genome.fa.s565.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold565
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  391512

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 292 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195680--195704	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
195693--195841	52	2.9	51	91	4	244	32	19	17	30	1.95
199502--199826	158	2.1	158	85	1	436	46	13	6	33	1.68
199679--199953	140	2.0	141	86	2	383	47	13	6	32	1.68
199812--200111	158	1.9	157	81	7	358	46	13	7	33	1.69
199514--200111	298	2.0	297	85	2	817	46	13	6	33	1.69
200221--200293	7	10.7	7	75	16	55	0	20	0	79	0.73
200222--200312	10	8.9	10	75	13	87	0	18	0	81	0.69
200221--200307	32	3.0	27	75	19	86	0	19	0	80	0.71
200232--200312	7	11.3	7	73	12	58	0	18	0	81	0.69
201189--201237	23	2.2	22	82	10	55	63	0	2	34	1.06
202083--202277	35	5.7	35	74	12	149	53	2	2	41	1.26
202823--202851	14	2.0	15	93	6	51	34	0	6	58	1.25
203330--203363	17	1.9	18	94	5	61	44	11	5	38	1.65
207034--207308	73	3.7	73	79	8	245	33	15	12	38	1.85
207031--207568	76	7.2	75	76	7	278	34	15	13	37	1.86
207168--207568	152	2.7	149	76	4	340	35	15	12	36	1.86
208531--208566	10	3.6	10	84	0	54	2	11	0	86	0.68
208640--208742	49	2.1	49	96	0	188	23	28	9	38	1.86
209521--209621	25	4.1	23	75	22	82	73	1	5	18	1.14
209551--209589	19	2.0	20	85	14	55	71	2	7	17	1.21
209556--209610	12	4.3	13	73	17	53	74	0	7	18	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209747--209804	28	2.0	29	96	3	109	51	10	6	31	1.62
215506--215542	20	1.9	18	89	10	56	67	0	0	32	0.91
215604--215658	21	2.5	22	80	8	69	40	18	1	40	1.61
216664--216708	3	15.0	3	95	0	81	33	2	0	64	1.06
216721--216753	11	2.8	12	90	9	50	78	3	18	0	0.87
216973--217006	11	3.1	11	86	0	50	32	0	2	64	1.08
217496--217534	18	2.2	18	85	0	51	46	0	0	53	1.00
224130--224274	74	2.0	74	91	0	236	46	8	22	22	1.79
224255--224294	20	2.0	20	95	0	71	57	0	22	20	1.41
224181--224352	94	1.8	94	92	2	292	48	8	22	20	1.76
224444--224499	27	2.2	25	83	6	67	60	1	0	37	1.07
224519--224572	19	3.0	18	83	5	65	66	3	0	29	1.09
224985--225033	22	2.3	22	86	6	66	46	2	2	48	1.25
225059--225098	16	2.5	17	84	12	57	62	5	2	30	1.29
225183--225236	25	2.1	25	83	10	65	59	11	0	29	1.32
225816--226026	100	2.1	100	89	0	332	32	19	17	30	1.95
225816--226026	50	4.2	50	83	1	271	32	19	17	30	1.95
226514--226591	20	3.9	20	100	0	156	44	14	15	25	1.84
231870--231894	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
231957--231981	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
231990--232118	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
242838--243042	50	4.2	50	86	1	263	33	19	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243515--243553	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
245123--245179	16	3.7	16	72	6	55	31	1	7	59	1.34
247493--247545	26	2.0	26	100	0	106	30	15	15	39	1.87
249351--249399	22	2.2	23	82	10	57	18	8	4	69	1.30
249864--249907	16	2.8	16	79	10	54	52	2	0	45	1.13
250007--250071	28	2.3	29	82	15	82	53	0	0	46	1.00
250199--250299	27	3.9	27	71	17	70	41	0	1	56	1.10
251538--251564	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
252377--252492	58	2.0	57	96	1	214	31	12	12	43	1.81
260390--260424	13	2.8	13	86	4	54	40	0	0	60	0.97
268647--268699	24	2.2	24	86	6	72	33	0	1	64	1.05
271169--271401	85	2.7	84	83	6	283	48	12	21	17	1.79
271516--271614	44	2.2	44	85	3	119	40	16	22	21	1.91
271554--272195	44	14.9	43	66	16	174	40	15	22	21	1.90
271617--271808	88	2.2	87	83	2	233	42	17	20	20	1.90
271752--271899	76	1.9	76	86	0	206	43	14	20	20	1.87
