genome.fa.s49.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold49
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1668912

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735759--735809	20	2.5	21	83	3	68	27	15	15	41	1.88
735799--735829	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
736447--736510	31	2.1	31	96	0	119	31	23	0	45	1.53
738135--738175	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
744483--744507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
744460--744527	33	2.1	33	88	2	102	33	14	16	35	1.89
744559--744611	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
744599--744623	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
751207--751257	20	2.5	20	87	6	68	37	15	13	33	1.87
751241--751271	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
751261--751311	20	2.5	21	83	3	68	41	15	15	27	1.88
752636--752781	56	2.6	55	80	10	145	26	21	10	42	1.84
754597--754654	21	2.7	22	84	10	68	8	15	0	75	1.02
754597--754654	28	2.1	28	84	12	75	8	15	0	75	1.02
754597--754654	7	8.3	7	76	19	50	8	15	0	75	1.02
762770--762803	12	2.8	12	100	0	68	26	8	5	58	1.51
763064--763113	19	2.5	20	87	3	66	28	14	18	40	1.89
766114--766175	33	1.9	33	90	3	99	29	14	17	38	1.89
766217--766267	20	2.5	21	83	3	68	29	15	13	41	1.86
766837--766881	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
766848--766943	47	2.0	47	95	0	174	42	20	2	34	1.64
768790--768814	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769012--769042	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
774707--774768	33	1.9	32	86	3	88	30	14	16	38	1.88
774850--774874	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
775852--775883	15	2.0	17	88	11	50	6	40	3	50	1.43
784730--784778	16	2.8	18	76	17	50	73	0	8	18	1.07
786961--787097	6	22.8	6	68	22	51	51	1	1	45	1.19
786980--787104	15	9.4	14	67	24	67	53	1	1	43	1.20
787008--787049	22	1.9	22	90	0	66	54	2	0	42	1.13
787030--787101	16	5.0	16	73	23	61	50	0	1	48	1.09
787692--787726	6	5.8	6	93	0	61	62	0	37	0	0.95
788984--789031	8	6.0	8	100	0	96	37	25	0	37	1.56
801097--801142	24	1.9	24	95	0	83	30	8	26	34	1.86
817519--817579	1	61.0	1	73	0	50	86	4	6	1	0.74
817519--817579	10	5.9	10	80	14	61	86	4	6	1	0.74
817519--817565	19	2.4	19	85	3	58	89	6	2	2	0.63
818613--818802	93	2.0	95	91	2	312	25	31	17	25	1.97
818752--819226	61	7.9	61	80	5	430	26	26	20	27	1.99
818814--819226	61	6.8	61	84	2	447	26	26	20	27	1.99
818767--819226	123	3.8	122	83	4	501	26	25	20	27	1.99
819861--819890	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
822249--822420	80	2.2	80	84	6	224	29	26	13	30	1.94
843091--843411	64	5.0	64	77	2	277	37	13	10	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843090--843302	32	6.7	32	75	1	176	39	12	9	38	1.75
845766--845791	9	2.9	9	100	0	52	19	11	23	46	1.82
845776--846207	58	7.4	58	74	7	286	25	12	14	47	1.79
846038--846181	59	2.5	58	82	5	173	26	11	12	50	1.73
845817--846207	175	2.2	174	77	7	398	26	12	14	47	1.79
852167--852205	9	4.1	9	83	9	51	51	12	2	33	1.54
852168--852205	19	2.0	20	89	5	60	50	13	2	34	1.55
853937--854093	69	2.3	69	80	5	185	38	14	14	33	1.85
853937--854111	34	5.1	34	75	10	124	40	14	13	31	1.85
857284--857318	17	2.1	17	94	0	61	65	20	5	8	1.40
864278--864315	18	2.1	18	100	0	76	28	10	36	23	1.88
864502--864569	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
864504--864566	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
864523--864547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
864609--864634	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
