genome.fa.s765.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold765
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  464481

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 313 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
334--386	20	2.7	20	85	8	72	41	16	13	28	1.86
2184--2320	68	2.0	68	98	0	265	40	9	18	31	1.83
3656--3681	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6223--6261	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
6247--6325	20	3.7	20	76	15	77	45	15	12	26	1.82
10174--10218	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
12432--12457	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
18619--18768	28	5.4	27	75	4	111	26	18	22	32	1.97
18806--18886	28	2.9	28	81	3	101	32	16	17	34	1.92
23327--23362	17	2.1	18	89	5	56	16	5	13	63	1.47
24297--24346	22	2.3	22	85	0	73	34	20	12	34	1.89
24958--25022	24	2.6	25	70	15	64	40	0	3	56	1.15
26035--26074	19	2.0	20	85	4	55	52	7	7	32	1.58
26250--26329	16	4.9	16	80	7	81	57	8	1	32	1.37
26360--26390	14	2.2	14	94	0	53	22	16	25	35	1.94
26622--26669	16	2.9	16	84	6	69	56	12	0	31	1.37
29389--29420	14	2.3	14	94	0	55	46	0	0	53	1.00
31032--31058	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
37484--37544	26	2.2	28	83	11	74	50	0	0	49	1.00
38077--38107	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
38212--38257	18	2.6	18	83	10	58	56	0	2	41	1.11
38628--38663	18	1.9	19	88	5	56	44	2	0	52	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38612--38780	11	16.1	11	65	19	51	42	1	0	55	1.11
38615--38703	45	2.0	46	80	10	103	44	1	0	53	1.07
38668--38732	32	2.0	33	90	3	105	49	0	0	50	1.00
38646--38779	16	8.7	15	68	15	69	41	0	0	56	1.10
38991--39048	25	2.3	25	81	3	62	46	0	3	50	1.18
38996--39083	16	5.6	15	75	20	65	40	0	6	52	1.28
38996--39083	33	2.8	31	81	13	85	40	0	6	52	1.28
39020--39083	16	4.1	16	78	13	71	39	0	9	51	1.34
39042--39093	14	3.6	14	79	10	52	36	0	7	55	1.29
45735--45777	22	2.0	22	81	9	52	41	4	4	48	1.44
49248--49286	18	2.2	18	86	9	53	30	0	2	66	1.05
50090--50129	21	1.9	21	85	10	55	42	15	10	32	1.79
50018--50218	105	1.9	105	90	0	321	39	11	14	34	1.83
51391--51415	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
53277--53323	19	2.5	20	83	13	55	61	4	0	34	1.15
62153--62283	50	2.6	50	100	0	262	32	11	16	39	1.85
63510--63666	44	3.5	45	87	6	212	5	36	4	54	1.43
67069--67218	75	2.0	75	100	0	300	41	10	18	29	1.84
70343--70380	19	2.0	20	84	5	51	47	0	0	52	1.00
70351--70410	25	2.4	24	83	5	66	40	1	1	56	1.19
70389--70425	14	2.7	14	88	12	51	40	0	0	59	0.97
70349--70417	25	2.9	25	71	16	65	40	1	1	56	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70396--70439	21	2.0	22	83	12	56	43	0	0	56	0.99
70411--70477	18	3.9	18	70	14	52	46	1	0	52	1.09
71232--71288	20	2.8	20	69	15	53	63	8	3	24	1.39
71385--71449	14	4.4	14	77	14	60	4	16	0	78	0.91
71384--71426	20	2.2	20	87	8	61	4	11	0	83	0.78
71384--71459	25	3.1	24	79	9	64	3	18	0	77	0.92
71393--71459	25	2.6	25	79	9	73	2	19	0	77	0.89
71434--71472	19	2.2	18	90	9	62	2	30	0	66	1.05
71406--71466	25	2.5	23	75	19	61	4	21	0	73	1.01
73958--74096	16	8.2	16	74	12	89	52	15	5	25	1.65
74037--74101	17	3.9	17	85	2	80	58	12	1	27	1.43
74037--74101	33	2.0	33	81	6	78	58	12	1	27	1.43
77130--77154	13	1.9	13	100	0	50	40	8	20	32	1.81
80254--80312	21	2.8	21	89	0	82	30	15	23	30	1.95
80278--80490	112	1.9	114	86	3	306	32	15	20	31	1.94
81149--81313	20	7.8	20	73	12	132	29	14	13	42	1.84
