genome.fa.s495.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold495
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  586005

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154614--154762	52	2.9	51	86	4	201	31	16	18	34	1.93
154751--154775	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154751--154859	33	3.3	33	79	14	111	32	11	14	41	1.83
155536--155703	53	3.2	53	79	5	144	37	13	25	23	1.92
155752--155955	43	4.1	52	81	11	225	33	15	24	26	1.95
155774--155955	95	1.9	93	90	4	285	32	16	24	26	1.96
155962--156127	65	2.6	64	88	6	241	16	16	38	27	1.91
155959--156127	32	5.4	32	84	9	240	16	16	37	28	1.91
156129--156459	34	10.0	33	76	15	292	34	12	32	20	1.90
156129--156392	98	2.7	95	84	12	331	34	12	32	20	1.89
156567--156602	8	4.5	8	89	0	54	27	8	22	41	1.82
157411--157471	29	2.1	30	90	3	97	0	14	4	80	0.87
157420--157471	14	3.5	15	72	17	54	0	11	5	82	0.82
157710--157761	12	4.5	11	90	7	68	0	1	13	84	0.70
157721--157759	6	6.7	6	97	2	71	0	0	12	87	0.55
164623--164751	52	2.5	52	94	0	231	31	17	16	34	1.92
164623--164771	52	2.9	51	88	4	219	32	17	16	33	1.93
164760--164797	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
165759--166256	49	10.3	49	81	11	507	33	16	24	24	1.96
165816--166256	92	4.7	92	88	6	643	33	17	24	24	1.96
165816--166256	190	2.3	185	89	5	661	33	17	24	24	1.96
171338--171391	25	2.1	27	86	6	76	53	0	3	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172464--172493	11	2.7	11	94	0	51	66	0	0	33	0.92
174127--174180	27	2.0	27	92	0	90	57	18	0	24	1.40
175770--175795	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
175308--175777	259	1.8	260	88	2	732	39	12	11	35	1.81
176890--176937	21	2.3	20	83	13	62	50	0	0	50	1.00
187366--187410	21	2.1	22	87	4	65	35	2	4	57	1.31
187862--187920	30	2.0	30	100	0	118	40	5	10	44	1.60
188287--188358	33	2.2	34	83	14	89	52	1	0	45	1.09
188307--188389	32	2.5	33	81	12	84	54	1	0	44	1.08
190002--190054	14	3.6	14	82	5	61	64	0	0	35	0.94
190999--191048	24	2.0	24	88	3	73	50	6	4	40	1.46
191199--191230	6	5.3	6	92	0	55	62	0	0	37	0.95
191745--191788	18	2.3	18	88	11	61	47	2	0	50	1.13
191761--191795	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
193928--194050	62	2.0	61	90	4	194	31	4	12	52	1.57
197171--197261	25	3.6	25	71	17	73	30	2	1	65	1.11
198308--198367	31	1.9	31	86	0	84	25	6	16	51	1.68
203443--203513	15	4.5	15	68	15	54	30	0	8	60	1.26
203750--203784	18	1.9	18	94	0	61	48	0	5	45	1.26
203753--203792	18	2.2	18	86	0	53	52	2	5	40	1.37
204467--204493	12	2.2	12	100	0	54	66	0	0	33	0.92
205360--205402	16	2.7	16	81	0	50	39	6	2	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206078--206114	18	2.1	18	90	5	58	43	0	0	56	0.99
206796--206852	25	2.2	26	79	17	66	50	0	1	47	1.11
208957--208991	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
209197--209229	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
210488--210526	18	2.2	18	100	0	78	61	5	0	33	1.18
210488--210533	18	2.6	18	93	3	67	58	6	0	34	1.24
210643--210698	22	2.5	21	80	13	51	60	0	1	37	1.07
213461--213531	32	2.4	28	81	11	70	50	5	2	40	1.40
214839--214937	49	2.0	49	90	0	153	41	10	22	26	1.85
217921--217975	28	2.0	28	89	7	85	54	0	1	43	1.10
221189--221236	19	2.5	19	89	3	69	41	0	0	58	0.98
221336--221367	16	2.0	16	100	0	64	43	25	6	25	1.77
221557--221609	18	2.9	17	81	10	61	56	0	1	41	1.10
223954--224000	13	3.4	13	81	16	58	61	2	0	36	1.08
223945--224012	29	2.3	29	87	2	91	51	1	0	47	1.09