864589--864655	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
866994--867334	52	6.5	53	69	15	190	29	25	12	32	1.92
867110--867178	27	2.6	26	88	9	95	24	31	21	21	1.98
867323--867394	28	2.6	28	89	8	103	22	33	19	25	1.97
866997--867401	211	1.9	212	88	3	620	28	26	13	31	1.94
867057--867473	107	3.9	107	73	13	286	27	27	14	30	1.95
867348--867550	79	2.6	79	82	3	230	24	29	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873027--873094	35	1.9	35	100	0	136	32	23	13	30	1.93
874437--874479	21	2.0	22	82	13	54	41	25	9	23	1.84
882418--882443	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
885852--885890	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
886011--886056	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
887741--887776	17	2.1	17	100	0	72	38	11	16	33	1.84
888440--888502	32	1.9	32	87	6	90	42	19	11	26	1.84
891517--891546	16	1.9	15	93	6	51	86	0	6	6	0.70
891629--891666	19	2.0	20	89	5	60	39	0	0	60	0.97
891628--891666	15	2.7	15	88	11	55	38	0	0	61	0.96
891726--891765	20	2.0	20	90	4	64	32	0	0	67	0.91
891636--891800	81	2.0	81	82	12	196	42	3	0	53	1.20
892579--892651	22	3.2	22	82	9	76	45	0	0	54	0.99
892565--892658	26	3.7	26	72	15	72	47	0	0	52	1.00
893492--893546	14	3.9	14	73	17	51	54	0	1	43	1.10
893489--893626	70	2.0	65	80	13	145	50	0	2	47	1.13
894387--894418	16	1.9	17	93	6	57	43	18	9	28	1.81
894435--894469	15	2.3	15	90	0	52	57	5	0	37	1.23
894527--894768	122	2.0	122	95	1	441	29	23	13	33	1.93
900979--901014	18	2.0	18	94	0	63	38	16	19	25	1.92
904463--904547	23	3.8	23	73	23	67	35	0	4	60	1.18
904921--905002	40	2.0	40	95	0	146	53	7	8	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906229--906264	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
907870--907901	16	1.9	17	93	6	57	62	0	0	37	0.95
907904--907937	15	2.3	15	95	5	61	47	0	0	52	1.00
908324--908348	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
908788--908847	29	2.1	29	81	12	70	48	0	0	51	1.00
908926--908962	19	2.0	18	89	5	56	64	5	0	29	1.15
909803--909874	3	24.7	3	87	5	103	33	1	1	63	1.11
909954--910006	19	2.6	21	80	11	58	56	1	0	41	1.10
910889--910927	20	1.9	21	89	5	62	20	17	17	43	1.88
913179--913243	33	2.0	33	84	0	85	40	0	24	35	1.56
913620--913651	15	2.3	15	89	10	50	62	12	0	25	1.30
915105--915148	22	2.0	22	100	0	88	27	27	4	40	1.75
918880--918960	28	3.0	28	80	7	105	19	25	20	33	1.97
918878--918952	27	2.8	27	82	6	107	18	29	22	29	1.98
918935--919097	51	3.2	50	76	6	166	30	24	12	33	1.92
919090--919257	79	2.1	79	80	4	187	28	20	13	36	1.91
922262--922301	3	13.3	3	89	0	62	30	30	2	37	1.71
923976--924022	19	2.5	19	100	0	94	38	17	19	25	1.92
923974--924040	19	3.5	19	89	2	89	38	16	17	26	1.91
926222--926274	22	2.4	22	93	0	88	18	11	32	37	1.87
930788--930987	52	3.9	51	80	2	193	33	14	26	26	1.94
931038--931551	96	5.4	96	81	7	514	21	15	31	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931038--931551	32	16.1	32	79	7	446	21	15	31	31	1.94
943691--943716	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
943669--943736	33	2.1	33	88	2	102	33	11	19	35	1.88
943777--943829	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
952435--952502	33	2.1	32	88	2	100	32	13	20	33	1.91
952583--952607	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
952560--952628	33	2.1	31	84	12	86	31	17	18	31	1.94
952921--953310	156	2.5	155	81	3	410	36	21	17	24	1.94
955042--955082	12	3.3	12	89	3	55	4	17	0	78	0.93
955184--955221	19	2.0	20	84	5	51	7	10	2	78	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9