genome.fa.s493.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold493
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  575764

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491--2525	18	1.9	18	88	0	52	37	20	5	37	1.76
3144--3189	21	2.2	21	84	7	58	32	13	17	36	1.88
3218--3269	20	2.5	20	87	3	68	40	11	15	32	1.83
3324--3369	20	2.3	20	88	0	65	41	13	13	32	1.82
8432--8459	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
8412--8477	33	2.0	32	85	11	89	31	13	12	42	1.81
11376--11575	39	4.9	39	73	13	150	28	18	25	29	1.98
11373--11541	88	1.9	88	87	0	248	28	18	25	27	1.98
11757--11791	18	1.9	18	88	0	52	17	14	40	28	1.88
11785--11981	61	3.3	60	87	6	276	32	11	31	24	1.90
11773--12698	32	30.1	31	74	12	542	34	12	31	21	1.91
11965--12521	60	9.2	59	77	9	478	33	12	32	21	1.91
11973--12521	123	4.5	119	76	10	443	34	12	32	21	1.90
11774--12458	276	2.5	268	82	5	782	33	12	31	22	1.91
11795--12521	91	7.9	91	76	10	581	34	12	31	21	1.90
11774--12502	60	11.9	60	76	11	344	34	12	31	21	1.91
12496--13102	33	19.0	33	74	13	427	32	14	31	21	1.93
12763--13213	29	14.8	28	68	16	143	29	15	32	22	1.95
12633--13196	251	2.2	250	86	3	765	31	14	31	22	1.94
13105--13226	32	3.9	32	82	6	124	27	15	31	24	1.96
13047--13226	92	2.0	92	85	4	247	27	16	32	23	1.96
21594--21647	20	2.7	20	85	0	72	37	14	14	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24423--24477	24	2.2	24	96	3	101	32	20	7	40	1.80
32660--32685	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34754--34796	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
35237--35275	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
41454--41479	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41673--43166	752	2.0	752	99	0	2979	30	16	12	39	1.86
44796--44847	27	1.9	27	92	0	86	42	9	13	34	1.77
44861--45175	173	1.8	174	93	2	553	34	15	12	37	1.85
48854--48930	20	3.8	20	79	6	84	42	14	12	29	1.83
48806--48985	91	2.0	91	86	2	254	40	13	15	31	1.85
48948--48985	20	1.9	20	100	0	76	34	18	10	36	1.85
49702--49825	49	2.7	46	82	7	142	30	19	27	22	1.98
49919--50386	28	16.5	28	84	6	561	20	17	31	30	1.96
51633--51689	24	2.3	26	87	6	82	3	1	14	80	0.92
51648--51689	12	3.6	11	87	12	66	2	0	11	85	0.68
65544--65584	21	2.0	21	100	0	82	31	9	0	58	1.31
65585--65668	18	4.5	19	81	15	65	39	0	0	60	0.97
65576--65660	31	2.9	30	80	14	97	40	0	0	60	0.97
65576--65674	42	2.4	41	83	13	114	38	0	0	61	0.96
65616--65713	41	2.4	40	82	17	114	37	0	0	62	0.96
65616--65701	20	4.2	20	80	18	97	39	0	0	60	0.97
65662--65713	16	2.9	17	86	13	70	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67863--67917	21	2.6	20	77	8	56	30	1	3	63	1.22
67983--68017	17	2.1	17	94	5	63	42	5	17	34	1.73
69488--69532	21	2.1	21	83	0	54	62	2	0	35	1.08
69826--69884	29	2.1	27	84	12	75	37	1	3	57	1.25
70087--70145	30	2.0	30	82	0	73	23	20	5	50	1.67
70315--70345	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
75712--75744	16	2.0	17	88	5	50	57	0	0	42	0.98
80308--80345	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
81989--82042	20	2.7	20	91	0	90	27	12	9	50	1.71
82009--82128	51	2.3	52	86	1	170	27	15	13	43	1.84
82009--82143	52	2.6	51	82	8	166	29	14	12	42	1.83
83846--83894	20	2.4	21	86	6	66	42	12	16	28	1.84
86605--86703	50	2.0	51	89	2	155	31	26	8	34	1.85
91101--91244	72	2.0	72	87	2	209	37	7	9	45	1.64
96775--96813	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
96823--96847	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
