genome.fa.s502.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold502
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  762056

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1019--1186	84	2.0	84	92	0	282	30	13	16	39	1.88
2327--2559	118	2.0	118	86	2	326	29	11	30	29	1.92
4885--5050	51	3.2	51	85	0	215	46	12	10	29	1.76
5351--5413	27	2.3	28	88	2	92	31	20	15	31	1.94
5353--5413	28	2.2	27	88	2	86	32	19	14	32	1.92
5438--5485	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
6869--7211	58	5.9	58	74	7	266	46	13	11	27	1.79
6938--7211	116	2.3	115	83	6	347	47	14	13	24	1.81
7156--7263	52	2.0	53	87	5	155	40	19	15	24	1.90
7273--7397	59	2.1	58	81	10	139	48	13	11	27	1.76
16244--16332	30	3.0	30	78	14	94	40	1	2	56	1.19
16322--16427	42	2.6	41	75	10	117	40	0	5	52	1.31
16402--16465	16	4.1	16	73	13	53	31	1	0	67	1.00
16484--16552	27	2.6	27	76	17	72	37	0	2	59	1.12
16521--16571	16	3.2	15	78	15	50	39	1	1	56	1.22
17338--17365	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
20450--20478	15	2.0	15	93	6	51	20	31	13	34	1.92
21552--21593	18	2.3	18	91	0	66	38	9	14	38	1.78
24457--24492	6	6.0	6	100	0	72	33	16	16	33	1.92
25409--25438	5	6.0	5	100	0	60	40	0	40	20	1.52
28674--28858	34	5.5	34	87	3	257	40	26	7	25	1.82
33275--33457	34	5.4	34	85	3	235	39	25	7	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34929--34977	21	2.3	21	80	13	55	38	0	6	55	1.25
39163--39187	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
42444--42479	2	17.5	2	94	5	63	50	2	0	47	1.15
42887--42936	5	10.2	5	86	4	75	58	0	2	40	1.10
43629--43729	42	2.4	42	86	3	132	36	5	4	52	1.48
43635--43730	21	4.6	20	79	5	84	36	5	6	52	1.49
43652--43877	85	2.7	86	73	6	192	36	3	6	53	1.43
44222--44267	20	2.4	18	83	16	58	23	2	0	73	0.94
44804--44872	33	2.1	32	97	2	129	63	0	5	30	1.17
47438--47494	15	3.8	15	78	0	69	26	24	24	24	2.00
47438--47501	30	2.2	29	82	2	74	25	23	25	26	2.00
50518--50555	11	3.4	11	83	16	51	73	5	15	5	1.19
53282--53309	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
55515--55563	27	1.9	26	84	12	66	24	38	18	18	1.93
58130--58171	13	3.3	13	78	15	52	19	0	2	78	0.86
58130--58171	7	5.5	8	86	13	54	19	0	2	78	0.86
58139--58182	18	2.4	18	85	7	54	20	0	2	77	0.88
59904--60149	137	1.8	137	89	2	334	15	25	12	46	1.81
59909--60172	138	1.9	136	92	1	447	14	24	12	48	1.79
66001--66065	21	3.1	20	77	6	58	44	1	0	53	1.09
66011--66066	21	2.6	22	80	5	69	51	0	0	48	1.00
66045--66073	14	2.0	15	93	6	51	62	0	3	34	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66660--66692	14	2.4	14	90	10	50	54	9	0	36	1.32
66765--66789	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
66878--66955	4	19.5	4	90	5	104	19	1	3	75	1.02
67224--67313	14	6.4	14	76	5	83	33	17	13	35	1.89
73970--74003	5	6.8	5	93	0	59	64	0	0	35	0.94
75412--75449	3	12.7	3	83	10	51	26	2	0	71	1.00
75412--75455	15	2.9	15	86	6	54	22	4	0	72	1.02
76988--77024	18	2.0	20	89	10	60	75	5	8	10	1.17
77215--77428	68	3.1	68	86	2	295	43	24	5	25	1.76
77211--77427	34	6.4	34	74	4	186	44	24	5	25	1.75
77404--77450	22	2.1	22	92	0	76	48	27	8	14	1.73
81873--82074	34	5.9	34	77	4	192	43	23	5	27	1.75
81873--82074	68	3.0	68	86	0	278	43	23	5	27	1.75
81898--82082	102	1.8	102	83	4	248	44	22	5	27	1.76
83742--83779	20	1.9	19	85	15	51	34	2	0	63	1.09
84196--84235	2	20.0	2	84	0	53	45	0	7	47	1.31
89915--90106	96	2.0	96	100	0	384	33	14	16	35	1.89
