genome.fa.s493.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold493
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  575764

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 348 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202032--202087	20	2.8	20	88	2	76	26	12	12	48	1.77
202720--202837	43	2.7	45	75	17	124	44	15	23	16	1.86
202858--203101	128	1.9	128	84	1	328	44	12	22	19	1.85
202851--203127	86	3.3	84	80	6	267	41	14	22	21	1.89
202851--203126	42	6.6	42	81	4	254	42	14	22	21	1.88
203109--203496	124	3.2	123	83	4	507	33	18	21	26	1.97
203109--203496	62	6.3	62	83	2	453	33	18	21	26	1.97
209682--209839	50	3.1	50	81	7	185	46	7	17	29	1.75
209870--209987	51	2.3	51	84	4	150	39	10	21	28	1.86
209765--210065	129	2.3	128	79	7	297	41	9	18	30	1.83
209928--210125	78	2.5	79	80	3	220	41	10	17	30	1.83
212599--212649	20	2.5	21	83	3	59	31	17	9	41	1.82
212574--212649	21	3.7	21	73	3	64	26	15	11	46	1.81
216553--216586	17	2.0	17	88	0	50	41	5	5	47	1.52
225161--225186	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
225539--225607	17	4.2	16	78	14	52	60	0	2	36	1.11
225792--225830	20	2.0	20	85	10	53	53	0	7	38	1.30
227036--227091	24	2.3	25	82	11	64	25	5	12	57	1.56
230539--230600	21	3.0	21	68	13	56	64	1	9	24	1.33
231751--232024	131	2.1	131	97	1	521	29	21	20	28	1.98
234924--235047	20	5.7	20	71	20	97	41	12	15	29	1.84
234924--235098	90	1.9	90	89	4	273	41	12	16	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235063--235207	20	7.8	19	70	12	88	30	14	14	40	1.86
235063--235202	39	3.3	39	72	24	138	30	14	14	40	1.85
235084--235238	50	3.3	50	73	23	190	27	16	13	42	1.85
235063--235238	90	2.0	90	98	0	343	28	15	14	41	1.86
235228--235252	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
235076--235261	90	2.1	90	90	0	291	30	14	14	40	1.86
236332--236851	28	18.0	28	76	10	370	21	16	32	30	1.95
236379--236851	56	8.3	56	80	6	427	21	15	32	30	1.95
236348--236848	85	5.8	85	79	8	489	21	15	32	30	1.95
236466--236619	60	2.6	59	88	4	220	16	16	35	31	1.92
244933--244957	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
245007--245059	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
248319--248343	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
248542--248572	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
254489--254513	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
254468--254532	32	2.0	32	88	11	96	29	16	16	36	1.92
254614--254638	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
257753--257811	29	2.0	30	90	3	93	44	1	16	37	1.59
257755--257828	30	2.5	30	80	10	82	43	2	13	40	1.58
261479--261521	21	2.0	21	86	8	61	27	25	0	46	1.53
265570--265605	19	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
266729--266815	27	3.2	27	95	0	147	26	42	2	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267414--267439	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
269659--269703	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
273537--273616	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
273602--273640	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
273761--273806	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
276182--276207	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
287726--287854	52	2.5	52	94	0	222	30	17	17	34	1.94
287726--287874	52	2.9	51	86	6	210	31	17	18	32	1.94
287863--287887	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
287951--287975	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
287929--287995	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
288629--288663	6	5.8	6	96	0	61	88	11	0	0	0.51
288936--288973	14	2.7	14	95	0	58	81	10	7	0	0.87
289961--290190	32	7.3	32	79	9	242	22	30	15	32	1.94
289964--290185	31	7.1	30	79	10	189	22	30	15	31	1.95
289964--290185	62	3.5	60	79	10	221	22	30	15	31	1.95
290167--290437	34	8.1	34	78	7	297	18	30	11	38	1.87
290226--290284	27	2.2	27	87	0	82	20	28	13	37	1.91
290172--290353	96	1.9	95	90	1	292	18	30	12	39	1.87
290827--290852	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
290809--290872	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
291310--291376	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296079--296104	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
296061--296124	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
296562--296628	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
296881--298036	34	35.3	34	79	10	1057	18	32	12	36	1.88
297237--297970	27	23.2	27	70	21	217	19	32	12	35	1.90
297167--298043	95	9.1	95	73	15	499	19	32	12	35	1.89
297294--297997	60	11.1	60	75	15	348	19	32	12	35	1.89
296893--297970	224	4.8	222	81	8	1098	19	32	12	36	1.88
298036--298669	135	4.7	135	78	11	523	25	25	19	29	1.98
298084--298344	87	3.0	87	89	0	405	26	24	19	28	1.99
298311--298669	87	4.0	86	82	9	403	24	26	19	28	1.99
298036--298617	222	2.6	222	89	0	858	25	25	19	29	1.99
298493--298813	49	6.5	49	80	6	342	24	24	18	32	1.97
298495--298813	101	3.2	100	84	4	387	24	24	17	32	1.97
299551--299604	21	2.7	21	85	5	76	40	12	16	29	1.86
303497--303605	35	3.2	35	67	23	104	32	9	7	51	1.61
303528--303632	29	3.3	28	68	27	75	35	4	5	54	1.45
303495--303601	39	3.0	39	66	27	101	32	9	8	49	1.65
303495--303630	68	2.0	68	97	0	254	33	7	7	51	1.58
303704--303765	29	2.1	29	90	0	97	37	1	6	54	1.36
304224--304518	149	2.0	146	86	4	414	37	9	7	45	1.65
304550--304644	50	1.9	50	84	4	129	37	9	10	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304704--304748	20	2.2	20	84	7	56	42	15	11	31	1.82
306766--306792	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
316332--316459	52	2.5	52	98	1	249	31	17	17	33	1.93
316468--316492	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
316533--316599	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
316555--316579	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
316942--317028	20	4.7	19	76	21	87	29	14	13	41	1.85
316980--317004	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
316960--317024	33	2.0	33	87	6	96	32	13	13	40	1.85
318110--318135	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
320656--320732	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
324575--324619	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
326836--326861	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
329240--329383	51	2.8	51	77	4	139	30	25	9	34	1.88
329322--329728	79	5.2	79	85	7	562	27	26	14	31	1.95
331116--331162	24	2.0	24	86	0	67	23	4	8	63	1.40
332213--332258	17	2.6	18	76	13	51	19	4	8	67	1.35
333880--333929	17	2.8	18	75	9	57	66	2	0	32	1.03
335386--335443	19	3.3	19	69	30	65	62	3	13	20	1.46
335363--335443	33	2.4	34	93	2	137	60	4	12	22	1.51
342502--342564	23	2.8	22	81	11	74	3	25	0	71	1.01
343129--343167	17	2.5	15	84	15	53	53	5	7	33	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343595--343647	17	3.2	17	68	26	51	22	9	9	58	1.58
343602--343653	14	3.1	19	64	30	53	26	9	9	53	1.64
343587--343653	32	2.1	32	100	0	134	26	8	10	53	1.64
343817--344568	251	3.0	251	100	0	1504	29	11	21	37	1.89
350390--350823	215	2.0	215	89	0	654	40	14	18	27	1.88
351153--351449	52	5.8	52	81	5	309	25	24	14	35	1.93
351164--351409	102	2.4	104	83	6	297	24	25	14	35	1.94
352243--352309	20	3.2	20	85	8	73	40	7	16	35	1.77
356001--356063	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
356020--356077	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91

Tables:   1   2   3