genome.fa.s594.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold594
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  328579

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940--978	17	2.1	17	86	13	51	66	0	2	30	1.05
880--973	33	2.8	33	79	12	84	55	1	1	42	1.14
1353--1407	25	2.2	25	87	9	76	60	1	1	36	1.18
1539--1584	21	2.2	21	84	3	58	45	4	0	50	1.21
3984--4018	18	1.9	18	88	0	52	37	2	0	60	1.12
4013--4054	18	2.3	18	87	0	57	40	4	4	50	1.45
10117--10175	28	2.1	28	84	15	77	59	0	1	38	1.08
10261--10329	36	1.9	36	82	5	86	34	7	24	33	1.83
13295--13319	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
14077--14117	17	2.3	18	80	16	50	26	0	7	65	1.18
16653--16689	19	2.0	19	89	5	58	62	0	8	29	1.24
25722--25773	21	2.5	20	76	14	52	3	26	0	69	1.06
28151--28200	19	2.6	19	93	0	91	32	10	20	38	1.85
28252--28277	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
28316--28370	20	2.8	20	91	5	85	25	16	16	41	1.88
28353--28382	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
30672--30841	51	3.3	51	85	3	207	27	25	12	34	1.93
30777--31133	76	4.6	76	86	3	435	27	23	14	34	1.93
30777--31151	155	2.4	152	84	4	453	28	23	14	34	1.94
31087--31204	51	2.3	51	82	5	141	31	22	11	33	1.91
31008--31278	130	2.1	131	84	4	343	28	23	13	34	1.93
31008--31301	131	2.3	129	80	5	297	28	23	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38618--38683	33	2.0	33	100	0	132	36	15	18	30	1.91
43064--43125	9	6.9	9	85	5	72	85	9	4	0	0.73
43065--43114	8	5.9	8	84	13	64	86	12	2	0	0.67
43064--43114	17	2.9	17	91	2	75	86	11	1	0	0.66
43064--43130	11	6.1	10	80	16	53	85	8	5	0	0.75
43066--43127	13	4.8	12	82	11	70	85	9	4	0	0.73
44108--44384	100	2.8	100	90	3	431	24	29	19	26	1.98
44308--44786	55	8.4	55	84	9	586	27	26	20	25	1.99
44308--44781	165	2.8	168	88	6	668	27	27	20	25	1.99
48084--48137	19	2.8	19	86	10	74	40	16	14	27	1.88
48124--48150	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
48106--48170	33	2.0	33	93	3	114	38	16	12	32	1.86
48928--49054	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
49004--49341	49	6.9	52	77	12	265	33	16	24	25	1.96
49111--49343	43	5.1	43	80	11	286	31	17	25	25	1.97
49057--49341	49	6.0	48	80	11	311	32	16	24	25	1.96
49058--49343	92	3.1	92	92	2	464	32	16	25	25	1.96
49355--49570	33	6.6	33	87	3	303	18	17	31	31	1.95
49556--49709	68	2.2	72	81	9	185	34	10	33	22	1.88
49556--49704	35	4.3	35	78	9	153	33	10	32	22	1.89
49675--49762	29	3.0	29	88	1	122	28	15	29	26	1.96
51199--51259	28	2.2	27	86	13	88	0	6	9	83	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51217--51259	12	3.7	11	87	3	59	0	6	4	88	0.63
51209--51257	23	2.1	24	88	3	73	0	6	8	85	0.73
51199--51258	26	2.3	26	81	13	79	0	6	10	83	0.81
68160--68339	51	3.5	51	84	3	220	27	26	11	33	1.91
68354--68465	48	2.3	48	92	0	179	27	27	14	30	1.95
68223--68552	124	2.6	128	82	8	413	26	25	13	33	1.94
68403--68621	79	2.8	79	90	2	327	28	24	14	32	1.94
68478--68784	131	2.3	131	80	7	361	29	23	12	34	1.92
68557--68674	51	2.3	51	86	5	168	32	24	11	32	1.90
70540--70639	40	2.5	40	85	3	132	27	23	18	32	1.97
75255--75331	39	2.0	39	87	5	111	23	19	15	41	1.89
76137--76225	28	3.1	28	69	19	67	41	1	3	53	1.24
76535--76560	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
77191--77243	27	2.0	27	81	7	63	58	1	3	35	1.27
77554--77596	19	2.3	19	96	4	79	27	4	27	39	1.76
78490--78531	16	2.6	16	88	7	59	33	30	19	16	1.94
