genome.fa.s648.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold648
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  536246

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 400 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145857--145928	15	5.1	15	72	14	55	44	1	0	54	1.08
145853--145911	25	2.4	25	100	0	118	44	0	0	55	0.99
146134--146169	16	2.2	17	90	5	56	55	5	0	38	1.23
146152--146193	12	3.4	12	81	15	50	47	0	0	52	1.00
151484--151509	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
154455--154664	105	2.0	105	97	0	393	30	14	22	32	1.94
156434--156485	26	2.0	26	84	0	68	53	5	1	38	1.36
157061--157090	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
160998--161064	31	2.2	31	83	5	82	56	5	7	29	1.51
162877--162916	18	2.2	18	86	4	53	35	15	12	37	1.85
164168--164398	97	2.4	97	86	0	336	30	13	27	28	1.94
166674--166724	20	2.6	20	84	3	68	41	11	13	33	1.81
166573--166738	70	2.4	71	90	1	262	42	10	16	30	1.82
167510--168118	28	21.6	28	84	4	699	24	16	29	29	1.97
168435--168459	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
168412--168477	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
174736--174761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174893--174933	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
177173--177197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
177148--177218	33	2.2	32	90	5	115	29	14	18	38	1.90
177288--177313	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
177270--177333	33	2.0	32	87	9	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178077--179177	28	39.5	28	81	6	829	28	14	29	27	1.95
178183--179146	139	6.9	139	85	3	1133	28	14	29	27	1.95
178084--179177	56	19.6	56	82	3	1107	28	14	29	27	1.95
180417--180471	19	2.9	18	76	12	56	5	12	9	72	1.26
185160--185197	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
196633--196699	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
196653--196677	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196740--196764	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
196773--196900	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
202736--202815	14	5.6	14	78	11	81	83	12	2	1	0.80
202741--202803	10	6.6	10	80	14	62	85	12	1	0	0.66
202736--202815	11	6.7	11	79	16	81	83	12	2	1	0.80
202736--202791	7	8.0	7	83	15	71	87	12	0	0	0.54
202738--202815	24	3.3	23	82	10	86	84	11	2	1	0.78
202736--202792	24	2.3	25	93	3	98	87	12	0	0	0.54
202737--202815	23	3.2	24	80	8	72	84	11	2	1	0.77
202737--202792	1	56.0	1	78	0	58	89	10	0	0	0.49
204036--204930	28	30.8	29	85	6	1106	28	30	17	23	1.97
204036--204930	146	6.2	145	86	6	1099	28	30	17	23	1.97
204039--204919	345	2.5	348	91	3	1414	28	30	17	23	1.97
205691--205716	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
206416--206459	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208263--208301	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
210380--210410	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
211020--211049	13	2.3	13	100	0	60	30	0	13	56	1.37
210779--211301	276	1.9	276	100	0	1046	29	19	15	36	1.92
212489--212533	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
214712--214770	19	3.0	18	78	14	55	25	11	20	42	1.86
215125--215328	28	6.9	29	79	8	207	28	29	18	23	1.98
215125--215328	57	3.4	58	83	6	223	28	29	18	23	1.98
216896--216939	22	1.9	24	86	9	65	27	13	11	47	1.77
218941--219165	94	2.4	94	89	3	342	29	12	29	28	1.92
221378--221454	20	3.8	20	79	6	84	41	11	15	31	1.83
221398--221536	71	2.0	71	92	0	233	41	12	17	29	1.86
