genome.fa.s505.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold505
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  423124

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 315 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124028--124068	21	2.0	21	85	0	55	53	0	0	46	1.00
127536--127576	20	2.0	20	86	9	57	48	0	2	48	1.14
133027--133078	23	2.3	22	80	9	59	75	0	1	23	0.91
133161--133197	16	2.2	16	90	4	56	54	2	0	43	1.14
138682--138737	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
139651--139726	20	3.8	19	77	6	80	39	11	13	35	1.81
139648--139726	40	2.0	39	87	2	113	39	12	12	35	1.81
143410--143449	18	2.2	18	86	0	53	40	5	2	52	1.37
143948--143994	25	2.0	25	87	8	71	40	0	6	53	1.27
145029--145084	21	2.5	23	72	18	64	42	0	5	51	1.24
146130--146168	14	2.8	14	81	11	53	76	0	0	23	0.78
146749--146810	18	3.6	18	71	20	60	53	0	0	46	1.00
146676--146787	44	2.7	42	79	18	101	52	0	0	47	1.00
146734--146811	33	2.4	33	80	16	90	55	0	0	44	0.99
148087--148304	109	2.0	109	98	0	418	31	16	17	34	1.92
149845--149890	24	2.0	24	87	12	69	50	0	0	50	1.00
150420--150460	21	2.1	19	86	9	55	41	0	0	58	0.98
152283--152319	12	3.2	12	88	11	51	67	0	0	32	0.91
153589--153651	24	2.6	24	76	14	67	50	1	0	47	1.10
153682--153726	18	2.3	20	78	21	60	55	0	0	44	0.99
153687--153734	18	2.7	18	83	9	62	60	0	0	39	0.97
153694--153732	17	2.2	18	86	4	53	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154297--154363	16	4.0	17	79	14	59	58	1	0	40	1.07
154297--154342	16	2.7	18	86	6	60	60	0	0	39	0.97
156145--156173	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
156555--156605	19	2.7	18	79	14	59	72	0	0	27	0.85
156548--156634	29	3.0	28	81	10	86	65	2	1	31	1.12
156552--156633	31	2.9	28	78	12	78	65	2	1	30	1.13
157605--157652	20	2.4	20	100	0	96	56	0	4	39	1.19
158498--158543	16	2.9	16	83	3	58	26	2	2	69	1.11
158498--158550	16	3.4	16	81	2	54	30	1	1	66	1.13
158489--158562	11	6.9	11	72	18	50	28	2	1	67	1.12
158529--158572	22	1.9	24	81	9	56	31	2	0	65	1.05
159008--159038	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
159882--159931	2	26.5	2	84	11	70	50	2	0	48	1.12
172654--172685	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
173047--173099	18	2.9	18	84	15	65	41	0	1	56	1.10
173508--173541	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
175244--175276	15	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
177307--177360	22	2.5	22	93	0	90	40	20	0	38	1.53
177299--177358	22	2.4	26	71	28	67	38	21	0	40	1.54
178592--178632	19	2.3	17	87	8	55	39	2	0	58	1.11
179162--179189	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
180235--180272	9	4.4	9	87	12	53	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180238--180292	21	2.6	21	79	2	56	52	0	1	45	1.11
180377--180520	42	3.6	39	74	14	109	38	1	2	58	1.19
180411--180497	33	2.6	31	75	12	75	39	1	0	59	1.05
188193--188239	20	2.4	19	82	10	58	48	2	0	48	1.13
188201--188238	20	2.0	20	89	5	60	47	2	0	50	1.15
188468--188515	3	16.0	3	91	0	69	39	0	0	60	0.97
189042--189089	18	2.8	18	79	17	57	60	0	0	39	0.97
199112--199160	16	3.2	16	72	13	50	46	0	0	53	1.00
199104--199155	23	2.2	23	82	3	59	51	0	0	48	1.00
199120--199204	32	2.7	33	82	12	115	44	0	2	52	1.13
199133--199189	25	2.3	25	75	3	62	45	0	3	50	1.18
199178--199240	23	2.9	23	80	17	73	46	0	0	53	1.00
199198--199271	32	2.3	31	83	4	85	45	1	1	51	1.18
199476--199518	12	3.5	13	81	12	56	51	0	0	48	1.00
199566--199641	39	2.0	38	84	7	100	47	0	1	51	1.09
