genome.fa.s553.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold553
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  449280

Tables:   1   2   3   4   

This is table  3  of  4  ( 386 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265763--265788	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
266171--266279	51	2.1	52	88	5	159	31	18	19	31	1.96
266268--266292	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
266354--266378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
268960--269344	52	7.4	53	70	13	171	30	24	10	33	1.90
269145--269345	51	3.9	51	77	8	167	32	23	8	35	1.86
269356--269614	79	3.3	77	81	4	297	24	28	16	30	1.97
273596--273736	62	2.3	62	94	0	246	27	19	26	25	1.99
275133--275233	51	2.0	51	86	3	141	35	9	22	31	1.87
275133--275245	51	2.2	51	84	3	129	34	9	23	32	1.87
275216--275425	109	1.9	109	84	1	278	35	14	22	26	1.93
275340--275413	28	2.6	28	87	10	107	24	20	32	22	1.98
275400--275565	51	3.3	51	77	5	158	33	13	25	27	1.93
277853--277907	19	2.8	19	86	10	76	40	10	18	30	1.85
277854--277907	20	2.8	20	88	8	76	40	11	16	31	1.84
279088--279576	49	10.6	49	71	16	165	29	18	25	25	1.98
279273--279683	49	9.2	43	75	15	291	28	18	27	25	1.98
279271--279498	92	2.5	90	83	4	273	28	18	27	25	1.98
279036--279653	232	2.7	223	81	6	645	29	18	26	25	1.98
279417--279626	39	5.0	40	77	11	190	24	19	28	27	1.99
279456--279520	21	3.0	21	65	18	53	26	15	29	29	1.96
279325--279661	131	2.5	131	86	2	449	27	19	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279456--279674	88	2.5	88	83	4	269	28	18	26	26	1.98
279674--280328	134	4.9	131	83	5	703	37	12	30	19	1.89
279674--280313	33	19.3	33	80	7	670	37	12	30	19	1.88
280304--280414	28	4.0	28	84	4	136	21	17	27	33	1.96
280304--280475	57	3.0	55	80	10	157	25	15	27	30	1.96
280301--280538	30	8.0	30	80	10	175	28	15	27	28	1.96
282079--282228	79	1.9	78	87	4	223	33	15	26	24	1.95
282160--282446	51	5.6	50	83	4	299	32	12	26	28	1.92
282166--282447	102	2.8	100	83	6	352	32	12	25	29	1.92
284794--284819	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
284773--284839	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
284859--284926	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
284881--284905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
284862--284924	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
284982--285038	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
285043--285086	1	44.0	1	93	0	61	4	2	0	93	0.42
285052--285089	19	2.0	19	100	0	76	10	5	0	84	0.77
285682--286860	55	21.4	55	92	4	1786	20	20	30	28	1.98
285978--286066	29	3.2	29	67	20	89	19	19	33	28	1.96
286608--286697	26	3.3	26	67	19	76	20	17	33	28	1.95
287832--287902	26	2.7	27	74	12	83	0	8	9	81	0.87
287835--287897	13	4.7	13	84	13	74	0	6	9	84	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287845--287895	12	4.4	11	79	18	50	0	5	9	84	0.78
300398--300547	79	1.9	78	87	4	223	33	14	26	25	1.94
300479--300766	153	1.9	153	81	5	350	32	11	26	29	1.92
300479--300765	51	5.6	50	83	4	299	32	11	26	29	1.92
300485--300766	102	2.8	101	84	4	361	32	11	25	29	1.91
303128--303153	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
303107--303173	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
303193--303260	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
303215--303239	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
303196--303258	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
303316--303372	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
303377--303427	1	51.0	1	94	0	75	3	1	0	94	0.38
303381--303430	25	2.0	25	100	0	100	8	4	0	88	0.64
308913--308937	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
309000--309024	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
309200--309238	13	3.2	13	79	20	57	61	5	7	25	1.44
309937--310221	48	5.7	52	78	9	197	33	15	24	26	1.95
310043--310232	48	4.1	44	79	9	211	32	16	24	26	1.96
309991--310221	92	2.4	93	84	6	302	32	16	24	26	1.96
309990--310229	95	2.5	95	84	6	306	32	16	24	26	1.96
310249--310372	28	4.3	28	82	7	126	17	15	30	36	1.91
310364--310436	35	2.1	35	87	2	103	35	9	32	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310299--310615	29	10.6	29	77	8	210	27	16	29	27	1.97
313980--314129	52	2.9	52	85	1	192	32	16	17	34	1.92
314118--314155	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
314178--314262	19	4.7	19	77	18	92	36	16	11	35	1.85
314197--314221	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
314176--314240	32	2.0	32	96	0	121	36	15	12	35	1.85
316724--316776	19	2.7	20	88	2	72	33	18	16	30	1.94
317282--317357	19	4.1	19	70	13	59	40	30	1	27	1.64
325371--325437	33	2.0	32	86	11	91	34	17	11	35	1.87
327289--327705	156	2.7	155	83	4	527	39	19	16	24	1.92
329609--330052	164	2.7	166	81	6	483	52	8	11	27	1.65
331130--331621	60	8.2	61	77	9	403	42	11	21	23	1.86
331153--331538	30	12.9	31	67	16	102	42	11	22	24	1.86
331526--331719	105	1.8	105	88	0	298	40	13	24	21	1.89
331627--331718	30	3.1	29	71	11	96	41	14	25	19	1.89
331695--331780	29	2.9	29	77	8	102	50	13	16	19	1.79
331640--331993	30	11.8	30	69	9	195	43	11	22	23	1.85
331619--331986	60	6.2	60	84	2	454	43	11	22	23	1.85
331342--331905	284	2.0	282	86	3	776	42	12	23	22	1.87
333025--333161	20	6.8	20	92	0	193	27	16	13	43	1.84
333143--333171	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
335509--335637	49	2.6	50	80	7	129	27	23	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335570--335954	79	4.9	79	78	4	386	27	24	14	34	1.94
337298--337337	20	2.0	20	95	0	71	42	10	10	37	1.72
343052--343164	51	2.2	51	87	0	163	45	8	15	30	1.77
346476--346501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
346456--346519	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
349071--349108	13	2.9	13	92	0	58	34	13	18	34	1.89
351190--351220	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
355279--355304	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
360295--360319	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
366736--366773	15	2.5	15	86	0	58	28	23	0	47	1.52
368373--368397	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
368353--368417	33	2.0	32	85	11	87	32	18	15	33	1.92
368469--368532	32	2.0	33	87	3	94	40	12	15	31	1.85
373136--373161	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
376889--376931	18	2.3	19	88	4	61	48	2	9	39	1.48
376452--377462	164	6.4	162	76	12	846	51	7	10	29	1.64
376860--377427	146	3.7	145	78	11	471	52	5	10	30	1.60
379150--379175	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
381394--381438	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
383214--383244	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
385323--385348	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
385469--385514	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
391480--391512	12	2.8	12	86	4	50	42	42	0	15	1.46
399761--399785	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
399848--399872	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
399861--400005	52	2.8	52	88	4	220	35	18	16	29	1.93
408555--408633	31	2.5	31	87	4	106	30	20	11	37	1.88
408611--410052	73	19.9	72	79	5	1092	26	22	13	38	1.91
408640--410052	145	9.7	146	76	8	876	26	22	13	38	1.91
411864--412060	78	2.5	79	83	2	218	30	17	27	24	1.97
412016--412087	28	2.6	28	82	10	85	23	19	34	22	1.96
411942--412249	107	2.9	107	83	5	320	28	15	27	27	1.96

Tables:   1   2   3   4