genome.fa.s67.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold67
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  428520

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135375--135690	122	2.5	124	81	7	354	17	25	16	40	1.90
135332--135784	249	1.8	249	79	4	529	16	26	16	39	1.90
137292--137330	20	2.0	20	89	0	60	33	7	20	38	1.81
140664--140714	23	2.2	24	82	10	61	19	3	0	76	0.94
140794--140831	20	1.9	20	94	0	67	39	26	5	28	1.78
141302--141663	42	8.7	42	77	3	275	36	19	27	16	1.93
141271--141663	84	4.7	84	80	4	393	37	19	27	15	1.92
141707--142002	47	6.3	47	82	1	333	39	17	20	22	1.92
141707--142002	94	3.1	94	87	2	389	39	17	20	22	1.92
142150--142344	89	2.2	89	84	3	241	30	14	23	31	1.94
142179--142383	89	2.3	90	82	5	238	31	12	25	29	1.93
144132--144170	6	6.3	6	82	5	51	2	15	2	79	0.95
149182--149252	20	3.6	19	75	16	63	32	12	15	39	1.85
149389--149443	21	2.6	21	85	0	74	47	16	7	29	1.73
150005--150052	20	2.4	20	82	0	60	31	12	14	41	1.83
152611--152764	65	2.4	65	80	13	192	32	23	14	29	1.94
152611--152768	64	2.5	64	82	12	198	31	24	13	29	1.94
152612--152768	32	5.0	30	78	14	149	31	24	14	29	1.94
153200--153254	20	2.8	20	91	0	83	38	18	9	34	1.82
153319--153343	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
153300--153364	32	2.0	33	87	3	96	38	16	15	29	1.90
154209--154367	87	1.8	87	88	0	246	32	29	5	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157117--157345	79	2.9	79	81	6	243	31	17	26	24	1.97
157284--157396	51	2.2	51	85	0	145	34	14	22	29	1.93
157199--157605	130	3.1	129	87	1	544	32	13	26	28	1.94
160694--160734	21	2.0	21	85	9	57	21	19	2	56	1.54
160716--160756	21	2.0	21	85	0	55	19	24	0	56	1.42
162302--162422	32	3.8	30	80	12	136	30	23	14	31	1.95
162302--162458	32	5.0	29	78	16	129	29	24	14	31	1.95
162306--162458	64	2.4	64	82	7	193	30	24	15	30	1.95
162827--162863	19	1.9	19	94	0	65	32	16	16	35	1.91
162896--162943	20	2.4	20	92	0	78	39	20	8	31	1.82
162929--162955	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
166898--166991	20	4.7	20	80	5	118	40	11	12	35	1.80
167602--168984	28	48.6	28	85	4	1706	22	17	30	28	1.97
167602--168984	57	24.3	57	85	6	1763	22	17	30	28	1.97
167602--168985	426	3.2	427	93	1	2219	22	17	30	28	1.97
170205--170277	9	8.0	9	72	18	62	1	2	12	83	0.82
170228--170276	1	49.0	1	79	0	53	0	0	10	89	0.48
170203--170276	11	6.7	12	79	13	63	1	2	10	85	0.77
170227--170276	23	2.2	23	96	3	93	0	0	12	88	0.53
172551--172578	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
172564--172708	52	2.8	50	87	6	200	34	17	17	30	1.93
179240--179266	13	2.1	13	100	0	54	25	7	7	59	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182531--182581	13	4.1	12	82	7	57	84	3	11	0	0.75
183524--183718	31	5.9	34	72	15	131	20	35	12	31	1.90
183593--183723	65	2.0	64	82	7	158	19	35	12	32	1.90
183559--183716	33	4.7	33	73	9	115	20	34	13	31	1.91
183691--183797	27	4.0	27	93	0	169	20	37	16	25	1.93
183805--183947	33	4.5	32	82	7	168	27	32	18	21	1.96
183813--183947	65	2.1	63	88	9	195	28	32	19	20	1.96
183935--184782	92	9.0	92	89	2	1156	23	25	18	32	1.97
184581--184765	52	3.6	52	96	0	343	20	24	20	35	1.96
185423--185449	13	2.1	13	100	0	54	25	7	7	59	1.51
185625--185649	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185605--185670	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
185712--185736	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
189339--189398	15	4.0	15	86	4	77	88	11	0	0	0.52
189339--189387	17	2.8	18	90	3	82	89	10	0	0	0.48
