genome.fa.s506.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold506
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  486993

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 271 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8288--8318	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
8269--8333	33	2.0	33	87	6	96	32	18	15	33	1.92
8363--8418	19	2.9	20	78	7	62	33	14	16	35	1.88
12827--13114	62	4.7	62	76	13	281	24	21	19	34	1.97
12873--13095	120	1.9	120	88	1	340	25	21	21	30	1.98
13217--13604	159	2.5	157	78	8	401	28	20	13	37	1.91
13217--13604	78	4.9	79	80	6	398	28	20	13	37	1.91
15442--15488	23	2.0	24	84	15	64	29	27	2	40	1.68
17478--17546	23	3.3	23	61	23	60	26	18	2	52	1.60
17459--17554	40	2.4	40	98	0	183	23	22	2	51	1.59
19354--19449	51	1.9	50	86	2	138	32	15	6	45	1.71
19390--19687	79	3.8	79	86	1	402	29	21	11	38	1.88
19405--19687	157	1.8	157	88	1	442	29	20	11	38	1.88
19405--19687	78	3.6	78	87	3	397	29	20	11	38	1.88
22127--22154	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
26563--26656	20	4.7	20	79	0	98	43	12	11	31	1.79
26670--26707	20	1.9	20	94	0	67	50	10	7	31	1.66
27777--27892	20	6.5	20	72	25	116	29	18	18	33	1.95
27797--27854	13	4.9	13	76	20	65	31	17	17	34	1.93
27774--27874	33	3.1	33	100	0	202	30	17	17	33	1.94
27947--27997	20	2.6	20	87	9	70	41	17	13	27	1.87
34167--34205	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36642--36704	33	1.9	33	90	0	99	28	19	19	33	1.96
36780--36805	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
36762--36825	33	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
37694--37778	32	2.7	32	81	3	100	25	18	24	30	1.98
37786--38093	28	11.0	27	87	5	420	23	18	29	29	1.97
37786--38095	85	3.7	84	90	2	480	23	18	29	29	1.97
38103--38177	13	5.6	13	74	16	64	36	16	13	34	1.87
38103--38177	27	2.8	26	77	16	82	36	16	13	34	1.87
51589--51651	20	3.2	19	80	8	81	42	9	14	33	1.78
55659--55685	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
55735--55788	20	2.7	19	83	11	65	33	14	16	35	1.90
64732--64803	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
64814--64960	51	2.8	51	80	2	132	31	11	27	29	1.92
64892--65147	80	3.2	80	88	2	347	30	15	27	26	1.96
65104--65181	27	2.9	27	80	5	95	25	17	32	24	1.97
65166--65279	51	2.3	48	78	14	117	35	12	21	29	1.90
67084--67112	10	3.0	10	95	5	51	0	0	20	79	0.74
67710--67776	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
68236--68261	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
68331--68386	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
71542--71706	84	2.0	84	82	2	206	25	19	3	52	1.60
73233--73299	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73759--73784	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
74325--74389	33	2.0	33	84	0	85	43	10	15	30	1.81
75306--75392	28	3.1	28	62	21	65	22	21	29	25	1.99
75285--75714	59	7.3	59	88	3	584	27	20	26	26	1.99
75285--75714	117	3.7	119	88	3	597	27	20	26	26	1.99
75286--75714	176	2.4	179	89	4	658	27	20	26	26	1.99
76702--76741	18	2.2	18	86	8	55	0	5	7	87	0.66
76712--76741	13	2.3	13	94	0	51	0	3	6	90	0.56
88626--88684	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
88965--88990	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
91061--91103	20	2.1	20	82	4	50	9	25	46	18	1.79
91534--91571	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
93645--93675	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
95477--95521	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
97402--97460	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
97740--97765	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97719--97783	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
97719--97783	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
99045--99249	78	2.6	78	83	2	232	30	17	28	23	1.97
99260--99427	52	3.3	51	80	4	194	32	10	27	30	1.89
99361--99663	80	3.9	78	85	7	382	30	14	27	27	1.95
99622--99719	51	1.9	51	84	12	130	35	9	22	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102022--102077	20	2.8	20	83	0	76	44	14	14	26	1.83
102157--102233	21	3.7	21	100	0	154	36	22	10	31	1.88
102610--102654	21	2.2	20	88	4	63	31	4	17	46	1.68
102610--102655	19	2.3	21	85	7	60	32	4	17	45	1.68
111466--111538	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
111484--111559	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
111466--111559	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
111598--111623	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
113833--113877	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
117726--117803	20	3.6	21	74	15	70	26	14	15	43	1.85
117792--117829	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
120214--120286	20	3.6	20	79	17	96	34	13	19	32	1.91
120232--120307	21	3.7	21	76	16	86	40	11	17	30	1.85
120214--120307	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
120328--120352	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
122105--122174	28	2.5	28	80	0	77	32	28	11	27	1.91
124738--124802	32	2.0	33	85	8	89	29	15	13	41	1.86
124768--124822	19	2.8	19	83	2	74	32	18	10	38	1.85
124852--124904	20	2.7	20	88	5	72	33	13	22	30	1.92
129759--129816	21	2.8	21	71	2	55	36	13	13	36	1.85
131826--131879	24	2.3	24	80	3	65	20	14	48	16	1.81
132617--132658	22	2.0	21	85	4	57	52	16	7	23	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138444--138500	21	2.8	21	76	7	64	40	8	8	42	1.67
139500--139553	20	2.7	20	91	2	81	35	16	9	38	1.81
141010--141337	152	2.1	154	81	3	385	41	21	14	22	1.89
142392--142780	165	2.3	166	80	5	421	52	7	9	30	1.62
142839--142878	19	2.1	19	100	0	80	55	10	10	25	1.64
144267--145087	166	4.9	166	80	4	810	31	11	8	48	1.69
144322--145245	166	5.5	166	77	8	581	31	11	7	49	1.67
148607--149082	28	16.6	29	85	6	526	24	17	29	28	1.97
148660--149085	170	2.5	171	84	5	537	24	17	30	27	1.97
155581--155647	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
155601--155625	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
155688--155712	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155721--155848	52	2.5	52	96	1	231	34	17	17	29	1.94
167882--168057	51	3.7	49	73	16	163	40	10	17	30	1.84
167932--168097	20	7.8	20	72	18	111	40	12	15	30	1.85
167882--168107	91	2.5	90	90	0	344	41	11	16	30	1.83
168972--169006	13	2.6	13	86	4	52	80	2	17	0	0.84
168988--169021	16	2.2	15	89	5	50	82	0	14	2	0.79
170288--170728	154	2.9	154	84	6	561	25	18	17	38	1.93
170288--170788	156	3.2	153	81	8	586	25	18	17	38	1.92
173129--173155	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
173734--173781	22	2.2	22	92	0	78	41	25	2	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178762--178826	19	3.8	18	71	24	68	33	10	15	40	1.82
178766--178834	32	2.2	32	91	0	111	34	11	15	37	1.84
178879--178903	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178892--179040	52	2.9	53	91	2	223	34	18	16	30	1.93
179881--179926	21	2.2	20	85	7	65	23	19	15	41	1.89
181169--181219	27	2.0	26	85	11	70	23	39	17	19	1.92
186251--186303	26	2.0	26	100	0	106	54	11	3	30	1.53
188098--188123	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
190200--190230	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
192033--192077	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63

Tables:   1   2   3