genome.fa.s499.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold499
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  498087

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126163--126204	13	3.2	13	83	10	50	64	0	0	35	0.94
126174--126242	17	3.9	17	75	14	61	63	0	1	34	1.03
127361--127412	21	2.4	21	83	6	59	40	1	0	57	1.10
128621--128653	3	11.0	3	93	0	57	33	33	30	3	1.73
133552--133598	16	2.9	16	84	9	60	61	2	2	34	1.20
133941--133993	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
140476--140514	18	2.1	19	85	4	53	53	0	0	46	1.00
142443--142489	26	1.9	25	83	12	62	51	2	0	46	1.13
142836--142860	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
143478--143520	13	3.4	13	75	18	54	65	2	0	32	1.06
143440--143516	30	2.4	33	79	12	90	64	3	0	31	1.11
143482--143536	25	2.3	24	84	9	69	60	1	0	38	1.08
143904--143947	21	2.1	21	87	4	63	43	0	2	54	1.12
143876--143996	64	1.9	62	83	6	154	45	0	1	52	1.10
149271--149313	7	5.9	7	86	10	59	58	0	0	41	0.98
151384--151447	24	2.8	22	77	15	67	50	0	0	50	1.00
151390--151437	24	2.0	24	87	4	69	45	0	0	54	0.99
153993--154055	31	2.0	32	96	3	119	61	0	22	15	1.33
154735--154906	7	26.4	7	65	22	65	41	0	1	56	1.06
154738--154906	11	15.2	11	68	21	52	42	0	1	56	1.06
154764--154816	15	3.4	15	76	16	54	47	0	0	52	1.00
154760--154816	17	3.5	17	73	24	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154779--154831	24	2.2	24	86	6	72	41	0	0	58	0.98
154773--154835	32	1.9	32	93	3	108	41	0	0	58	0.98
154821--154908	44	2.0	43	78	6	88	38	0	2	59	1.10
156202--156237	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
157427--157499	21	3.7	20	76	15	64	36	0	1	61	1.05
157452--157505	21	2.5	21	82	8	56	29	1	1	66	1.12
157664--157707	21	2.1	21	86	0	61	54	2	4	38	1.33
157731--157760	12	2.6	12	94	5	53	73	0	10	16	1.09
158805--158834	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
159404--159445	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
159758--159801	22	2.0	23	86	13	65	63	0	9	27	1.24
160134--160177	20	2.2	20	83	0	52	40	0	0	59	0.98
163229--163503	137	2.0	137	98	0	532	28	26	12	32	1.92
166523--166572	2	26.5	2	76	11	52	48	0	0	52	1.00
166569--166615	25	1.9	24	86	4	67	36	2	2	59	1.21
167044--167084	21	2.0	20	85	4	55	39	7	2	51	1.43
167953--167978	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
168756--168794	9	4.3	9	84	12	53	53	0	0	46	1.00
169765--169808	22	1.9	24	86	9	65	47	0	2	50	1.13
170046--170092	24	2.0	24	95	0	85	44	8	2	44	1.46
171679--171707	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
174173--174210	19	2.0	19	89	0	58	57	0	2	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174194--174243	7	7.6	7	78	13	61	64	0	0	36	0.94
174186--174249	13	4.9	13	84	0	92	59	0	0	40	0.97
174179--174240	6	9.7	6	74	11	52	62	0	1	35	1.05
174186--174249	26	2.5	26	100	0	128	59	0	0	40	0.97
176712--176744	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
177870--178058	7	27.9	7	70	19	109	41	0	0	58	0.98
177870--178081	29	6.7	33	66	19	85	42	0	0	57	0.98
177885--178044	27	5.8	28	69	25	94	40	0	0	59	0.97
177913--178040	42	3.1	40	77	16	120	39	0	0	60	0.97
177893--178016	32	4.0	32	78	11	116	41	0	0	58	0.98
177919--178050	43	3.1	44	77	16	145	40	0	0	59	0.97
177890--178058	76	2.4	68	79	12	180	41	0	0	58	0.98
177877--178063	38	4.9	38	73	13	129	41	0	0	58	0.98
178921--178952	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
