genome.fa.s68.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold68
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  494511

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 356 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144612--144770	14	11.5	14	66	17	55	44	8	20	27	1.79
144625--144732	52	2.1	52	87	0	153	44	7	20	27	1.78
144677--144770	43	2.2	43	92	0	152	46	8	18	26	1.77
144857--144899	22	2.0	22	100	0	86	41	0	4	53	1.21
146775--146843	33	2.1	33	86	0	93	31	18	13	36	1.89
146872--146925	19	2.8	20	88	2	83	37	12	18	31	1.89
148852--149016	51	3.2	51	81	3	188	30	10	29	29	1.90
148746--148919	79	2.2	77	85	4	231	31	15	27	26	1.96
149002--149076	28	2.7	28	89	0	105	25	18	29	26	1.98
149458--149483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
149912--149942	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
151948--152047	20	4.7	20	75	11	92	28	15	14	43	1.85
152034--152059	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
154613--154638	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
155411--155560	77	1.9	77	83	10	191	32	12	25	30	1.92
157911--158044	50	2.7	50	82	4	137	38	13	16	32	1.87
158618--158834	40	5.7	40	69	21	135	39	16	24	19	1.91
158594--158870	75	3.7	74	84	4	349	40	16	24	19	1.91
158736--158870	34	3.8	34	71	21	105	40	18	20	20	1.92
158593--158898	151	2.0	151	87	2	445	39	16	24	19	1.92
158930--159266	61	5.6	61	83	4	319	28	19	25	26	1.99
158946--159266	120	2.7	121	81	6	384	29	19	24	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159118--159431	164	1.9	165	89	1	488	30	18	26	24	1.98
159179--159369	103	1.9	103	92	0	319	32	17	25	24	1.97
159282--159543	123	2.1	121	85	5	341	27	17	29	26	1.97
158998--159543	287	1.9	283	86	3	783	28	17	27	26	1.98
159282--159543	61	4.3	60	88	4	339	27	17	29	26	1.97
160522--160565	17	2.5	18	85	3	54	2	11	4	81	0.92
160514--160565	26	2.0	27	84	3	70	1	13	3	80	0.93
175213--175340	52	2.5	52	93	3	215	30	18	17	33	1.94
175349--175373	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
176510--176675	77	2.1	78	87	3	237	33	10	27	28	1.89
176615--176728	51	2.3	51	85	1	149	35	10	26	28	1.89
176664--176837	79	2.2	79	81	4	190	33	14	25	25	1.95
176569--176807	130	1.9	128	82	1	307	36	12	24	27	1.91
176795--176862	28	2.4	28	92	4	111	26	17	30	25	1.97
176713--176944	107	2.2	107	86	4	317	30	15	28	25	1.96
176820--176965	79	1.8	79	88	2	222	28	14	28	28	1.95
179298--179432	50	2.7	50	87	2	182	42	14	17	25	1.88
185562--185690	52	2.5	52	92	0	204	31	17	15	34	1.92
185562--185710	52	2.9	51	86	4	192	32	17	16	33	1.92
185699--185723	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
185787--185811	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
191067--191121	20	2.8	20	83	5	67	27	20	12	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191148--191200	20	2.7	20	82	2	63	37	15	15	32	1.88
191189--191213	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
191818--192245	155	2.8	155	81	4	458	26	17	17	38	1.92
193513--193843	158	2.1	156	79	4	366	36	22	19	21	1.95
193823--194627	149	5.4	149	80	3	818	39	20	17	22	1.93
193823--194627	296	2.7	296	84	1	1013	39	20	17	22	1.93
196659--197182	167	3.1	164	78	7	520	49	7	13	30	1.69
199103--199156	20	2.7	20	88	0	72	35	12	18	33	1.89
200245--200269	11	2.3	11	100	0	50	52	24	16	8	1.70
206957--207015	13	4.2	14	73	14	50	40	11	10	37	1.76
207027--207102	31	2.4	32	80	6	93	28	25	19	26	1.99
209859--210343	155	3.1	153	78	6	494	24	17	20	37	1.93
211226--211263	20	1.9	20	94	0	67	42	13	10	34	1.78
212368--212449	37	2.2	37	100	0	164	36	35	13	14	1.86
212549--212996	161	2.8	162	77	3	377	29	25	12	31	1.93
213667--213718	20	2.5	21	81	6	70	36	13	17	32	1.89