221357--221526	91	1.9	91	87	4	254	41	12	17	28	1.86
221471--221526	20	2.8	20	83	0	76	37	14	14	33	1.86
230591--230631	22	1.9	21	85	14	57	48	4	2	43	1.37
231476--231543	27	2.4	27	76	11	66	54	2	2	39	1.31
231773--231810	17	2.1	18	85	9	51	52	5	7	34	1.53
232624--232660	17	2.2	17	90	4	58	56	13	5	24	1.58
237319--237383	33	2.0	33	81	6	78	7	27	3	61	1.38
242922--242952	16	1.9	16	100	0	62	77	6	3	12	1.08
243172--243228	28	2.0	28	83	12	73	66	1	12	19	1.32
243185--243243	28	2.1	29	81	9	68	74	5	8	11	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243354--243407	19	2.7	21	75	16	60	66	1	16	14	1.34
243363--243407	19	2.3	19	88	3	63	64	0	17	17	1.29
243819--243862	13	3.4	13	81	12	54	63	0	34	2	1.07
243816--243854	17	2.3	17	90	0	60	64	0	35	0	0.94
244394--244431	18	2.2	16	90	9	58	81	0	0	18	0.69
256033--256087	21	2.8	19	78	8	65	30	14	14	40	1.86
256938--257630	48	14.9	49	71	12	422	31	17	26	25	1.97
256833--257316	49	9.9	48	72	9	243	32	16	26	23	1.96
257334--257576	39	5.8	39	68	17	148	26	18	27	28	1.98
257278--257620	87	3.9	87	89	2	494	27	18	27	26	1.98
257635--257771	29	4.7	29	83	10	154	18	21	29	30	1.97
257647--257771	57	2.2	58	86	5	173	17	19	31	32	1.95
257751--258752	33	32.4	31	76	15	811	33	13	32	20	1.91
257812--258646	185	4.5	186	92	1	1337	33	13	32	20	1.91
257785--258708	218	4.3	218	78	14	886	33	13	32	20	1.91
258648--259286	31	20.7	31	85	3	844	33	15	28	22	1.95
258648--259286	185	3.5	185	88	4	855	33	15	28	22	1.95
260497--260542	23	2.0	23	82	0	56	2	2	26	69	1.11
265149--265173	9	2.8	9	100	0	50	32	12	24	32	1.91
267577--267650	21	3.6	21	87	8	100	31	16	9	43	1.79
273026--273631	60	10.1	59	82	6	625	30	24	19	26	1.98
273065--273631	120	4.7	120	86	2	712	30	24	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273025--273631	180	3.4	178	84	4	727	30	24	19	26	1.98
273607--273742	31	4.4	31	85	2	177	30	32	22	14	1.94
273624--273780	62	2.5	62	83	4	181	29	31	21	18	1.97
273728--273911	32	5.8	31	72	8	102	33	26	14	25	1.95
273666--273937	31	8.6	31	69	12	108	31	29	16	23	1.96
273730--273944	95	2.2	97	86	3	292	32	27	14	24	1.95
274785--274828	19	2.4	18	88	7	70	68	2	11	18	1.30
275143--275177	17	1.9	19	88	11	56	20	25	40	14	1.90
275235--275273	17	2.3	17	90	0	60	64	0	35	0	0.94
275826--275872	11	4.6	10	80	12	51	82	2	2	12	0.84
275824--275873	20	2.5	20	81	18	68	80	2	2	16	0.91
277362--277397	13	2.9	12	84	8	54	25	0	27	47	1.52
277654--277681	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
285440--285473	16	2.1	16	89	10	52	61	0	2	35	1.11
285822--285875	23	2.3	23	93	0	90	38	1	0	59	1.08
285772--285901	53	2.4	53	82	3	136	41	3	2	52	1.32
285841--285901	30	2.0	30	90	0	95	42	3	0	54	1.17
285822--285883	23	2.7	23	89	0	88	40	1	0	58	1.08
285887--285928	16	2.5	17	80	7	59	52	0	0	47	1.00
292819--292844	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
293552--293608	22	2.6	22	81	10	64	36	0	24	38	1.56
294871--294909	17	2.4	17	91	4	62	79	0	20	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295528--295569	14	2.9	15	78	7	50	66	9	0	23	1.21
296495--296519	10	2.5	10	100	0	50	44	8	0	48	1.32
296923--296963	17	2.5	17	88	4	57	58	7	7	26	1.51
297728--297766	13	3.1	12	85	10	51	25	2	0	71	0.98
297831--297928	21	4.6	22	73	17	84	38	1	1	59	1.11
299364--299402	20	2.0	20	94	0	69	33	17	7	41	1.79
306442--306493	16	2.9	18	83	13	72	73	9	11	5	1.25
307753--308075	27	11.8	27	87	3	432	26	32	14	26	1.94
308078--309170	28	37.6	28	80	8	976	29	28	17	24	1.97
308108--309141	320	3.2	318	85	5	1284	29	28	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4