224578--224662	38	2.3	37	85	2	116	47	5	4	42	1.48
224758--224820	26	2.5	26	82	7	67	47	3	0	49	1.17
224827--224900	38	1.9	39	86	2	105	58	8	1	32	1.36
225111--225159	16	3.3	15	78	18	57	44	0	0	55	0.99
225106--225149	13	3.2	13	82	17	61	38	0	0	61	0.96
225106--225167	29	2.1	29	87	3	88	41	1	1	54	1.19
225952--226134	62	2.9	62	88	2	240	35	9	27	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226299--226345	24	2.0	24	86	0	67	42	0	4	53	1.20
226327--226363	12	2.9	13	80	19	51	32	0	0	67	0.91
226327--226380	24	2.1	26	83	10	67	33	0	1	64	1.04
227012--227036	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
227989--228023	18	1.9	18	94	0	61	40	0	20	40	1.52
231914--231991	27	2.9	27	74	16	65	48	1	0	50	1.09
231945--231979	16	2.1	18	89	10	56	48	0	0	51	1.00
231942--231998	20	2.9	19	75	17	55	50	0	0	49	1.00
233315--233375	29	2.1	29	87	6	88	45	0	0	54	1.00
233434--233480	23	1.9	26	87	12	73	59	0	0	40	0.97
233436--233488	26	2.2	23	83	10	61	62	0	0	37	0.96
246984--247012	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
248144--248196	26	2.0	26	82	7	63	56	3	1	37	1.28
248173--248230	14	4.1	14	75	16	57	58	1	0	39	1.08
248187--248231	15	2.9	15	81	15	56	62	0	0	37	0.96
248638--248685	19	2.5	19	76	6	53	39	0	2	58	1.10
249930--249974	22	2.0	23	86	4	65	46	0	0	53	1.00
250934--250966	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
254980--255084	53	2.0	51	87	8	151	24	43	3	27	1.71
255869--255915	23	2.1	22	81	14	53	40	36	2	21	1.65
264024--264127	55	1.9	55	89	0	163	39	9	9	41	1.71
264650--264683	17	1.9	18	88	5	52	11	8	20	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264891--264926	5	7.2	5	87	12	56	61	0	0	38	0.96
265198--265262	26	2.7	24	81	15	64	56	0	1	41	1.08
268928--268997	23	2.9	23	74	22	63	44	0	0	55	0.99
269111--269168	16	3.8	16	72	9	57	58	1	0	39	1.08
269661--269752	43	2.2	42	92	2	148	20	4	29	45	1.70
271869--271919	24	2.2	23	89	3	75	64	0	0	35	0.94
272226--272279	27	2.0	27	81	0	63	42	1	7	48	1.42
274141--274243	35	3.0	35	80	12	131	30	8	21	39	1.83
274809--274843	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
276949--276983	15	2.4	14	81	9	52	62	2	2	31	1.24
277388--277420	10	3.4	10	87	8	50	81	0	0	18	0.68
278206--278241	17	2.1	17	89	0	54	47	0	2	50	1.15
278383--278430	24	2.0	24	88	4	71	56	2	0	41	1.11
278484--278508	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
279427--279477	16	3.2	16	88	0	66	9	9	33	47	1.70
279891--279916	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
282691--282757	27	2.5	26	79	13	66	34	1	1	62	1.13
282969--283004	15	2.4	15	95	0	63	13	5	2	77	1.05
285453--285477	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
285801--285854	27	2.0	27	81	0	63	42	1	7	48	1.42
287717--287819	35	3.0	35	80	12	131	30	8	21	39	1.83
290516--290550	15	2.4	14	81	9	52	62	2	2	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290952--290984	10	3.4	10	87	8	50	81	0	0	18	0.68
291767--291806	18	2.2	18	90	0	62	50	0	2	47	1.14
291948--291995	24	2.0	24	88	4	71	56	2	0	41	1.11
292992--293042	16	3.2	16	88	0	66	9	9	33	47	1.70
293456--293481	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
296256--296322	27	2.5	26	79	13	66	34	1	1	62	1.13
296534--296569	14	2.6	14	90	0	63	16	5	2	75	1.12
299018--299042	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
299367--299420	27	2.0	27	81	0	63	42	1	7	48	1.42
301283--301385	35	3.0	35	80	12	131	30	8	21	39	1.83

Tables:   1   2   3   4   5