genome.fa.s553.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold553
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  449280

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140445--140490	22	2.1	21	88	4	65	52	0	6	41	1.27
140708--140749	21	2.0	21	86	9	59	35	4	0	59	1.19
140687--140917	126	1.8	126	86	2	340	37	6	6	50	1.52
141505--141566	27	2.3	27	79	20	67	33	1	6	58	1.34
141506--141565	29	2.1	29	82	17	74	31	1	6	60	1.33
142126--142170	15	2.9	15	79	20	56	44	0	0	55	0.99
142128--142195	16	4.2	16	72	14	59	44	0	0	55	0.99
142132--142164	17	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
148568--148614	23	2.0	23	91	0	76	27	10	21	40	1.86
148935--148986	17	3.1	17	78	10	61	63	0	0	36	0.95
151092--151122	7	4.3	7	95	4	53	67	0	0	32	0.91
151111--151165	18	2.9	19	68	13	51	41	1	3	52	1.29
156564--156606	2	21.5	2	90	0	68	48	48	2	0	1.14
161940--161980	19	2.3	19	83	8	59	36	0	2	60	1.10
162040--162097	25	2.2	27	78	9	66	62	1	0	36	1.06
162043--162098	26	2.2	26	83	3	69	60	1	0	37	1.07
162040--162097	17	3.4	17	75	15	57	62	1	0	36	1.06
162482--162509	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
162833--162858	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
163412--163443	15	2.1	15	94	0	55	50	15	25	9	1.74
167624--167690	18	3.6	17	71	24	55	41	2	2	52	1.32
167962--168006	18	2.4	18	79	17	56	40	2	0	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167991--168015	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
175658--175755	19	5.6	16	73	22	65	40	0	0	59	0.98
175661--175757	37	2.4	41	80	17	107	41	0	0	58	0.98
175669--175745	18	3.8	20	74	19	72	40	0	0	59	0.97
175664--175756	18	5.6	15	72	20	62	40	0	0	59	0.98
176004--176054	23	2.3	22	83	10	59	39	0	1	58	1.09
177502--177546	23	2.0	23	82	8	56	28	0	2	68	1.01
178609--178648	20	2.0	20	90	9	64	45	0	5	50	1.23
178600--178659	20	3.0	20	70	18	52	50	0	3	46	1.18
179184--179299	18	6.6	16	79	11	70	35	0	0	63	1.00
179241--179296	9	6.1	10	80	15	68	26	0	0	73	0.84
179240--179296	18	3.2	18	90	5	89	28	0	0	71	0.86
179247--179306	18	3.2	18	88	7	66	31	0	0	68	0.90
179988--180030	9	4.9	9	85	5	61	41	2	0	55	1.12
179978--180026	24	2.1	24	88	7	75	42	4	2	51	1.32
181698--181766	30	2.3	30	81	16	74	49	0	0	50	1.00
182025--182082	25	2.3	26	79	8	66	48	0	3	48	1.18
190862--190888	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
191135--191174	2	20.0	2	89	0	62	45	0	2	52	1.14
191335--191444	21	5.2	21	69	11	73	51	0	1	45	1.18
191349--191480	64	2.1	64	98	0	255	56	2	3	38	1.28
192283--192340	20	3.0	20	75	9	59	48	6	0	44	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192957--193004	21	2.2	22	88	7	80	52	0	2	45	1.12
193243--193273	15	2.0	16	93	6	55	51	0	6	41	1.27
193440--193469	3	10.0	3	92	0	51	70	0	0	30	0.88
193781--193824	18	2.4	19	92	7	74	63	0	2	34	1.07
193844--193901	29	2.0	29	93	6	100	37	1	5	55	1.33
195807--195872	11	5.9	11	70	10	53	59	0	0	40	0.98
195832--195870	21	1.9	20	84	5	51	56	0	0	43	0.99
195857--195902	18	2.6	18	77	16	51	52	0	4	43	1.21
196040--196107	32	2.1	32	86	5	93	36	2	8	51	1.48
198675--198707	14	2.4	14	85	14	50	27	0	0	72	0.85
199002--199044	18	2.4	19	84	7	54	53	0	0	46	1.00
198990--199041	17	3.1	17	74	17	54	51	1	0	46	1.12
199028--199086	18	3.2	20	72	15	56	59	0	0	40	0.97
199412--199518	5	22.2	5	68	17	66	36	1	0	60	1.14
199453--199520	11	5.7	11	73	14	55	33	1	1	63	1.13
199430--199520	24	3.8	23	72	15	76	36	2	1	60	1.16
