	13	75	21	77	31	14	15	39	1.87
1153077--1153156	33	2.4	33	97	0	151	30	13	17	38	1.88
1156492--1156523	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
1156478--1156543	33	2.0	33	85	5	89	31	13	13	40	1.84
1156573--1156626	20	2.7	19	88	11	74	33	14	18	33	1.92
1162598--1162641	20	2.2	20	87	0	61	79	2	0	18	0.83
1162745--1162799	25	2.2	25	83	6	67	45	0	3	50	1.19
1162889--1163001	5	23.6	5	66	20	55	59	0	0	39	1.04
1162870--1162938	17	3.7	19	77	18	74	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1162878--1162949	35	2.0	36	84	12	96	65	0	1	33	1.02
1162921--1163009	31	2.8	32	78	14	94	56	0	1	42	1.06
1162950--1163007	19	3.0	20	72	22	61	53	0	0	46	1.00
1162950--1163011	18	3.0	22	68	20	62	54	0	0	45	0.99
1170000--1170090	30	3.1	30	87	1	139	26	12	28	32	1.92
1170138--1170173	18	2.0	18	100	0	72	33	22	0	44	1.53
1174483--1174507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1174571--1174595	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1174604--1174732	52	2.5	52	92	0	213	34	17	17	31	1.92
1175638--1175683	19	2.4	19	100	0	92	21	21	15	41	1.90
1178541--1178603	30	2.1	30	93	0	108	26	12	26	33	1.93
1183280--1183325	22	2.1	23	84	8	60	56	2	0	41	1.11
1184676--1184722	16	2.9	16	84	9	60	42	27	12	17	1.85
1184694--1184735	16	2.5	17	85	11	52	47	28	9	14	1.75
1185123--1185182	3	20.0	3	96	0	111	33	1	0	65	1.03
1190443--1190482	20	2.0	21	90	5	64	77	2	12	7	1.07
1190462--1190499	13	2.9	13	85	11	51	73	2	13	10	1.19
1194055--1194257	104	2.0	104	93	0	352	27	14	13	44	1.83
1199393--1199459	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1199919--1199944	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1199958--1201798	636	2.9	636	99	0	3601	32	16	11	39	1.84
1201923--1201968	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1206295--1206361	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1209267--1209471	63	3.3	62	80	5	232	33	26	12	26	1.93
1209267--1209498	63	3.7	63	79	3	180	33	27	12	26	1.92
1213602--1213682	20	4.0	19	80	13	90	38	11	17	33	1.85
1213704--1213779	21	3.8	20	87	3	100	30	14	11	43	1.81
1219683--1219722	21	1.9	21	90	10	64	50	10	5	35	1.58
1220852--1220879	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
1222252--1222281	13	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
1222242--1222287	12	3.9	12	81	10	51	0	23	0	76	0.79
1222242--1222282	21	2.0	21	85	9	57	0	19	0	80	0.71
1222686--1223051	164	2.2	164	83	5	463	52	7	10	29	1.64
1224146--1224200	16	3.4	16	82	0	65	14	14	25	45	1.83
1224231--1224273	15	2.8	16	82	6	54	23	16	25	34	1.95
1224668--1224781	51	2.2	51	100	0	228	33	21	14	31	1.92
1224766--1224822	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
1224851--1224903	20	2.7	20	88	5	72	35	18	13	32	1.90
1226288--1226380	32	2.9	32	86	0	132	16	12	26	44	1.84
1226302--1226380	16	4.9	16	80	6	97	15	11	27	45	1.80
1227756--1227838	6	13.0	6	77	16	55	42	3	3	50	1.37
1227769--1227878	45	2.4	45	91	5	170	40	6	4	49	1.49
1227756--1227882	7	17.6	7	68	22	52	41	5	3	48	1.45
1228909--1228964	20	2.8	19	81	13	69	30	16	12	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1231237--1231390	51	3.0	51	81	0	182	29	25	12	32	1.92
1231403--1231465	28	2.2	28	88	5	92	26	36	11	25	1.90
1231499--1231554	28	2.0	28	89	0	85	23	28	16	32	1.96
1231502--1231575	28	2.6	28	78	4	78	24	29	18	27	1.98
1231558--1231729	51	3.4	50	80	7	186	28	26	13	31	1.94
1231341--1231622	110	2.6	108	78	4	318	29	25	12	32	1.92
1231661--1231869	79	2.6	79	79	5	208	26	23	14	35	1.94
1243941--1243966	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1246183--1246227	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1248031--1248061	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1250020--1250099	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1250085--1250123	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1250245--1250291	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
1250247--1250289	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
1252665--1252690	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1253822--1253854	12	2.7	12	95	4	57	90	6	3	0	0.52
1255752--1255804	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
1255792--1255816	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1257793--1257837	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
1258106--1258147	23	2.0	22	86	13	61	42	0	21	35	1.53
1258280--1258317	13	2.9	13	92	0	58	36	15	15	31	1.90
1258515--1258545	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1264408--1264432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1264493--1264545	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
1264533--1264557	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1264933--1265015	27	3.1	26	64	16	69	27	32	20	19	1.97
1264849--1265120	111	2.5	110	89	3	420	28	28	20	22	1.99
1264849--1265120	55	4.9	55	89	1	411	28	28	20	22	1.99
1264978--1265275	150	2.0	148	88	5	411	26	28	20	24	1.99
1265139--1265739	55	10.4	56	82	10	682	26	27	20	25	1.99
1265716--1265916	42	4.7	42	77	10	203	20	26	13	39	1.90
1265711--1265916	87	2.4	85	83	6	247	20	25	13	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9