189339--189400	24	2.5	24	84	10	81	87	12	0	0	0.55
189343--189398	16	3.6	15	86	13	69	87	12	0	0	0.54
189339--189398	1	60.0	1	79	0	57	88	11	0	0	0.52
189669--189698	10	2.9	10	95	5	51	90	0	10	0	0.47
189664--189695	11	2.8	11	95	4	55	90	3	6	0	0.53
189651--189684	17	2.0	17	88	0	50	82	8	8	0	0.85
190637--190911	31	9.1	31	74	17	192	22	27	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190733--190778	23	2.0	23	91	0	74	30	32	19	17	1.95
190702--190815	58	2.0	54	86	9	158	24	30	16	28	1.97
190704--190939	89	2.6	86	78	12	235	23	29	16	30	1.96
190758--191385	31	18.7	34	79	11	520	19	33	14	32	1.92
190850--191385	106	5.3	103	81	12	485	19	34	13	32	1.91
190855--191401	236	2.3	237	93	1	943	19	34	13	31	1.91
191386--191550	32	5.1	32	89	5	235	27	33	18	20	1.96
191391--191552	33	5.0	33	90	2	247	28	33	18	19	1.96
191386--191550	65	2.6	65	90	2	262	27	33	18	20	1.96
191552--191823	43	5.8	48	80	11	312	25	25	18	31	1.97
191547--191832	92	3.1	92	92	2	455	25	25	17	31	1.97
191733--191886	52	2.9	53	79	4	184	25	23	14	36	1.93
191803--192097	55	5.2	55	71	14	208	24	25	14	35	1.93
191836--191962	67	1.9	68	83	1	166	25	24	11	38	1.89
191903--192097	53	3.7	52	77	4	167	25	25	14	34	1.94
192530--192556	13	2.1	13	100	0	54	25	7	7	59	1.51
192731--192755	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
192711--192776	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
192792--192850	21	2.8	21	100	0	118	38	16	10	33	1.83
192837--192861	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
192731--192934	106	1.9	106	83	9	265	35	16	13	34	1.88
192870--192994	52	2.4	52	93	0	205	34	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208116--208190	20	3.8	20	78	3	71	42	12	12	33	1.79
208113--208190	40	2.0	39	87	2	111	42	12	11	33	1.79
210616--210689	20	3.7	19	83	3	76	36	13	12	37	1.82
214085--214118	17	2.0	17	100	0	68	52	5	11	29	1.61
218137--218174	19	2.0	19	89	0	58	39	2	0	57	1.12
219909--220024	51	2.3	51	84	3	144	32	12	27	26	1.93
219958--220402	79	5.6	78	80	4	419	34	11	24	28	1.91
219961--220404	158	2.8	158	80	5	468	34	11	24	28	1.91
221924--221982	10	5.7	10	74	7	55	27	27	6	38	1.81
224067--224227	84	1.9	84	81	7	193	54	3	18	24	1.58
227459--227500	22	1.9	22	100	0	84	30	23	9	35	1.87
227921--227987	37	1.9	35	85	11	93	32	13	25	28	1.93
229010--229035	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
228990--229053	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
231526--231564	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
237701--237726	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
241092--241129	16	2.4	16	86	8	51	36	0	2	60	1.11
241808--241846	15	2.5	15	91	4	60	76	2	0	20	0.90
242016--242076	11	5.6	11	74	16	56	29	0	1	68	0.99
242023--242076	21	2.5	22	85	11	69	27	0	1	70	0.98
242254--242303	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
242926--242967	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243697--243732	18	2.0	18	88	0	54	72	0	5	22	1.05
247591--247631	21	2.0	21	90	4	66	19	12	17	51	1.76
261939--262131	32	6.0	32	80	6	203	29	30	17	22	1.97
261950--262131	64	2.9	63	86	4	242	29	29	18	22	1.97
261956--262147	96	2.0	95	86	5	271	28	30	18	23	1.97
262135--262305	43	3.7	43	75	13	153	23	26	18	30	1.98
262180--262633	52	9.0	51	74	7	293	25	25	16	32	1.96
262236--262320	43	2.0	43	85	0	116	28	25	17	28	1.98
262135--262372	95	2.5	95	83	0	323	23	27	17	31	1.97
262570--262706	61	2.2	61	88	0	202	23	27	10	37	1.88

Tables:   1   2   3   4