genome.fa.s565.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold565
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  391512

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6928--6954	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
11086--11234	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
11223--11247	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11203--11421	87	2.5	87	94	2	379	35	13	16	34	1.88
11310--11334	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
11375--11441	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
11397--11421	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14444--14469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14426--14489	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
18528--18558	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
20763--20808	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
23019--23071	20	2.7	20	100	0	106	30	15	20	33	1.93
23130--23155	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
23112--23175	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
23908--24015	52	2.1	52	96	0	198	28	15	18	37	1.92
23918--24038	52	2.3	52	87	2	172	30	15	19	34	1.93
24738--24847	58	1.9	58	81	3	132	32	18	29	20	1.96
24783--25179	52	8.1	50	81	9	423	32	18	26	23	1.97
24901--25173	49	5.9	43	80	10	258	29	19	26	24	1.98
24849--25132	92	3.1	92	91	1	433	30	18	26	23	1.98
25196--25347	28	5.3	28	87	5	182	19	16	28	36	1.93
25196--25352	86	1.8	84	84	10	212	21	15	28	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25338--25412	35	2.2	35	85	2	107	34	9	33	22	1.86
25388--25475	29	3.0	29	85	8	115	27	15	30	26	1.96
26886--26916	11	2.8	11	90	0	53	0	9	0	90	0.46
37283--37337	21	2.5	22	91	5	94	36	10	25	27	1.89
37380--37516	53	2.6	53	94	1	229	27	18	16	37	1.92
43208--43240	16	2.0	17	94	5	59	33	0	6	60	1.21
45772--45806	18	1.9	18	88	0	52	68	0	0	31	0.90
46049--46094	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
47698--47786	30	3.1	28	76	7	81	31	4	15	48	1.65
49126--49187	28	2.2	28	88	0	88	43	1	4	50	1.33
49192--49230	14	2.8	14	84	11	53	56	0	0	43	0.99
49192--49235	13	3.3	13	84	12	54	52	0	0	47	1.00
51379--51455	31	2.5	31	83	10	95	53	0	0	46	1.00
51405--51455	15	3.3	15	76	13	50	54	0	0	45	0.99
51411--51448	19	2.0	20	84	5	51	47	0	0	52	1.00
51443--51480	19	2.0	19	94	0	67	60	2	0	36	1.11
55760--55791	16	1.9	17	93	6	57	40	3	6	50	1.43
59045--59069	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
67568--67612	23	2.0	23	82	8	56	31	6	0	62	1.21
78889--78926	9	4.2	9	89	0	58	84	0	15	0	0.63
78889--78924	18	1.9	19	94	5	65	83	0	16	0	0.65
81464--81504	3	13.7	3	94	0	73	34	0	2	63	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83927--83962	18	2.0	18	100	0	72	50	5	16	27	1.68
84105--84142	16	2.5	15	87	8	51	42	0	2	55	1.14
84689--85146	166	2.8	164	80	7	498	32	10	8	48	1.68
84748--85146	167	2.4	166	81	6	468	33	9	8	48	1.65
85471--85522	23	2.1	26	82	10	65	71	3	9	15	1.27
86425--87025	165	3.6	163	81	6	640	32	12	12	42	1.81
89984--90021	19	2.0	19	89	0	58	81	15	0	2	0.80
89986--90037	26	2.0	27	85	11	72	80	11	1	5	0.96
90388--90437	25	2.0	25	84	3	66	80	4	12	4	1.00
90408--90446	20	1.9	21	84	5	53	76	2	17	2	1.01
92520--92720	92	2.2	93	79	3	228	31	23	10	34	1.89
93190--93464	35	7.9	35	87	1	356	21	21	12	44	1.86
93596--93727	43	3.1	41	71	10	115	20	25	9	44	1.82
93504--93753	85	2.9	85	83	7	269	19	22	12	45	1.84
93522--93662	43	3.3	42	70	11	108	19	20	10	48	1.78
93559--93686	43	3.0	43	73	8	127	20	21	12	46	1.83
96587--96981	167	2.4	167	84	2	537	32	12	15	39	1.85
97182--97884	156	4.5	154	75	9	509	25	16	18	39	1.91
97185--97932	305	2.4	306	80	8	795	25	16	18	39	1.91
97182--97884	157	4.5	156	75	8	603	25	16	18	39	1.91
99578--99614	2	18.5	2	94	0	65	45	2	0	51	1.15
103891--103923	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105033--105058	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
105015--105078	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
107550--107575	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
110120--110184	13	5.0	13	100	0	130	38	15	15	30	1.88
112262--112292	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
114096--114140	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
116357--116382	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119320--119363	21	2.1	21	87	4	63	36	9	27	27	1.87
120400--120456	21	2.7	21	100	0	114	43	10	19	26	1.83
120505--120530	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120487--120550	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
122829--122957	63	2.0	63	95	0	231	43	6	17	32	1.75
122846--122948	35	3.1	34	64	23	85	46	7	14	31	1.73
127727--127765	20	2.0	20	94	0	69	28	28	20	23	1.99
130309--130400	46	2.0	46	91	0	148	23	13	11	51	1.74
131473--131539	35	1.9	35	90	0	107	37	11	26	23	1.90
133104--133143	21	1.9	21	89	0	62	35	2	25	37	1.69
133105--133175	27	2.6	27	81	0	88	32	4	32	30	1.77
134209--134242	16	2.1	16	88	0	50	85	0	14	0	0.60
137979--138010	7	4.4	7	92	7	55	56	0	43	0	0.99
143949--144568	165	3.8	166	81	5	688	47	14	7	30	1.72
144819--144851	17	1.9	17	93	0	57	63	12	0	24	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145452--145516	17	3.8	17	93	0	112	66	3	6	24	1.29
145430--145477	25	1.9	25	82	0	60	72	2	2	22	1.05
145451--145516	6	11.5	6	73	9	57	66	3	6	24	1.28
149418--149449	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
151366--151405	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
152483--152545	32	1.9	33	93	3	110	46	25	3	25	1.68
153463--153645	34	5.4	34	85	0	242	26	7	25	39	1.83
153947--154009	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
158075--158259	34	5.5	34	86	0	255	26	7	25	40	1.82
158601--158635	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
158962--159000	15	2.5	15	83	4	51	2	15	2	79	0.95
162703--162737	15	2.2	16	90	5	54	57	0	0	42	0.99
163340--163367	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
167009--167043	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
167210--167252	22	2.0	22	95	0	77	23	25	11	39	1.88
167735--167802	31	2.2	30	84	7	84	47	0	2	50	1.16
171073--171106	18	1.9	17	93	0	50	52	0	8	38	1.33
176631--177055	164	2.6	164	78	3	413	39	6	19	34	1.78
176995--177122	67	1.9	67	87	3	186	41	9	16	32	1.80
178948--178987	21	1.9	21	90	10	64	45	7	30	17	1.76
180922--180957	14	2.5	15	90	4	56	33	0	13	52	1.41
180949--180995	21	2.2	20	79	17	51	36	2	0	61	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182356--182414	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
182768--182844	20	3.8	20	76	8	66	28	15	14	41	1.86
184790--184832	20	2.1	20	86	4	59	9	25	44	20	1.81
185270--185308	13	3.0	13	96	0	69	30	20	15	33	1.94
187389--187419	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
191150--191208	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
191468--191519	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
191549--191625	20	3.8	20	79	8	75	28	16	14	40	1.88
195593--195617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
195573--195639	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83

Tables:   1   2   3