genome.fa.s765.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold765
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  464481

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 313 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182480--182516	13	2.8	13	95	0	65	43	16	10	29	1.82
182540--182617	20	3.8	20	84	6	95	46	10	10	33	1.72
184968--185545	79	7.3	79	79	4	603	28	21	12	36	1.91
184968--185571	158	3.8	158	83	3	671	28	22	12	36	1.91
184968--185545	237	2.4	235	83	5	689	28	21	12	36	1.91
188108--188380	150	1.8	147	79	5	316	32	9	9	48	1.68
189386--189504	17	6.9	18	72	18	92	37	0	0	60	1.09
189387--189508	8	14.4	8	69	24	58	39	0	0	59	1.09
189449--189497	11	4.2	12	73	26	52	36	0	0	63	0.95
190335--190360	7	3.7	7	100	0	52	38	15	15	30	1.88
190385--190420	17	2.1	18	89	5	56	5	91	2	0	0.49
198459--198505	18	2.6	18	83	6	51	10	46	0	42	1.38
198462--198580	42	2.8	42	88	5	177	13	44	0	42	1.43
201316--201365	18	2.7	19	80	20	70	54	0	0	46	1.00
204594--204629	16	2.2	17	90	5	56	27	8	0	63	1.23
206073--206151	32	2.5	32	77	6	81	49	2	0	48	1.14
206135--206173	20	1.9	21	85	15	55	61	2	0	35	1.10
206831--206865	5	7.0	5	100	0	70	40	0	60	0	0.97
212496--212601	55	1.9	55	86	3	151	54	2	5	36	1.39
214598--214705	51	2.1	51	92	0	180	34	12	23	29	1.92
214719--214832	50	2.3	50	81	4	140	33	9	28	28	1.89
214533--214912	129	2.9	129	84	7	486	35	11	23	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214773--215702	79	11.8	79	85	5	1001	34	12	23	29	1.91
214793--215702	236	3.9	236	86	3	1073	35	11	23	29	1.91
215557--215813	130	2.0	130	90	0	406	33	11	24	30	1.91
215636--215753	51	2.3	51	85	2	148	32	12	23	31	1.92
218157--218201	20	2.2	21	88	11	76	37	13	20	28	1.90
218162--218290	51	2.7	48	84	6	154	41	12	19	27	1.87
218214--218290	20	3.5	20	71	19	64	41	10	20	27	1.85
220845--220876	16	2.0	16	100	0	64	6	25	12	56	1.59
222055--222142	17	4.9	17	68	10	59	40	13	12	32	1.82
222056--222142	36	2.4	35	98	0	147	41	13	11	33	1.81
222064--222124	19	3.3	19	68	9	63	42	11	13	32	1.79
222073--222132	19	3.3	19	69	9	61	45	15	10	30	1.78
224108--224152	21	2.1	21	91	0	72	55	2	0	42	1.12
227041--227106	8	8.0	8	73	11	53	71	3	0	25	1.01
227054--227142	9	10.4	8	70	17	54	74	0	0	25	0.82
227041--227110	17	4.2	17	81	1	70	71	2	0	25	1.00
227054--227143	34	2.6	33	77	10	92	74	0	0	25	0.82
227068--227141	17	4.4	17	70	20	57	72	0	0	27	0.84
228031--228066	12	3.0	12	91	0	54	0	33	0	66	0.92
228029--228066	20	1.9	20	100	0	76	0	34	0	65	0.93
238688--239517	194	4.3	192	72	11	425	32	9	9	48	1.67
240455--240496	20	2.1	20	86	0	57	35	2	2	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244934--244990	15	3.7	15	85	4	69	57	1	3	36	1.26
244925--244991	31	2.2	31	81	5	82	55	1	7	35	1.37
245974--246005	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
246728--246767	21	1.9	21	85	10	55	25	5	0	70	1.08
247559--247602	2	22.5	2	88	4	63	45	2	0	52	1.13
247644--247670	14	1.9	14	100	0	54	51	25	0	22	1.48
247670--247700	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
252929--253100	78	2.2	79	87	5	242	30	18	26	25	1.98
253055--253128	28	2.6	28	89	0	103	29	20	27	22	1.98
252977--253176	107	1.9	106	82	5	251	33	16	25	25	1.96
253112--253227	51	2.3	51	87	3	162	31	12	25	30	1.93
255654--255727	20	3.7	20	94	0	121	44	9	14	31	1.77
255605--255775	90	1.9	89	89	1	261	41	12	16	29	1.85
259964--259998	12	2.9	12	91	0	52	25	0	22	51	1.48
260166--260220	20	2.7	20	81	15	60	49	10	7	32	1.65
261344--261396	20	2.6	21	88	11	83	39	11	18	30	1.86
261344--261417	21	3.6	21	87	7	89	37	12	18	31	1.88
261453--261571	51	2.3	52	89	1	186	28	16	13	41	1.87