78490--78542	16	3.2	16	80	17	56	33	28	20	16	1.95
81328--81361	17	2.1	17	94	5	61	26	23	5	44	1.76
81330--81364	16	2.1	17	89	5	54	28	22	2	45	1.67
82064--82088	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
83578--83832	123	2.1	123	97	0	483	23	7	29	39	1.83
85507--85560	20	2.6	20	77	13	56	33	11	18	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85761--85835	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
85761--85838	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
94291--94838	27	20.0	27	89	3	810	23	34	14	27	1.94
94296--94838	82	6.6	81	90	3	795	23	34	14	27	1.94
94291--94853	219	2.6	218	89	5	857	23	34	14	27	1.94
94821--95454	32	19.8	32	96	0	1081	31	35	18	14	1.91
95983--96057	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
95983--96060	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
99861--99891	14	2.2	14	94	0	53	77	0	16	6	0.97
104477--104518	16	2.6	17	81	11	52	45	9	0	45	1.36
104484--104520	16	2.3	16	90	0	56	45	8	0	45	1.32
104493--104524	16	2.0	16	100	0	64	43	6	0	50	1.27
104552--104588	18	2.1	18	90	5	58	37	13	5	43	1.67
106850--106903	25	2.2	25	96	0	99	29	27	3	38	1.74
111790--111956	89	1.9	88	82	3	210	41	13	15	29	1.85
117377--117421	16	2.7	17	82	6	65	53	0	0	46	1.00
117377--117412	8	4.4	8	89	6	54	55	0	0	44	0.99
117349--117421	33	2.1	35	82	9	89	56	0	0	43	0.99
118031--118068	5	7.2	5	88	11	58	36	0	0	63	0.95
118023--118068	15	2.9	16	87	9	67	39	0	0	60	0.97
118318--118365	18	2.7	17	78	9	51	43	4	0	52	1.20
118988--119031	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119481--119698	34	6.5	34	85	5	282	40	27	7	24	1.82
119479--119698	67	3.3	67	88	1	323	40	27	7	24	1.82
124112--124327	34	6.4	34	85	5	278	40	27	7	24	1.83
124110--124327	67	3.2	67	88	1	319	40	27	7	24	1.82
125797--125847	14	3.4	15	78	15	52	76	0	21	1	0.88
125794--125849	17	3.3	17	74	0	58	78	0	19	1	0.84
126445--127598	580	2.0	580	99	0	2272	27	19	16	36	1.93
134214--134489	27	9.9	31	82	8	110	22	30	14	31	1.94
134245--135187	82	11.5	81	88	2	1368	22	33	14	29	1.94
134245--135187	27	34.6	27	89	2	1368	22	33	14	29	1.94
134215--135271	54	19.3	55	86	5	434	22	32	14	29	1.94
134245--135203	136	7.0	134	88	3	1328	22	33	14	29	1.94
135200--135712	32	16.2	32	89	5	685	30	32	17	18	1.94
135733--135865	45	2.9	45	74	8	124	20	27	21	30	1.98
136953--137002	14	3.4	15	78	18	52	76	0	22	2	0.89
136950--137006	10	5.4	10	80	17	62	78	0	19	1	0.83
139472--139612	70	2.0	70	100	0	282	29	28	12	29	1.93
139777--139859	32	2.6	32	75	11	89	40	25	15	18	1.89
140913--140990	16	4.9	16	78	6	86	39	24	17	17	1.91
140876--140992	48	2.4	48	83	5	130	39	27	16	17	1.90
140963--140999	16	2.3	16	90	9	58	43	24	10	21	1.84
141004--141064	15	4.0	15	89	2	68	52	6	0	40	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141005--141064	30	2.0	31	83	3	77	51	6	0	41	1.28
141614--141686	26	2.7	27	70	17	64	57	2	1	38	1.22
142431--142474	16	2.6	16	85	10	52	63	0	2	34	1.07
150002--150032	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
152323--152354	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
152636--152840	53	3.8	55	74	17	164	56	0	0	41	1.12
152768--152810	16	2.6	16	81	7	50	58	0	0	41	0.98
152738--152815	38	2.0	39	82	7	97	58	0	1	39	1.06
152732--152859	22	5.4	24	69	20	81	56	0	0	42	1.05
152786--152836	20	2.5	20	83	0	66	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3