91331--91363	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
91482--91506	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
95567--95595	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
107535--107572	9	4.3	9	90	3	51	23	0	0	76	0.79
107537--107568	3	10.7	3	93	0	55	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107680--107704	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
107784--107823	19	2.1	19	100	0	80	12	5	15	67	1.38
114530--114563	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
114526--114569	16	2.7	16	80	13	54	52	0	0	47	1.00
114571--114624	19	2.8	20	83	16	69	35	1	0	62	1.06
114602--114641	21	1.9	21	89	0	62	47	0	0	52	1.00
119755--119794	19	2.0	21	85	9	57	57	0	0	42	0.98
124656--124737	20	4.6	18	70	22	57	43	1	0	54	1.07
124677--124750	17	4.1	18	73	21	66	40	1	0	58	1.07
126681--126707	5	5.4	5	100	0	54	18	0	18	62	1.32
132941--132965	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
137144--142689	923	6.0	923	99	0	11056	38	20	14	25	1.91
154252--154282	2	15.5	2	93	0	53	0	3	51	45	1.17
154282--154322	2	20.5	2	100	0	82	48	0	51	0	1.00
154606--154646	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
155643--155679	2	18.5	2	94	0	65	51	0	0	48	1.00
156734--156776	11	4.0	11	78	6	52	27	0	2	69	1.00
157608--157668	23	2.7	22	80	14	70	57	0	0	42	0.98
164909--164939	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
165731--165763	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
173767--173823	6	9.5	6	73	7	53	47	0	0	52	1.00
173767--173805	17	2.2	17	90	4	60	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173768--173823	19	3.1	18	84	7	60	46	0	0	53	1.00
174130--174211	36	2.3	36	80	16	98	62	2	0	35	1.09
174179--174219	8	5.4	8	77	11	50	63	0	0	36	0.95
174151--174206	16	3.2	16	73	22	51	66	0	0	33	0.92
176680--176724	19	2.2	21	92	7	76	46	0	0	53	1.00
178705--178738	14	2.3	15	90	5	52	23	5	2	67	1.26
180560--180596	18	2.2	16	90	9	56	64	0	0	35	0.94
181808--181914	51	2.1	51	82	3	126	32	11	24	31	1.90
183922--183964	2	21.5	2	90	0	68	44	0	0	55	0.99
183921--183964	18	2.4	18	100	0	88	43	0	0	56	0.99
184758--184799	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
184829--184865	15	2.5	15	90	0	56	45	0	0	54	1.00
185054--185098	2	22.5	2	90	0	72	46	2	2	48	1.26
187593--187621	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
190680--190741	20	3.3	20	69	17	69	33	4	6	54	1.47
190680--190752	36	2.0	36	100	0	146	35	5	8	50	1.55
193491--193528	18	2.1	18	95	0	67	39	5	15	39	1.70
195507--195570	16	4.0	16	83	0	74	4	23	32	39	1.75
195503--195564	32	1.9	32	90	0	97	6	24	32	37	1.81
195565--195595	16	1.9	16	93	0	53	16	19	22	41	1.89
195611--195643	16	2.1	16	94	0	57	21	12	21	45	1.84
197264--197320	25	2.3	25	82	11	73	43	5	1	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201918--201980	25	2.5	26	82	7	67	36	3	3	57	1.31
201984--202039	17	3.2	17	75	24	62	55	1	3	39	1.28
203845--203884	7	5.7	7	100	0	80	0	27	15	57	1.38
210817--210850	16	2.1	16	100	0	68	38	23	23	14	1.92
211486--211530	23	2.0	23	86	0	63	64	2	0	33	1.06
211555--211606	22	2.2	22	86	10	68	55	0	0	44	0.99
211540--211615	32	2.3	32	82	13	84	56	1	0	42	1.07
211485--211621	18	7.8	18	63	18	58	57	3	0	38	1.16
215208--215255	17	3.1	16	80	19	66	52	0	2	45	1.12
215153--215265	35	3.1	34	69	19	86	53	0	0	46	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6