261505--261542	20	1.9	20	94	0	67	28	18	7	44	1.78
265779--266208	156	2.8	156	81	4	519	36	19	18	25	1.94
268192--268713	166	3.1	165	73	10	447	48	8	11	31	1.69
270994--271024	16	1.9	16	93	0	53	51	9	12	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271967--272039	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
271985--272060	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
271967--272060	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
272099--272124	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
276186--276224	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
278231--278308	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
278295--278333	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
280785--280857	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
280803--280878	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
280785--280878	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
280917--280942	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
282639--282680	3	14.3	3	80	14	52	69	0	0	30	0.89
282639--282673	14	2.5	15	90	9	56	71	0	0	28	0.86
284363--284690	159	2.1	156	86	6	464	35	10	12	40	1.78
298843--299047	62	3.3	61	91	2	320	24	22	20	32	1.98
299065--299257	45	4.5	45	73	15	142	19	23	10	46	1.81
299076--299328	86	3.0	86	82	3	262	20	25	11	42	1.85
299495--299560	28	2.4	28	89	2	107	40	31	18	9	1.81
300033--300060	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
300014--300078	34	1.9	34	87	6	96	43	16	13	26	1.86
302518--303056	79	6.9	78	79	6	466	27	24	13	34	1.93
302518--303056	157	3.4	155	81	3	560	27	24	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302992--303106	50	2.3	51	85	7	162	28	29	8	33	1.87
304475--304656	61	3.0	60	85	3	231	35	13	27	23	1.92
304597--304909	52	6.0	52	77	3	281	37	14	24	23	1.92
304723--304910	103	1.8	104	83	3	254	38	14	22	23	1.92
304976--305458	32	14.8	33	77	6	389	21	16	29	31	1.96
304976--305468	65	7.6	62	75	10	352	21	17	30	31	1.96
304976--305454	97	4.9	98	76	5	434	21	16	29	31	1.96
304976--305453	162	2.9	160	76	9	477	21	16	29	31	1.96
305460--305521	32	2.0	31	90	6	99	32	14	33	19	1.92
306129--306196	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
306131--306193	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
306150--306174	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
306216--306241	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
308596--308725	54	2.5	50	77	7	143	32	23	10	33	1.89
308713--308785	26	2.7	27	81	10	87	26	31	19	23	1.98
308716--308787	28	2.6	29	81	16	91	25	31	20	22	1.98
308770--308989	52	4.3	50	79	12	189	28	25	13	33	1.93
308770--308955	52	3.6	52	85	8	215	27	24	13	34	1.93
308972--309048	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
309002--309219	78	2.8	77	77	8	210	26	29	15	28	1.96
315343--315445	36	3.2	36	62	28	93	26	26	19	28	1.99
315343--316464	55	19.9	55	86	7	1386	27	29	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315628--315711	27	3.1	27	64	16	73	27	29	21	21	1.98
315622--315708	28	3.1	28	65	15	81	27	28	19	24	1.98
315815--315897	27	3.0	27	60	16	62	28	30	19	21	1.98
315306--316428	231	4.9	229	87	7	1516	27	30	19	22	1.98
317301--317368	19	3.9	19	74	21	76	36	11	13	38	1.81
317303--317365	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
317408--317433	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
317388--317454	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
319822--320024	79	2.6	79	82	1	228	24	29	15	30	1.96
325452--327247	55	31.3	54	81	11	1637	27	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3