genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold68
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  494511

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 356 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4355--4395	21	2.0	21	86	13	59	21	12	17	48	1.79
10816--10941	51	2.5	50	89	2	182	44	7	18	29	1.78
15619--16324	32	21.7	32	74	10	450	22	28	9	38	1.86
15612--16297	132	5.2	132	81	2	729	22	28	9	39	1.85
16273--16326	27	2.0	27	85	0	72	25	31	11	31	1.91
16335--16430	33	2.9	33	90	0	156	31	31	16	20	1.95
16546--16614	22	3.2	22	65	19	54	26	24	21	27	1.99
16620--16817	52	3.8	52	82	0	216	24	21	17	36	1.94
16771--16908	61	2.3	61	85	2	197	21	26	15	36	1.93
20989--21021	17	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
21906--21946	12	3.4	12	86	0	55	39	0	9	51	1.35
22701--22731	4	7.5	4	92	7	53	48	0	0	51	1.00
23080--23115	18	1.9	18	94	5	63	44	0	0	55	0.99
27019--27350	178	1.9	177	81	5	402	41	15	11	31	1.84
27454--27500	23	2.0	23	83	4	58	65	14	2	17	1.36
31632--31714	16	5.3	16	76	7	73	60	1	0	38	1.05
33365--33403	19	2.2	17	86	9	51	64	2	0	33	1.08
35096--35128	16	2.1	16	94	0	57	36	6	9	48	1.60
37520--37565	23	2.0	23	83	8	58	50	4	2	43	1.34
38369--38394	11	2.4	11	100	0	52	57	7	7	26	1.54
39474--39532	30	2.0	30	86	0	82	47	6	0	45	1.29
40298--40343	20	2.2	20	85	11	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41230--41256	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
41256--41287	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
43434--43463	2	15.0	2	92	0	51	46	0	50	3	1.18
43920--43950	8	3.8	8	91	8	53	51	0	0	48	1.00
43915--43959	17	2.6	17	89	0	72	51	0	0	48	1.00
44689--44761	13	5.8	13	75	16	57	65	0	1	32	1.01
44688--44761	24	3.0	24	73	21	73	64	0	1	33	1.02
44838--44867	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
45191--45249	22	2.7	23	84	5	77	40	1	0	57	1.09
45196--45257	22	2.9	22	83	7	65	45	1	0	53	1.10
45929--45980	26	2.0	26	85	7	70	63	0	0	36	0.95
46065--46097	15	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
48486--48607	31	4.0	31	82	2	147	26	18	24	31	1.97
50133--50396	50	5.3	50	92	0	456	43	15	26	15	1.85
50133--50396	100	2.6	100	98	0	510	43	15	26	15	1.85
51943--52069	53	2.5	50	82	12	150	28	25	14	31	1.95
51998--52305	79	3.9	79	94	0	501	26	25	15	32	1.96
52237--52375	52	2.7	51	76	9	138	28	23	12	35	1.91
57850--57894	22	2.1	21	92	8	74	46	6	8	37	1.61
58101--58127	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
61677--61859	37	5.2	37	72	18	138	34	24	12	28	1.92
61826--61974	31	4.8	31	84	3	165	31	26	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62090--62144	29	1.9	28	88	3	83	30	27	16	25	1.96
62260--62322	29	2.2	29	88	0	90	36	30	15	17	1.91
62260--62338	29	2.7	29	84	0	77	36	26	17	18	1.94
62491--62563	37	2.0	37	88	0	110	34	26	20	19	1.96
66549--67066	52	10.0	52	80	3	542	25	21	15	37	1.93
66549--67066	156	3.3	155	83	3	630	25	21	15	37	1.93
70319--70902	165	3.5	165	77	9	548	30	10	8	50	1.67
70288--71011	330	2.2	329	78	5	757	31	10	8	50	1.66
71006--71045	16	2.3	18	87	8	57	22	2	5	70	1.19
71948--71976	15	1.9	15	100	0	58	41	6	6	44	1.58
72800--72838	17	2.2	18	86	4	53	20	2	12	64	1.40
72675--73083	142	2.9	141	79	5	423	36	9	11	42	1.74
76130--76182	16	3.2	16	78	2	52	32	0	15	52	1.42
77116--77164	22	2.2	22	82	13	57	75	6	14	4	1.14
77747--78054	112	2.7	111	81	3	330	32	15	14	37	1.87
78389--78453	33	2.0	33	82	11	80	21	20	13	44	1.86
