genome.fa.s67.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold67
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  428520

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 376 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769--2821	19	2.5	22	74	22	60	39	3	35	20	1.71
3386--3443	19	2.9	19	82	5	71	34	15	17	32	1.91
4429--4626	50	3.9	51	77	5	170	26	19	18	35	1.95
4702--4824	53	2.3	53	80	0	138	33	21	13	30	1.93
5880--5917	13	2.9	13	80	11	51	31	13	15	39	1.86
7519--7543	12	2.1	12	100	0	50	44	0	32	24	1.54
13698--13743	19	2.5	18	86	6	65	34	2	15	47	1.57
13917--13976	21	3.0	20	79	11	61	41	0	31	26	1.56
13934--13977	21	2.1	21	91	0	70	40	0	27	31	1.56
15037--15079	10	4.2	10	84	3	50	67	20	6	4	1.33
19094--19121	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
19076--19141	33	2.0	33	88	5	98	40	13	15	30	1.85
19173--19222	19	2.6	19	100	0	100	36	20	12	32	1.89
22146--22630	154	3.1	153	81	3	553	27	14	18	39	1.90
25608--25632	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26116--26208	36	2.8	32	76	20	102	30	12	25	31	1.93
27322--27377	21	2.7	21	94	0	94	42	3	32	21	1.70
27801--27858	21	2.7	21	84	10	73	50	1	24	24	1.59
29317--29358	18	2.2	20	87	8	61	33	11	14	40	1.82
31487--31546	32	2.0	29	87	9	84	30	13	25	31	1.93
33876--33927	8	6.8	8	80	6	63	86	9	0	3	0.69
33876--33926	7	6.9	7	77	18	50	86	9	0	3	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33876--33927	15	3.4	16	81	5	63	86	9	0	3	0.69
33876--33928	23	2.3	23	90	6	81	84	9	0	5	0.76
35922--35983	19	3.2	19	88	11	90	33	16	16	33	1.91
35944--36008	33	2.0	32	87	3	94	41	15	13	29	1.86
36425--36573	65	2.3	65	80	8	160	21	22	12	42	1.87
36732--37278	66	8.3	65	75	8	351	16	20	16	45	1.85
36742--37277	131	4.1	131	73	8	428	16	20	16	45	1.85
37281--38145	66	13.1	66	72	3	382	15	20	16	46	1.83
38873--39327	66	7.0	66	73	8	277	17	22	15	44	1.86
39535--39717	65	2.8	65	77	1	177	18	21	14	45	1.84
40036--40537	66	7.6	65	75	5	303	15	23	15	44	1.85
41217--41365	66	2.3	66	80	8	178	17	18	16	46	1.84
41254--41477	66	3.4	65	76	7	211	13	20	19	47	1.82
41634--41779	65	2.2	66	80	4	170	17	22	17	43	1.88
42116--42283	65	2.6	65	77	8	162	17	23	15	43	1.87
42313--42757	66	6.7	66	77	5	335	15	18	17	49	1.80
42313--42658	131	2.6	132	78	4	340	15	18	16	49	1.80
42402--42757	197	1.8	198	80	5	443	14	17	17	50	1.79
48500--48956	144	3.1	144	85	3	576	36	12	23	26	1.91
48489--48956	74	6.4	74	79	6	481	37	13	23	26	1.91
51079--51144	20	3.7	20	73	26	83	37	12	15	34	1.84
51080--51179	33	3.0	33	94	0	164	36	12	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51100--51157	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
51220--51244	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
51253--51380	52	2.5	52	92	3	206	33	17	18	30	1.94
58346--58729	79	4.9	77	76	6	295	32	14	25	27	1.95
60583--60630	22	2.2	22	88	3	71	16	8	16	58	1.61
67222--67248	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
67315--67345	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
67299--67365	33	2.0	32	86	11	91	35	11	17	34	1.87
75390--75464	36	2.1	36	92	0	123	33	2	32	32	1.72
75399--75465	17	3.8	18	70	16	59	32	1	32	32	1.67
76008--76034	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
76101--76131	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
76085--76151	33	2.0	32	86	11	91	35	11	17	34	1.87
83885--83922	20	1.9	20	88	0	58	36	15	13	34	1.87
91301--91453	70	2.2	70	98	0	297	36	20	11	31	1.89
