genome.fa.s594.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold594
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328579

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 269 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153593--153634	17	2.6	16	81	7	50	54	0	0	45	0.99
153597--153646	24	2.1	24	88	0	73	64	2	0	34	1.05
156621--156655	16	2.2	16	89	0	52	51	0	0	48	1.00
156751--156794	21	2.1	21	91	0	70	43	0	22	34	1.54
158078--158126	21	2.3	22	82	10	66	53	0	2	44	1.12
159222--159266	21	2.1	22	83	4	56	42	4	2	51	1.34
160942--160998	29	2.0	29	100	0	114	31	17	14	36	1.89
164069--164103	17	2.1	17	94	0	61	57	2	34	5	1.37
164072--164114	17	2.5	17	85	7	52	60	4	27	6	1.43
173077--173101	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
176600--176624	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
178717--178776	31	1.9	32	93	3	104	41	1	3	53	1.27
178944--178986	21	2.0	21	86	8	61	20	9	0	69	1.15
179641--179670	14	2.1	15	93	6	53	83	0	10	6	0.81
179689--179785	46	2.1	46	83	7	117	42	1	4	52	1.27
180779--180823	22	2.0	23	87	8	67	62	0	4	33	1.15
181868--181921	13	3.8	13	77	18	54	72	0	0	27	0.85
181868--181917	17	3.1	16	72	16	50	72	0	0	28	0.86
182319--182375	19	3.2	16	76	23	53	40	3	3	52	1.35
182320--182370	20	2.7	18	80	16	59	45	3	3	47	1.40
183383--183455	8	8.7	9	73	19	52	63	2	0	34	1.09
183411--183467	13	4.5	13	75	16	57	64	1	0	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183798--183832	18	2.1	18	89	10	56	71	0	2	25	1.00
183800--183858	27	2.2	27	81	6	66	66	5	3	25	1.28
184591--184652	22	2.8	23	83	9	76	3	25	1	69	1.13
187240--187279	15	2.6	16	84	4	55	62	0	25	12	1.30
193092--193147	24	2.3	25	81	3	69	42	19	10	26	1.84
195020--195242	114	2.0	114	99	0	437	52	22	6	18	1.68
195023--195196	55	3.1	54	65	21	140	54	21	5	18	1.63
195645--195682	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
195754--195882	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
209461--209505	1	45.0	1	81	0	54	91	8	0	0	0.43
209464--209505	16	2.4	18	88	11	70	90	9	0	0	0.45
209459--209505	17	2.9	16	93	6	78	89	10	0	0	0.49
210935--211223	30	9.6	30	75	12	179	28	28	15	28	1.97
210995--211047	27	2.0	27	88	0	79	33	32	16	16	1.92
210931--211109	58	3.1	59	79	5	166	26	29	16	27	1.97
210935--211107	29	5.9	29	72	14	124	27	28	17	26	1.97
211085--211159	35	2.2	34	85	2	105	22	30	9	37	1.86
211150--211273	28	4.3	29	84	11	141	37	29	15	17	1.91
211293--211522	48	4.8	48	81	8	272	26	25	17	31	1.97
211389--211478	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
211293--211531	92	2.5	95	85	6	313	25	25	16	31	1.97
211432--211569	52	2.6	55	82	3	165	24	26	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212379--212403	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
212359--212425	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
218453--218803	174	2.0	174	97	0	657	25	13	9	50	1.72
219202--219238	3	12.3	3	94	0	65	29	32	0	37	1.58
230679--230785	44	2.4	45	90	3	157	22	35	23	18	1.96
233013--233066	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
233095--233150	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
233135--233161	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
233116--233179	32	2.0	32	87	6	94	40	14	15	29	1.86
235512--235561	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
235519--235561	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
241893--241948	20	2.9	19	89	2	76	37	19	12	30	1.89
241895--241948	19	2.8	20	88	2	74	38	18	12	29	1.88
