genome.fa.s648.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold648
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  536246

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134--224	35	2.5	35	82	8	112	65	9	1	23	1.29
958--1037	11	6.8	12	72	11	51	67	1	3	27	1.15
1051--1093	13	3.2	13	80	6	50	65	0	0	34	0.93
3877--3935	17	3.2	18	76	13	59	49	1	0	49	1.11
4679--4714	17	2.1	17	100	0	72	36	16	11	36	1.84
6826--6850	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7112--7155	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
8490--8524	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
9543--9789	124	2.0	123	95	0	449	23	21	19	35	1.96
9976--10002	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
10219--10251	13	2.3	15	90	10	52	33	0	0	66	0.92
12448--12507	27	2.2	27	78	0	66	50	3	1	45	1.28
14895--14920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
15214--15278	20	3.2	20	82	4	76	43	0	4	52	1.22
15255--15304	17	2.8	18	78	6	57	48	2	0	50	1.12
15713--15756	20	2.1	21	87	8	63	36	0	9	54	1.32
16325--16378	19	2.9	19	72	8	58	42	1	0	55	1.10
16274--16351	28	2.8	28	68	26	65	47	1	1	50	1.17
16387--16448	23	2.7	24	73	9	67	53	1	1	43	1.20
18424--18459	18	1.9	18	88	5	54	41	8	8	41	1.65
18569--18611	18	2.5	17	79	17	52	41	0	9	48	1.35
22584--23255	219	3.0	218	86	4	891	40	10	8	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23624--24246	312	2.0	312	100	0	1246	32	17	11	38	1.86
27763--27822	13	4.4	14	89	8	88	41	0	5	53	1.23
27860--28106	82	3.0	82	93	0	422	48	12	18	19	1.80
28301--28713	79	5.2	78	78	6	400	35	12	23	27	1.91
28301--28713	159	2.6	161	82	3	521	35	12	23	27	1.91
31064--31137	20	3.7	20	81	3	69	47	12	12	28	1.77
31087--31137	21	2.5	20	87	3	66	49	11	11	27	1.74
32562--32626	28	2.4	27	80	14	80	52	0	0	47	1.00
33840--33876	15	2.5	15	91	4	58	32	0	0	67	0.91
36503--36549	13	3.7	13	82	5	60	46	0	2	51	1.13
36561--36585	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
37303--37332	13	2.3	13	94	0	51	23	26	13	36	1.92
37790--37850	18	3.4	18	77	11	63	54	1	0	44	1.10
38077--38140	16	3.8	16	78	15	67	31	1	4	62	1.25
38083--38133	18	2.9	18	82	8	70	31	1	1	64	1.15
38084--38140	16	3.4	17	82	7	71	31	1	3	63	1.22
40648--40721	8	8.8	8	69	16	51	67	0	4	28	1.09
41102--41159	13	4.1	14	76	22	59	46	1	0	51	1.11
41084--41160	29	2.6	30	81	6	95	50	1	0	48	1.09
41332--41360	1	29.0	1	100	0	58	0	0	100	0	0.00
45406--45439	18	1.9	18	94	5	61	35	8	2	52	1.47
45468--45511	22	2.0	22	100	0	88	36	4	0	59	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45878--45922	14	3.0	15	87	6	56	48	0	2	48	1.13
46367--46410	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
46498--46545	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
46589--46617	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
46617--46642	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
46995--47030	16	2.4	14	86	13	54	47	0	0	52	1.00
47899--47950	21	2.5	20	79	14	52	50	0	1	48	1.12
47899--47960	22	2.8	21	76	9	52	46	0	1	51	1.10
53087--53121	15	2.3	15	85	0	52	82	0	0	17	0.66
52895--53245	134	2.7	130	87	7	495	54	2	2	40	1.28
53216--53245	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
55946--56305	79	4.6	79	86	2	442	29	25	12	33	1.92
55949--56305	157	2.3	156	85	3	475	29	25	12	32	1.93
57392--57416	13	1.9	13	100	0	50	48	0	20	32	1.50
57421--57618	88	2.3	87	81	4	236	40	7	15	36	1.74