79854--79920	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
81443--81603	84	1.9	84	81	5	191	54	3	17	25	1.58
83085--83109	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
84731--84759	14	2.1	14	100	0	58	31	27	6	34	1.83
85200--85266	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
85782--86733	105	9.1	105	78	5	807	21	21	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86009--86152	75	1.9	75	82	2	182	20	20	15	44	1.87
86145--86206	29	2.1	29	93	0	106	20	22	14	41	1.89
85782--86651	243	3.6	237	78	5	740	21	21	14	43	1.87
85778--86733	35	27.3	35	78	7	692	21	21	14	42	1.88
88591--88647	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
88571--88668	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
88569--88666	19	5.8	18	70	28	81	34	12	16	36	1.86
88709--88733	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88742--88872	52	2.5	52	97	0	244	34	19	17	29	1.94
93478--93526	5	9.2	5	88	6	62	81	0	0	18	0.69
93477--93524	11	4.4	11	82	17	64	83	0	0	16	0.65
93472--93540	26	2.6	26	84	11	95	78	1	0	20	0.83
93473--93522	21	2.5	20	90	6	75	82	0	0	18	0.68
93478--93542	32	2.0	33	77	17	64	80	1	0	18	0.80
93705--93924	100	2.2	101	91	4	362	45	15	19	19	1.85
93921--93983	27	2.2	29	91	5	103	52	15	20	11	1.73
93992--94051	24	2.5	24	97	0	111	46	18	20	15	1.84
94095--94140	24	1.9	24	83	16	60	67	13	15	4	1.38
94136--94179	21	2.1	21	87	4	63	72	9	15	2	1.19
94145--94190	21	2.2	21	88	0	65	69	10	15	4	1.32
94409--94475	32	2.1	31	84	13	84	70	10	16	2	1.28
94536--94626	34	2.7	33	89	6	130	49	25	19	5	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94544--94649	34	3.0	36	82	14	123	47	28	19	4	1.70
94639--94692	13	4.3	12	86	6	72	42	38	16	1	1.59
94631--94714	25	3.3	25	85	5	98	41	40	14	3	1.63
96782--96807	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97432--97511	38	2.0	40	81	9	94	36	22	5	36	1.76
97516--97559	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
99636--99661	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102561--102591	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
120024--120254	115	2.0	115	100	0	462	46	17	10	25	1.80
120427--120847	42	10.0	42	78	6	359	17	25	17	39	1.91
120428--120797	127	2.9	127	81	4	374	18	24	16	40	1.90
120506--120851	169	2.1	168	83	6	432	18	25	15	40	1.90
121347--121410	14	4.7	13	81	16	76	82	1	0	15	0.74
121363--121411	8	5.6	8	82	17	62	83	2	0	14	0.73
121350--121409	21	2.9	21	83	11	79	83	1	0	15	0.73
121350--121411	28	2.2	28	88	11	92	83	1	0	14	0.71
121733--121810	30	2.7	29	86	4	111	55	16	16	11	1.69
121904--121972	26	2.6	27	80	15	72	68	4	18	8	1.33
121914--121975	24	2.5	24	78	17	65	69	6	14	9	1.35
122442--122514	35	2.1	35	100	0	146	45	34	15	5	1.69
123627--124051	159	2.7	160	75	10	388	40	12	11	35	1.79
126378--126406	12	2.4	12	100	0	58	62	0	6	31	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128044--128134	33	2.7	33	83	8	112	5	19	9	64	1.43
128679--128716	15	2.7	14	92	8	60	44	7	21	26	1.79
129289--129447	42	3.8	42	75	5	131	35	20	25	18	1.95
129288--129481	85	2.3	85	76	1	192	36	20	25	18	1.95
129460--129516	28	2.0	28	82	0	69	31	26	26	15	1.96
129417--129551	71	1.9	71	83	1	173	36	24	24	14	1.93
129341--129643	155	1.9	156	83	4	389	36	20	26	17	1.94
129488--129715	85	2.7	85	80	0	260	35	18	26	19	1.95
129657--129772	42	2.7	42	75	6	117	37	17	28	17	1.92
129574--129814	127	1.9	128	80	0	286	35	16	26	20	1.94

Tables:   1   2   3