215099--215123	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
217208--217233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
217977--218002	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
219790--219828	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
221883--221913	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
223717--223761	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226662--226829	83	2.0	83	96	0	309	23	20	13	42	1.87
229649--229674	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
232192--232256	13	5.0	13	94	0	112	35	15	18	30	1.92
232192--232255	26	2.5	26	100	0	128	34	15	18	31	1.93
232242--232320	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
236157--236201	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
238424--238449	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
238955--238997	22	2.0	22	90	9	70	46	6	9	37	1.63
239145--239176	16	2.0	16	93	0	55	37	21	6	34	1.79
239218--239251	13	2.6	13	90	0	50	35	14	14	35	1.87
243579--243621	22	1.9	23	86	13	63	76	0	18	4	0.95
244580--244947	128	2.9	126	82	5	420	33	10	12	43	1.77
246663--246717	20	2.8	19	89	5	83	34	14	14	36	1.87
252909--252990	33	2.5	33	91	0	137	30	10	13	45	1.78
252961--253000	13	3.1	13	88	0	62	32	12	15	40	1.84
255242--255554	165	1.9	165	81	5	382	30	10	7	51	1.65
256132--256185	12	4.5	12	84	6	74	74	0	24	1	0.92
257876--258309	97	4.5	97	90	1	665	29	28	12	29	1.93
262598--262837	97	2.5	97	88	2	349	28	32	12	27	1.92
270924--270979	20	2.8	20	78	13	69	46	8	14	30	1.75
270923--270977	21	2.7	19	83	10	65	47	7	14	30	1.71
274117--274171	26	2.1	26	86	6	76	38	18	10	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276745--276769	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
283063--283088	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
283043--283106	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
283043--283113	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
285596--285620	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
287691--287721	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
289525--289569	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
291787--291812	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
291767--291830	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
291767--291837	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
292821--292921	43	2.3	43	96	0	184	30	17	22	28	1.97
292903--292962	21	3.0	21	82	7	79	35	15	13	36	1.86
293833--294163	105	3.0	112	74	14	308	43	10	8	37	1.69
295580--295620	19	2.2	18	86	4	55	58	9	0	31	1.31
296693--296773	22	3.7	22	67	6	58	53	0	1	45	1.08
297204--297245	18	2.4	18	84	11	52	69	0	2	28	1.01
298898--298938	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
299057--299096	19	2.0	20	85	4	55	37	2	0	60	1.11
299754--299785	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
299759--299815	18	2.8	21	72	25	59	47	0	0	52	1.00
305210--305236	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
305225--305273	19	2.6	19	96	0	89	24	14	20	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305191--305255	32	2.0	33	87	3	96	27	15	15	41	1.87
305609--305634	13	2.0	13	100	0	52	7	7	15	69	1.35
306927--306952	12	2.2	12	100	0	52	46	0	30	23	1.53
313288--313355	34	2.1	32	83	10	84	45	0	22	32	1.52
316220--316259	20	2.0	20	85	9	55	22	17	10	50	1.76
316868--317611	59	12.4	59	85	5	901	25	18	28	27	1.98
316868--317609	120	6.2	120	85	3	951	25	19	28	27	1.98
318583--318620	9	4.1	9	89	3	58	0	15	0	84	0.63
318589--318643	23	2.4	23	82	11	60	0	9	5	85	0.74
318615--318667	10	5.3	10	81	4	54	3	1	11	83	0.87

Tables:   1   2   3