genome.fa.s500.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold500
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2046043

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1137 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184472--184515	21	2.1	21	87	8	63	52	2	0	45	1.13
184434--184648	92	2.3	90	88	6	272	45	4	1	48	1.32
184476--184661	92	2.0	92	97	0	354	43	5	4	47	1.46
190425--190517	45	2.1	45	100	0	186	23	20	27	27	1.99
191264--191309	24	1.9	24	86	0	65	65	15	4	15	1.43
191514--191554	13	3.3	13	76	13	50	24	0	2	73	0.96
191470--191693	48	4.7	47	74	8	159	22	5	8	62	1.44
191520--191693	94	1.9	94	82	4	226	21	6	8	63	1.46
191472--191646	24	7.4	24	77	3	131	24	3	8	64	1.36
191636--191693	24	2.4	24	85	5	73	17	10	10	62	1.54
197993--198050	29	1.9	32	89	10	95	43	0	1	55	1.10
199000--199029	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
207751--207810	3	20.0	3	77	6	50	25	38	1	35	1.66
207754--207810	12	4.8	12	78	8	62	24	38	1	35	1.66
210854--210883	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
212931--212962	17	2.0	17	88	11	50	37	0	6	56	1.25
214370--214429	21	2.9	21	73	11	61	46	0	0	53	1.00
214412--214476	13	4.9	14	70	22	50	49	0	0	50	1.00
215177--215234	23	2.3	27	82	14	79	46	0	0	53	1.00
215973--216011	15	2.6	14	88	8	51	82	0	2	15	0.79
215973--216011	20	2.0	20	85	10	53	82	0	2	15	0.79
216093--216137	18	2.5	18	85	0	54	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216652--216690	9	4.4	9	90	3	53	51	0	0	48	1.00
216941--216976	18	1.9	19	88	5	56	55	0	2	41	1.14
217077--217119	23	2.0	23	90	9	72	58	0	0	41	0.98
217578--217947	116	3.1	115	76	18	346	42	2	2	52	1.27
217859--217917	26	2.3	27	82	5	68	47	0	0	52	1.00
218550--218590	15	2.9	15	80	20	52	58	0	0	41	0.98
218552--218594	14	3.0	15	80	10	54	55	0	0	44	0.99
218744--218773	16	1.9	15	93	6	51	43	0	3	53	1.17
218726--218813	9	9.4	9	72	14	54	43	0	2	54	1.12
218777--218829	16	3.2	16	74	12	54	35	1	1	60	1.19
218925--218962	20	1.9	20	89	10	60	47	0	2	50	1.15
224115--224163	19	2.4	21	80	10	57	44	0	0	55	0.99
224130--224176	21	2.2	22	85	11	62	40	0	0	59	0.97
224127--224183	22	2.6	22	77	5	62	38	0	0	61	0.96
224717--224768	22	2.5	20	75	9	52	53	0	3	42	1.19
224878--224917	18	2.2	19	90	4	64	47	0	0	52	1.00
226105--226208	51	2.1	49	82	10	122	50	0	0	49	1.00
226155--226214	30	2.0	30	90	3	93	50	0	0	50	1.00
226711--226737	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
227106--227136	2	15.5	2	93	0	53	0	45	0	54	0.99
227299--227323	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
233288--233353	33	2.0	33	88	5	98	4	33	19	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233316--233566	66	3.8	66	73	12	212	14	25	17	42	1.87
233327--233566	132	1.8	132	91	0	399	15	25	18	41	1.89
233628--233773	66	2.2	66	86	2	195	15	30	19	34	1.93
233597--233996	165	2.4	165	87	0	559	14	28	20	36	1.91
233688--233872	99	1.9	99	80	2	219	12	31	20	35	1.90
233793--233920	66	1.9	66	80	3	150	15	28	20	35	1.93
235213--235285	34	2.3	31	78	15	94	31	9	19	39	1.84
238810--238866	21	2.8	21	81	2	62	36	21	3	38	1.70
241233--241268	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
242138--242177	21	1.9	21	85	10	55	32	25	5	37	1.77
242811--242871	12	4.8	12	72	16	52	29	9	3	57	1.47
243906--243943	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
244664--244695	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
247089--247121	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