81149--81312	40	3.8	40	75	17	168	29	14	13	42	1.84
81138--81363	90	2.5	91	91	1	364	29	15	13	42	1.85
95328--95390	8	7.6	8	83	13	83	84	15	0	0	0.63
95320--95390	15	4.6	14	83	11	70	84	14	0	1	0.69
96439--96656	83	2.6	85	84	7	266	29	30	18	21	1.97
96439--96707	28	9.4	28	80	8	254	30	30	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97621--97788	20	7.9	20	73	18	126	30	16	12	40	1.86
97611--97836	91	2.5	91	87	2	321	30	17	11	40	1.85
99461--99489	10	2.7	11	94	5	51	34	10	0	55	1.34
102548--102729	80	2.3	80	82	1	204	28	26	10	34	1.89
103679--103774	34	3.0	32	79	8	108	28	27	12	32	1.93
106509--106555	21	2.3	20	85	7	67	42	14	19	23	1.88
107393--107521	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
107393--107541	52	2.9	50	87	7	208	28	18	19	33	1.95
107530--107554	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107599--107682	13	5.5	13	68	28	51	35	20	11	32	1.89
107608--107703	19	5.8	17	70	27	73	37	19	11	31	1.88
107594--107701	32	3.4	32	90	0	171	35	20	12	31	1.90
110599--113954	567	6.0	565	89	3	4980	41	13	20	24	1.88
114796--114847	20	2.6	20	81	0	59	34	19	13	32	1.90
116927--117153	118	1.9	117	83	6	289	28	6	11	54	1.59
116968--117193	118	1.9	118	81	4	269	31	5	8	53	1.55
117721--117776	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
117827--117878	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
124044--124081	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
126564--126619	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
126671--126734	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
126689--126714	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126671--126734	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
128063--128118	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
128170--128233	32	2.0	33	90	3	103	43	14	12	29	1.81
129111--129141	16	2.0	15	93	6	53	83	3	0	12	0.75
131907--131944	18	2.1	18	90	0	58	73	2	2	21	1.07
132044--132084	22	1.9	22	85	5	57	34	14	7	43	1.73
133845--133935	5	19.2	5	66	18	52	61	0	0	38	0.96
133841--133936	11	9.5	10	71	21	67	60	0	0	39	0.97
133857--133921	18	3.5	17	80	16	67	66	0	0	33	0.92
141092--141181	31	2.9	31	85	8	121	25	25	13	35	1.92
151986--152069	34	2.5	34	86	0	114	44	16	9	29	1.80
152132--152172	20	2.0	20	90	0	64	31	9	12	46	1.74
153552--153643	36	2.7	34	81	17	104	32	22	11	32	1.91
154103--154144	13	3.2	13	86	0	57	40	19	11	28	1.87
154190--154227	17	2.2	17	100	0	76	39	10	26	23	1.87
155910--156622	79	9.1	79	79	8	681	28	22	12	36	1.91
155910--156586	158	4.3	158	82	6	802	28	22	12	36	1.91
155910--156622	237	3.0	232	82	8	805	28	22	12	36	1.91
169667--170000	32	10.7	31	76	7	182	24	17	27	29	1.98
169690--170251	56	9.5	62	75	10	241	24	17	28	29	1.97
169834--170214	84	4.4	85	79	8	369	24	16	28	30	1.97
169847--170225	28	13.2	28	78	9	295	24	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169937--171332	84	16.8	84	77	8	374	27	14	30	26	1.95
170220--171369	27	41.6	27	80	6	760	28	14	30	25	1.95
170087--171373	55	23.3	54	79	8	722	28	14	30	26	1.95
169930--171266	56	24.1	55	78	8	656	27	15	30	26	1.96
170089--171391	82	15.7	82	76	8	651	28	14	30	26	1.95
170089--171373	27	46.4	27	79	7	750	28	14	30	26	1.95
172673--172741	21	3.3	22	84	11	83	7	10	5	76	1.14
178870--179183	157	2.0	157	100	0	628	33	24	14	26	1.94
180509--180571	13	4.9	13	76	18	53	82	3	11	3	0.90
181535--181921	61	6.4	61	81	2	386	26	25	17	30	1.98

Tables:   1   2   3