245367--245497	52	2.5	52	92	0	235	29	17	18	34	1.94
245503--245565	13	5.2	13	71	24	66	36	15	15	31	1.90
252001--252119	33	3.7	33	82	6	127	26	16	26	30	1.97
252136--252299	89	1.9	88	86	1	238	29	12	25	32	1.93
252134--252513	30	12.8	30	80	7	348	28	14	26	30	1.95
252134--252513	59	6.4	60	80	6	364	28	14	26	30	1.95
252517--252593	28	2.8	28	76	7	77	29	5	29	35	1.79
252582--252689	31	3.6	30	76	9	87	37	10	26	25	1.88
252576--252814	92	2.6	92	74	10	202	38	9	25	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252558--252778	61	3.6	60	75	6	185	38	9	24	27	1.86
252739--252840	32	3.2	32	83	2	98	42	6	24	26	1.80
252776--252865	32	3.0	29	80	6	83	33	10	31	25	1.89
259573--259663	42	2.1	43	86	11	125	18	9	2	69	1.27
259580--259664	41	2.0	44	88	11	133	17	11	1	69	1.25
259580--259648	21	3.3	20	69	13	59	18	10	1	69	1.24
259698--259725	14	2.0	14	100	0	56	0	14	0	85	0.59
259688--259733	22	2.1	22	84	8	58	0	15	2	82	0.76
261568--261640	6	11.3	6	77	13	74	78	0	1	20	0.83
261564--261623	21	3.0	19	83	11	75	75	0	0	25	0.81
261568--261640	27	2.8	26	87	4	101	78	0	1	20	0.83
261567--261640	20	3.8	20	77	13	73	78	0	1	20	0.83
261594--261643	21	2.4	21	90	6	75	80	0	2	18	0.82
261922--262134	100	2.1	106	87	6	312	38	11	11	38	1.78
263163--263204	11	3.9	11	84	6	59	33	0	0	66	0.92
263161--263204	21	2.2	20	87	4	61	34	0	0	65	0.93
263162--263208	16	3.0	16	78	12	53	31	0	0	68	0.90
263926--263959	18	1.9	18	88	5	52	44	0	0	55	0.99
264363--264408	23	2.0	22	84	12	58	32	2	0	65	1.05
265527--265568	9	4.8	9	82	2	50	52	0	0	47	1.00
267380--267476	32	3.0	32	87	1	140	52	9	6	31	1.58
268196--268246	24	2.2	23	86	6	75	39	7	15	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268202--268247	24	1.9	24	95	0	83	36	8	15	39	1.78
272665--272704	20	2.0	20	90	0	62	30	17	12	40	1.86
272686--272710	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
273037--273076	20	2.0	20	85	5	53	25	15	7	52	1.68
275371--275418	13	3.7	13	85	0	60	35	12	14	37	1.84
275454--275508	20	2.8	20	100	0	110	34	14	10	40	1.81
283987--284167	52	3.5	52	96	0	326	28	18	17	34	1.94
284176--284200	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
284238--284306	32	2.1	33	91	2	113	36	15	11	36	1.84
284238--284315	33	2.4	32	87	6	95	37	14	11	37	1.82
284926--285315	49	8.1	52	76	14	267	33	17	23	25	1.96
284992--285314	43	7.1	43	78	12	349	32	18	23	25	1.97
284939--285314	92	4.0	92	91	2	574	32	17	23	25	1.97
285373--286219	30	28.9	30	86	5	1065	22	16	32	29	1.95
285373--286219	59	14.4	59	87	4	1110	22	16	32	29	1.95
287655--287759	7	14.7	7	77	19	94	0	0	15	82	0.77
287697--287761	1	65.0	1	75	0	58	0	0	12	87	0.54
287655--287760	21	4.9	21	81	11	108	0	0	15	83	0.76
287655--287763	50	2.2	51	85	9	154	0	0	15	82	0.77
287655--287759	15	7.4	14	78	15	108	0	0	15	82	0.77
287661--287761	22	4.8	22	74	16	90	0	0	14	83	0.76
301548--301676	52	2.5	52	94	0	231	27	19	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301685--301709	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
301727--301806	31	2.6	31	95	0	142	38	17	11	32	1.85
301752--301805	13	3.8	13	78	21	63	35	18	12	33	1.89
301732--301792	18	3.7	18	72	20	69	39	18	11	31	1.86
302657--302699	13	3.3	13	100	0	86	30	16	13	39	1.87
304696--304813	51	2.3	51	80	2	130	30	28	10	30	1.90
304801--304861	28	2.2	28	88	5	88	22	27	18	31	1.97
304868--304971	51	2.0	51	90	3	165	30	25	11	31	1.91
304903--305210	79	3.9	79	84	3	379	26	26	14	31	1.95
304903--305210	157	1.9	159	85	5	428	26	26	14	31	1.95

Tables:   1   2   3