249538--249592	24	2.3	24	78	6	58	63	1	25	9	1.34
249826--249882	29	1.9	29	86	10	80	42	0	0	57	0.98
249825--249877	13	3.8	13	76	14	52	39	0	0	60	0.97
250023--250072	20	2.5	20	83	0	64	32	0	0	68	0.90
250071--250122	14	3.6	14	75	14	61	59	0	0	40	0.97
250069--250123	29	1.9	28	92	3	92	56	0	0	43	0.99
250253--250310	5	11.2	5	76	7	53	36	0	0	63	0.94
250266--250314	22	2.2	22	92	0	80	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250238--250311	10	7.3	10	74	7	60	35	0	0	64	0.94
250863--250925	7	8.1	8	78	16	53	41	1	0	57	1.08
250870--250917	15	3.3	15	79	2	62	43	0	0	56	0.99
251390--251438	18	2.8	17	81	9	62	53	0	0	46	1.00
251400--251449	24	2.1	24	84	0	64	60	0	0	40	0.97
252418--252461	23	1.9	23	85	0	61	54	6	0	38	1.27
254458--254487	14	2.1	15	93	6	53	40	0	0	60	0.97
255781--255825	22	2.0	22	100	0	90	31	8	13	46	1.74
257813--257886	37	2.0	37	100	0	148	45	13	21	18	1.84
262556--262620	26	2.6	25	78	7	78	44	1	0	53	1.09
262556--262612	24	2.3	25	84	6	71	47	0	0	52	1.00
263963--264027	28	2.2	30	78	13	73	47	1	0	50	1.10
264667--264704	18	2.1	19	85	5	51	36	0	0	63	0.95
264651--264722	36	2.0	36	81	5	83	44	1	0	54	1.08
266977--267110	70	1.9	70	100	0	268	36	11	17	33	1.87
271806--271864	22	2.7	22	80	15	70	42	0	0	57	0.98
274945--275005	20	2.7	23	75	14	65	36	0	9	54	1.34
274951--275005	21	2.6	21	79	2	65	34	0	10	54	1.36
275301--275326	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
276125--276160	2	18.0	2	94	0	63	50	2	0	47	1.15
277262--277293	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
280944--281013	3	23.3	3	79	5	61	55	0	32	11	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280947--281011	12	5.4	12	86	0	85	55	0	32	12	1.37
280947--281011	18	3.6	18	83	8	87	55	0	32	12	1.37
282495--282537	17	2.4	17	80	7	50	62	0	2	34	1.08
282799--282828	13	2.3	13	94	0	51	36	10	0	53	1.35
288139--288186	20	2.4	19	77	16	53	50	0	0	50	1.00
288743--288970	124	1.8	124	91	0	375	34	11	7	46	1.69
289322--289349	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
289345--289384	17	2.3	18	95	4	73	35	5	20	40	1.74
289740--289776	2	18.5	2	88	0	56	48	5	0	45	1.25
290407--290456	7	7.0	7	77	20	50	16	0	2	82	0.77
290424--290465	15	2.9	15	79	13	52	16	0	2	80	0.81
290923--290966	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
291382--291431	21	2.3	21	82	3	55	58	0	4	38	1.17
293424--293526	33	3.2	33	78	12	106	42	0	0	57	0.98
294490--294517	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
294591--294615	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
295168--295222	27	2.0	29	85	7	78	52	1	3	41	1.29
295365--295412	21	2.1	22	85	11	62	43	0	0	56	0.99
295460--295501	15	2.7	16	82	14	52	42	4	0	52	1.22
295982--296039	26	2.2	26	78	6	64	43	0	6	50	1.29
299227--299260	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
305501--305539	20	2.0	20	90	10	62	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305512--305567	5	11.2	5	77	7	60	60	0	0	39	0.97
306074--306133	24	2.7	22	74	7	59	58	0	3	38	1.15
308659--308727	14	4.6	15	89	8	97	49	0	0	50	1.00
308659--308727	30	2.3	29	85	12	95	49	0	0	50	1.00
309059--309109	26	2.0	26	84	7	68	52	0	0	47	1.00
309715--309749	3	11.7	3	93	0	61	31	34	2	31	1.73
313407--313496	40	2.3	40	96	1	164	25	6	15	52	1.67
313447--313506	25	2.4	25	77	5	68	28	5	13	53	1.60
313819--313885	16	3.5	19	73	22	68	44	0	1	53	1.09
317705--317748	7	6.1	7	92	5	70	59	0	0	40	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10