199662--199702	15	2.7	15	82	17	50	60	7	0	31	1.24
199983--200018	15	2.4	15	90	0	63	30	0	0	69	0.89
199983--200034	8	6.9	8	82	10	56	38	0	0	61	0.96
199981--200034	23	2.4	23	78	3	65	40	0	0	59	0.98
209699--209776	40	1.9	40	84	2	102	35	16	20	26	1.94
211814--211855	17	2.4	18	84	11	52	47	0	2	50	1.14
214233--214279	10	4.8	10	75	15	53	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214233--214409	18	9.7	18	66	23	68	34	0	1	64	1.01
214233--214307	29	2.6	29	85	10	91	36	0	1	62	1.04
214324--214392	31	2.4	27	83	13	84	28	0	0	71	0.87
214343--214408	26	2.5	26	81	13	73	31	0	1	66	1.01
214954--214992	19	2.0	19	85	5	51	43	2	2	51	1.29
215610--215651	20	2.2	20	95	4	77	26	0	7	66	1.17
217542--217581	21	2.0	20	85	14	55	55	0	0	45	0.99
218373--218428	18	2.9	18	80	14	67	37	0	0	62	0.95
218393--218442	26	1.9	26	84	8	66	38	0	0	62	0.96
218951--219040	11	9.0	11	73	19	56	60	1	1	37	1.12
218978--219044	9	7.3	9	80	9	57	64	1	0	34	1.03
218951--219040	20	4.6	20	71	19	64	60	1	1	37	1.12
218970--219045	16	4.9	15	72	15	57	63	1	0	35	1.03
222171--222386	118	1.9	115	94	2	378	50	11	13	24	1.73
222376--222419	23	1.9	23	100	0	88	34	18	25	22	1.96
224025--224051	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
225023--225069	4	11.8	4	100	0	94	25	0	23	51	1.49
239627--239705	35	2.3	35	95	0	140	45	15	11	27	1.80
240591--240629	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
244820--244874	2	30.0	2	77	17	57	43	0	1	54	1.10
245934--245982	3	16.3	3	82	0	62	32	4	2	61	1.26
245932--245981	18	2.8	18	90	0	82	36	4	2	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246645--246674	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
247456--247494	17	2.3	17	90	0	60	53	5	0	41	1.23
247942--247979	16	2.2	18	86	9	53	36	0	2	60	1.11
247935--247979	23	2.0	22	82	4	54	37	0	2	60	1.09
251071--251119	21	2.3	21	79	6	55	48	4	0	46	1.20
252167--252201	17	2.1	17	89	10	54	62	2	34	0	1.10
263949--263981	14	2.4	14	100	0	66	33	24	6	36	1.80
272141--272183	21	2.0	21	86	8	61	39	16	9	34	1.80
272218--272274	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
272369--272399	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
272387--272442	21	2.6	22	94	5	105	26	25	10	37	1.88
272468--272553	34	2.5	34	96	0	154	33	19	8	38	1.82
273045--273111	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
279797--279871	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
279797--279874	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
280785--280839	22	2.5	22	93	0	101	20	10	9	60	1.57
280801--280846	20	2.2	21	84	7	58	23	10	10	54	1.67
288332--289686	27	49.1	27	91	3	1557	24	33	15	26	1.95
289216--290371	285	4.3	261	84	8	1208	29	34	17	18	1.94
288369--290371	27	69.9	28	89	4	1285	26	34	16	23	1.95
289216--290371	32	38.8	30	88	5	1157	29	34	17	18	1.94
290853--290930	40	2.0	39	87	2	111	35	11	11	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291841--291895	22	2.5	22	100	0	110	18	10	9	61	1.54
291841--291902	22	2.9	21	90	4	63	20	11	9	58	1.61
294384--294412	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
295081--295158	28	2.8	28	90	0	120	33	25	14	26	1.94
298488--298636	52	2.9	52	87	4	221	31	18	17	32	1.94
298625--298649	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
298713--298737	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
302163--302280	50	2.4	50	88	4	168	27	11	15	44	1.81
302263--302342	32	2.5	32	100	0	160	30	12	17	40	1.86
307697--308351	52	12.5	52	70	8	362	28	25	14	31	1.94

Tables:   1   2   3