179935--180116	95	1.9	95	85	0	247	35	10	7	46	1.67
181323--181358	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
181937--182019	3	25.0	3	88	9	85	31	0	0	68	0.90
181932--181981	4	12.8	4	83	12	68	30	0	0	70	0.88
182679--182754	20	4.4	18	74	18	65	40	1	1	56	1.16
186165--186295	65	2.0	65	95	0	235	32	11	19	37	1.87
187475--187499	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
194555--194596	21	2.2	19	87	12	59	42	4	7	45	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195967--196015	20	2.6	19	87	12	66	53	2	0	44	1.12
197287--197316	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
198455--198501	25	1.9	25	86	4	69	44	6	4	44	1.49
199032--199094	20	2.9	21	79	11	65	60	7	3	28	1.40
199146--199205	30	2.0	30	93	0	102	46	13	13	26	1.80
199385--199409	10	2.5	10	100	0	50	52	20	8	20	1.71
200359--200476	59	2.0	59	91	0	191	42	16	11	29	1.83
206645--206669	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
214282--214315	10	3.4	10	91	0	50	41	8	50	0	1.34
214447--214489	21	2.0	21	86	0	59	51	0	2	46	1.13
214621--214669	21	2.2	22	79	13	57	34	0	4	61	1.15
217110--217138	14	2.1	14	100	0	58	20	27	20	31	1.98
219725--219763	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
219873--219914	21	2.0	21	90	0	66	28	2	0	69	1.01
223362--223439	39	2.0	39	97	0	147	37	17	6	38	1.76
223539--223563	11	2.3	11	100	0	50	60	8	8	24	1.52
228813--228850	17	2.3	16	90	4	58	63	0	0	36	0.95
228815--228886	15	4.6	16	72	11	60	56	0	0	43	0.99
228869--228915	18	2.5	20	83	16	66	46	0	0	53	1.00
232588--232657	20	3.4	21	82	9	83	40	0	0	60	0.97
232709--232760	26	2.0	27	81	11	63	61	0	0	38	0.96
233025--233058	7	4.9	7	100	0	68	29	41	14	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233630--233680	24	2.1	24	100	0	102	52	3	0	43	1.19
233750--233774	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
234239--234325	26	3.3	28	68	22	71	48	1	0	50	1.08
234249--234303	23	2.3	24	84	3	76	49	1	0	49	1.11
234261--234303	11	3.6	12	78	9	52	51	2	0	46	1.13
234866--234921	28	2.2	26	84	12	71	51	0	0	48	1.00
235589--235634	19	2.4	19	81	3	56	52	0	0	47	1.00
236245--236295	22	2.4	20	76	20	50	56	0	0	43	0.99
236309--236352	22	2.0	22	82	8	54	54	2	0	43	1.12
237900--237938	20	2.0	19	85	5	51	66	0	2	30	1.05
239826--239854	12	2.4	12	100	0	58	41	0	6	51	1.28
257014--257051	20	2.0	20	94	5	69	50	7	5	36	1.54
257586--257653	12	5.1	13	71	23	52	64	0	0	35	0.94
257759--257798	21	1.9	21	84	0	53	40	5	0	55	1.22
264153--264265	22	5.0	22	70	14	70	46	0	0	53	1.00
270604--270648	16	2.9	15	79	20	56	51	0	0	48	1.00
271117--271156	5	8.0	5	97	0	71	77	0	20	2	0.88
271304--271363	14	4.5	13	75	8	57	51	1	0	46	1.10
271292--271356	29	2.3	27	84	5	85	47	1	0	50	1.10
271282--271357	27	2.6	29	80	16	86	50	2	0	47	1.15
271308--271364	27	2.1	28	86	3	80	50	1	0	47	1.11
272522--272585	29	2.2	28	83	2	74	65	3	4	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273063--273121	24	2.3	26	83	13	79	44	0	0	55	0.99
273158--273219	30	2.2	28	85	8	81	43	0	1	54	1.09
273168--273252	24	3.4	25	75	21	70	43	0	1	55	1.07
275808--275853	20	2.3	21	85	7	60	45	13	4	36	1.63
278422--278521	28	3.4	27	77	21	96	66	0	0	34	0.92
278463--278559	17	5.8	17	70	14	76	61	1	0	37	1.03
278461--278563	15	7.4	14	71	25	53	63	0	0	35	1.01
278440--278586	31	4.5	31	74	18	86	61	2	0	36	1.07
279860--279957	10	9.8	11	72	22	58	39	0	1	59	1.04
279896--279975	31	2.9	29	78	15	73	33	0	0	66	0.92

Tables:   1   2   3   4