57558--57758	67	2.9	68	84	8	248	46	7	12	32	1.70
57699--58129	92	4.8	91	80	7	407	42	7	15	34	1.74
57688--58129	177	2.5	176	82	7	496	43	7	15	34	1.74
60899--60949	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
66072--66138	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
66567--66617	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
69015--69090	21	3.5	21	73	23	68	38	2	1	57	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69079--69150	30	2.4	31	86	9	103	45	1	1	51	1.18
69105--69413	116	2.6	117	84	12	388	42	1	1	54	1.21
69376--69443	27	2.7	24	82	13	66	47	1	0	51	1.09
69376--69450	24	2.8	27	78	19	77	48	1	0	50	1.09
69348--69429	41	2.0	41	80	7	94	47	1	0	51	1.08
70740--70783	8	5.2	9	86	8	58	70	0	0	29	0.88
70740--70783	17	2.6	16	85	7	52	70	0	0	29	0.88
70970--71015	10	4.7	10	81	5	58	54	0	6	39	1.26
74422--74635	110	1.9	110	89	0	329	31	8	13	46	1.74
76140--76180	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
76594--76650	9	6.0	10	73	15	50	33	0	0	66	0.92
76607--76654	21	2.3	21	78	7	53	35	0	0	64	0.94
77359--77392	16	2.1	16	89	10	52	70	2	0	26	1.01
78400--78477	11	7.3	11	72	20	58	52	1	0	46	1.08
78400--78477	22	3.7	21	74	16	72	52	1	0	46	1.08
79387--79424	10	3.9	10	86	3	51	63	0	0	36	0.95
80830--80860	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
83754--83784	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
88155--88190	17	2.1	17	100	0	72	22	27	11	38	1.88
91878--91911	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
98072--98142	20	3.6	19	70	14	56	33	12	14	39	1.83
99064--99089	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99194--99276	13	6.2	13	75	18	73	39	6	2	51	1.39
99191--99237	15	3.5	14	81	13	55	44	2	0	53	1.12
99191--99267	27	2.8	28	82	5	104	42	5	2	49	1.39
99145--99267	55	2.3	54	81	7	133	39	8	5	45	1.59
102646--102693	22	2.2	22	88	0	69	29	4	29	37	1.76
106952--107032	34	2.4	34	91	2	126	24	2	34	38	1.69
110605--110657	16	3.3	16	81	0	70	49	33	13	3	1.60
110589--110661	32	2.3	32	81	9	103	47	30	13	8	1.72
110535--110641	48	2.3	47	75	1	115	48	25	11	14	1.77
111129--111158	16	1.9	15	93	6	51	53	0	16	30	1.44
111793--111822	14	2.1	14	93	0	51	20	3	0	76	0.92
111882--111925	12	4.1	11	77	16	56	40	0	0	59	0.98
111882--111925	11	4.2	10	81	18	54	40	0	0	59	0.98
112072--112110	18	2.2	18	95	4	71	51	0	0	48	1.00
116055--116109	21	2.4	23	76	17	60	45	1	0	52	1.11
116429--116465	19	1.9	19	88	0	56	45	0	10	43	1.39
116429--116474	19	2.5	20	79	13	53	45	0	10	43	1.39
116660--116684	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
119896--119927	16	2.0	16	93	0	55	37	6	28	28	1.81
121967--122073	36	3.0	36	92	0	169	36	28	14	20	1.92
121993--122051	18	3.3	18	67	9	57	33	28	15	22	1.94
124212--124237	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127242--127275	2	17.0	2	88	11	52	47	0	2	50	1.16
127699--127729	16	1.9	16	100	0	62	22	0	0	77	0.77
128581--128680	52	1.9	52	85	0	137	28	13	23	36	1.92
133684--133721	15	2.8	14	85	14	53	28	2	0	68	1.03
133960--134017	21	2.8	21	82	7	64	37	17	3	41	1.66
134518--134829	170	1.8	170	98	0	606	37	14	16	31	1.89
134885--134912	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
139223--139272	18	2.8	18	100	0	100	46	0	0	54	1.00
139240--139306	27	2.5	26	72	11	64	41	0	1	56	1.08
140523--140552	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4