96948--96972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
96929--96992	33	2.0	32	90	3	101	35	20	14	29	1.92
104967--105012	22	2.1	22	88	8	67	34	0	30	34	1.58
105520--105558	20	2.0	19	95	5	69	35	23	10	30	1.88
105674--105735	33	1.9	33	90	3	99	35	17	14	32	1.90
107696--107752	21	2.7	21	81	5	71	36	17	3	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109975--110022	21	2.2	21	92	3	78	12	29	8	50	1.69
111392--111421	14	2.1	14	100	0	60	36	16	13	33	1.88
116219--116264	20	2.2	21	80	7	58	13	15	6	65	1.46
121137--121259	49	2.5	48	85	3	158	30	23	7	38	1.82
121254--121278	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
123384--123409	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
123364--123427	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
125976--126013	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
128095--128125	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
132182--132207	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132162--132225	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
136146--137155	28	35.5	28	89	3	1466	28	33	17	20	1.95
137236--137358	49	2.6	46	83	7	149	20	27	21	30	1.98
141004--141167	58	2.8	58	85	7	226	43	11	12	32	1.78
141031--141200	58	2.9	58	82	5	184	44	12	12	30	1.79
141810--141868	22	2.7	21	89	10	84	3	22	0	74	0.96
142542--142588	14	3.2	14	77	16	51	57	6	8	27	1.53
142910--142993	25	3.2	24	69	18	69	27	9	2	60	1.40
142899--143003	54	1.9	54	92	0	174	29	10	1	58	1.42
145971--146246	139	2.0	139	99	0	543	36	17	17	28	1.92
150270--150370	17	5.7	17	66	31	52	55	0	1	42	1.11
150263--150326	17	3.8	16	76	21	51	57	0	3	39	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150271--150368	35	2.7	38	73	19	100	56	0	2	41	1.11
150309--150413	46	2.5	39	79	13	102	54	0	1	43	1.11
150254--150413	40	4.0	41	73	18	108	55	0	2	42	1.13
150338--150426	40	2.3	38	75	12	94	55	0	2	42	1.12
153306--153337	16	2.0	16	93	0	55	34	0	3	62	1.11
153957--154014	22	2.6	22	77	0	62	31	1	27	39	1.67
154381--154448	3	22.7	3	90	0	109	66	0	4	29	1.11
160241--160290	13	3.8	13	97	0	91	36	14	16	34	1.88
162472--162541	34	2.1	34	91	0	113	34	17	18	30	1.94
166545--166582	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
166568--166619	19	2.7	19	84	3	68	42	11	15	30	1.82
171020--171106	43	2.0	42	88	2	129	45	19	24	10	1.81
172385--172411	14	1.9	14	100	0	54	29	11	0	59	1.32
172715--173395	156	4.4	155	80	5	676	24	17	19	38	1.93
172715--173395	312	2.2	310	83	6	870	24	17	19	38	1.93
178039--178092	21	2.7	20	82	8	65	38	16	14	29	1.89
178112--178167	20	2.8	20	89	5	78	39	10	12	37	1.78
178938--179074	61	2.2	61	85	2	177	40	12	24	22	1.88
179156--179551	52	7.8	51	76	7	326	33	15	24	26	1.95
179552--179629	39	2.0	39	84	0	102	21	20	28	29	1.98
179623--179803	29	6.3	29	78	9	158	19	17	33	29	1.94
179664--179787	29	4.3	29	84	8	164	19	19	34	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179623--179803	86	2.1	88	81	9	212	19	17	33	29	1.94
179664--179787	57	2.2	58	85	7	164	19	19	34	26	1.96
179664--179803	57	2.4	57	83	8	151	19	17	34	28	1.95
179779--179941	62	2.6	62	86	0	227	31	9	34	24	1.88
181361--181407	10	4.6	10	89	10	69	6	0	12	80	0.88
195035--195165	51	2.6	51	79	10	142	39	12	16	31	1.86
195152--195178	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
195133--195198	33	2.0	33	93	0	114	37	12	13	36	1.82
201407--201441	17	2.1	17	89	10	54	31	0	34	34	1.58
201975--202072	20	4.9	20	72	12	76	26	10	16	46	1.78

Tables:   1   2   3