201658--201696	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
201800--201912	5	22.6	5	73	7	77	53	4	0	41	1.27
201866--201902	17	2.2	17	100	0	74	54	10	0	35	1.36
202697--202739	6	7.0	6	80	15	52	48	0	0	51	1.00
202702--202757	19	3.0	19	79	7	62	48	0	0	51	1.00
204010--204049	22	1.9	22	90	10	66	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203969--204082	37	3.1	35	75	14	104	55	0	1	42	1.10
204357--204446	32	2.9	33	78	15	102	45	0	0	54	0.99
204897--204957	17	3.6	18	78	8	65	54	1	0	44	1.10
205505--205570	27	2.5	26	77	15	64	40	3	0	56	1.15
205628--205663	16	2.2	17	95	5	65	77	5	0	16	0.94
205938--205970	16	2.0	17	88	5	50	57	3	0	39	1.14
212642--212680	20	2.0	20	85	10	53	5	12	0	82	0.83
212982--213076	28	3.4	27	70	20	77	46	7	4	42	1.51
216963--216996	16	2.1	16	88	0	50	2	17	0	79	0.86
219714--219765	14	3.6	14	74	5	50	38	25	9	26	1.86
219714--219817	43	2.4	44	81	10	117	34	22	11	31	1.90
219861--219915	14	3.9	14	75	0	65	29	18	14	38	1.90
219846--219923	28	2.8	28	80	2	84	33	17	15	33	1.92
222191--222282	28	3.2	28	75	9	80	36	20	16	26	1.93
222205--222282	15	5.3	15	71	11	54	35	20	16	26	1.94
222232--222289	15	3.9	15	77	8	55	34	18	17	29	1.94
223093--223120	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
223632--223763	58	2.3	56	78	2	138	34	20	10	34	1.87
223780--223827	14	3.4	14	82	0	51	39	22	8	29	1.83
224163--224196	15	2.3	15	89	0	50	70	8	0	20	1.13
224170--224199	15	2.0	15	100	0	60	66	6	0	26	1.16
235163--235218	20	2.7	21	78	10	62	32	14	7	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242141--242239	51	1.9	51	86	8	139	37	9	22	31	1.85
242349--242416	28	2.4	28	88	11	104	25	14	33	26	1.94
244818--244994	20	8.8	20	74	20	138	44	15	15	24	1.85
244842--244906	33	2.0	33	96	0	121	43	15	13	27	1.85
244857--244887	13	2.4	13	94	0	53	45	16	9	29	1.79
245687--245764	33	2.3	34	82	12	99	42	14	23	20	1.88
245729--245823	45	2.2	45	84	5	133	45	11	25	17	1.82
245747--245850	42	2.4	45	80	8	115	40	15	25	19	1.90
245856--246124	61	4.4	62	86	6	327	30	19	24	25	1.98
245834--246132	122	2.4	123	85	6	385	30	18	25	25	1.98
246176--246605	60	6.9	61	84	4	517	29	18	25	26	1.98
246192--246699	127	4.1	120	82	8	492	30	17	25	26	1.97
246713--246993	55	5.0	55	83	8	332	25	19	27	27	1.99
249105--249154	19	2.6	19	93	0	82	30	12	20	38	1.88
253788--253866	31	2.6	29	84	8	104	87	8	3	0	0.66
253789--253866	25	3.0	25	84	7	93	87	8	3	0	0.67
253788--253866	1	79.0	1	75	0	68	87	8	3	0	0.66
253788--253866	42	1.9	41	89	5	124	87	8	3	0	0.66
254937--255188	55	4.5	55	81	6	308	26	27	21	24	1.99
255107--255280	94	1.8	95	90	1	278	26	31	20	22	1.98
255325--255504	42	4.1	43	76	15	174	17	27	12	42	1.85
255325--255504	89	2.1	85	84	8	229	17	27	12	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256290--256336	19	2.5	19	92	0	76	31	12	19	36	1.89
256390--256451	13	4.6	14	75	16	60	33	9	14	41	1.79
256388--256471	21	4.1	21	87	7	120	33	11	13	41	1.80
256390--256471	40	2.1	39	90	2	128	32	12	13	41	1.81
259933--259999	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
262013--262037	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
262378--262418	20	2.0	21	85	4	57	68	4	4	21	1.28
262625--262671	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
264105--264146	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
265239--265305	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92

Tables:   1   2   3   4