93828--94049	79	2.8	77	84	6	268	30	23	13	32	1.93
93908--94182	131	2.1	129	85	7	376	30	23	12	33	1.92
93988--94097	51	2.1	52	83	5	134	32	21	10	34	1.89
94040--94191	79	1.9	79	87	2	225	28	24	12	34	1.92
94164--94239	28	2.8	28	80	11	86	27	28	14	28	1.95
94087--94313	106	2.1	108	80	5	266	27	25	14	31	1.95
94197--94519	78	4.1	77	80	6	328	27	24	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94212--94503	156	1.9	156	84	4	401	27	23	14	33	1.94
100691--101219	61	8.6	61	84	4	607	24	25	18	31	1.98
100693--101216	123	4.2	121	84	4	609	25	24	19	30	1.98
101274--101476	61	3.3	61	85	6	259	26	26	20	26	1.99
101007--101553	266	2.1	267	91	2	895	23	26	17	32	1.97
101537--101768	41	5.5	41	72	11	173	20	24	14	40	1.90
101457--101735	129	2.2	124	79	13	302	20	25	13	40	1.89
101453--101812	83	4.3	84	77	8	297	20	25	13	40	1.89
102423--102476	20	2.7	20	79	0	63	27	16	11	44	1.82
102458--102487	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
104829--105045	79	2.7	79	87	3	285	30	24	11	32	1.91
104906--105241	130	2.6	130	84	4	442	31	23	11	34	1.90
105117--105230	51	2.2	51	81	7	142	34	21	9	34	1.86
105214--105268	27	2.0	28	85	3	76	25	27	12	34	1.92
105247--105571	79	4.1	79	81	6	320	26	27	15	30	1.96
107923--107952	10	3.0	10	90	0	51	0	10	16	73	1.09
108334--108363	10	3.0	10	90	0	51	0	10	16	73	1.09
107754--108582	411	2.0	411	99	0	1622	33	14	16	35	1.89
108548--108585	20	1.9	20	100	0	76	36	21	10	31	1.87
108643--108704	32	1.9	33	90	3	99	43	12	12	30	1.81
110554--110619	13	5.1	13	100	0	132	30	15	15	39	1.88
110685--110715	13	2.4	13	100	0	62	32	16	12	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110669--110736	33	2.1	33	91	5	111	30	13	17	38	1.88
112313--112346	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
119158--119211	20	2.8	20	88	2	74	29	12	18	38	1.88
119256--119286	13	2.4	13	94	0	53	32	12	12	41	1.81
119242--119308	33	2.0	33	82	5	82	31	8	19	40	1.82
120199--120237	20	2.0	20	89	0	60	33	12	20	33	1.91
120205--120314	47	2.3	48	80	1	123	34	15	16	33	1.90
120144--120526	190	2.0	192	85	5	515	36	12	18	32	1.89
121589--122192	166	3.6	165	88	4	801	28	11	10	49	1.71
123531--123752	111	2.0	112	91	0	365	31	23	17	28	1.97
130011--130059	11	4.6	10	82	9	53	81	0	16	2	0.78
129989--130048	12	5.0	12	78	13	54	78	0	18	3	0.89
129996--130058	15	4.1	15	78	13	65	79	0	17	3	0.86
129996--130059	28	2.3	27	84	13	76	79	0	17	3	0.85
130097--130121	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
132635--132783	44	3.4	42	69	17	106	18	18	16	45	1.86
133126--133382	88	2.9	90	85	8	330	28	29	14	28	1.95
133126--133447	88	3.6	89	79	9	327	28	28	13	28	1.94
133622--133818	35	5.7	35	83	1	218	24	23	9	42	1.83
133622--133822	70	2.9	69	80	2	242	24	23	9	42	1.84
133813--134434	60	10.3	58	72	10	288	25	23	11	39	1.88
133813--134431	121	5.1	120	76	7	488	25	23	11	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134089--134248	30	5.3	30	63	18	80	21	20	15	42	1.88
133813--134431	242	2.6	240	80	6	648	25	23	11	39	1.88
134331--134431	30	3.4	30	73	10	98	23	20	9	45	1.81
134415--134552	48	2.9	48	84	2	188	20	21	18	39	1.92
134564--134981	44	9.5	44	77	3	304	22	24	14	38	1.92
134549--134981	88	4.9	88	81	4	376	22	24	14	38	1.91
134564--134981	132	3.2	131	82	2	469	22	24	14	38	1.92
135000--135167	87	1.9	87	82	0	210	18	22	19	39	1.92
135319--135685	42	8.8	42	76	8	257	18	25	16	40	1.90
135459--135640	80	2.2	80	81	3	211	18	25	14	41	1.89

Tables:   1   2   3   4