271827--272603	132	5.8	131	80	7	756	41	14	22	21	1.89
272087--272615	44	11.7	44	68	14	186	42	13	21	22	1.88
272351--272605	133	1.9	132	86	4	361	41	14	21	22	1.88
272353--272666	44	7.1	43	70	8	175	43	14	20	22	1.87
272496--272661	88	1.9	88	80	7	194	43	15	21	19	1.87
272962--273023	3	21.0	3	96	3	117	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276445--276494	26	1.9	26	95	0	91	36	32	0	32	1.58
277616--277641	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
282976--283023	20	2.5	20	86	10	64	25	14	16	43	1.86
283034--283133	43	2.3	43	100	0	200	30	18	18	34	1.94
283121--283185	33	2.0	33	85	11	89	33	13	18	33	1.90
289112--289138	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
289265--289304	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
291039--291084	22	2.1	21	96	4	83	34	4	26	34	1.76
291758--291820	33	1.9	32	87	12	92	33	12	19	34	1.89
294278--294324	23	2.0	23	100	0	94	34	4	12	48	1.61
295005--295067	23	2.8	24	78	7	60	66	3	23	6	1.29
296598--296819	56	4.0	53	77	10	185	37	16	17	28	1.91
296631--296739	57	1.9	55	88	3	164	37	16	19	26	1.93
296692--297029	56	6.2	55	71	8	217	38	14	17	29	1.89
297097--297293	92	2.1	93	82	0	243	22	21	12	43	1.85
301508--301578	20	3.5	20	80	14	83	35	12	12	39	1.82
303933--304119	80	2.3	80	80	5	198	27	26	12	33	1.92
303973--304158	80	2.3	78	78	12	191	26	24	12	36	1.92
304020--304306	129	2.2	132	83	5	359	26	24	9	39	1.86
304020--304342	129	2.5	129	81	6	323	27	24	9	39	1.86
304226--304395	52	3.3	51	75	2	178	29	24	7	38	1.82
304632--304722	45	2.0	45	95	4	166	26	25	4	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308932--308990	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
309271--309296	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
309250--309314	19	3.6	19	73	26	70	29	12	15	43	1.83
309250--309314	32	2.0	34	93	6	116	29	12	15	43	1.83
311852--311887	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
311876--311952	20	3.6	20	73	19	66	44	15	12	27	1.83
313968--313998	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
315796--315844	22	2.3	20	79	6	53	24	16	4	55	1.59
317727--317785	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
318045--318109	32	2.0	34	90	6	107	29	10	15	44	1.80
318921--318974	23	2.3	24	83	3	65	55	12	3	27	1.54
320514--320570	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
320527--320589	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
320513--320597	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
327569--327609	15	2.9	14	82	7	55	80	19	0	0	0.71
327575--327610	15	2.2	17	90	9	58	83	16	0	0	0.65
328877--328965	31	2.9	31	80	12	112	24	30	15	29	1.96
328968--329270	34	9.0	33	81	7	290	20	29	11	38	1.88
328968--329265	67	4.4	65	83	4	326	20	29	12	37	1.89
329242--329377	27	4.9	28	79	12	145	24	32	13	30	1.93
329242--329376	29	4.9	27	80	13	157	24	32	13	29	1.93
329171--329377	56	3.5	56	81	10	209	23	31	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
329454--330372	92	9.9	92	91	4	955	23	25	19	31	1.98
329792--329859	21	3.2	21	62	25	52	25	29	17	27	1.97
329454--330372	410	2.2	415	93	2	1578	23	25	19	31	1.98
330225--330379	50	3.0	50	93	2	256	21	27	17	34	1.95
331228--331252	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
331198--331347	76	2.0	76	100	0	300	36	13	16	34	1.87
331304--331328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
331317--331366	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
331419--331443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
331483--331553	20	3.7	20	81	14	103	38	18	15	28	1.91

Tables:   1   2   3