genome.fa.s86.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold86
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  313076

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142873--143197	163	2.0	161	82	5	395	25	25	18	31	1.98
143131--143273	61	2.4	58	87	8	198	30	23	14	30	1.95
143134--143293	61	2.7	60	84	9	177	29	26	15	28	1.96
143874--144041	48	3.4	51	80	5	182	29	14	14	41	1.85
146390--146799	79	5.2	78	78	6	344	27	22	13	35	1.92
159030--159060	11	2.8	11	95	0	53	19	0	0	80	0.71
159039--159412	151	2.6	143	76	10	402	40	9	9	40	1.70
158956--159347	151	2.6	149	82	5	495	39	9	9	40	1.71
159191--159448	140	1.9	140	80	4	315	43	10	7	37	1.68
160202--160247	24	2.0	23	91	4	74	2	19	0	78	0.86
160207--160246	11	3.5	11	86	3	53	2	20	0	77	0.88
160202--160250	22	2.2	23	85	3	64	2	20	0	77	0.87
165833--165887	23	2.6	20	77	8	56	38	16	12	32	1.86
168646--168835	91	2.1	92	94	3	339	44	11	11	32	1.76
168888--168930	21	2.2	19	83	8	50	37	13	6	41	1.72
172299--172357	17	3.4	16	74	21	57	1	25	1	71	1.05
172308--172355	13	3.8	12	79	15	53	2	25	2	70	1.09
172878--173173	149	2.0	149	85	5	400	55	9	11	23	1.64
178260--178287	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
178344--178402	19	3.5	17	73	26	54	37	16	11	33	1.86
178332--178402	32	2.2	32	90	5	108	36	16	12	33	1.87
178359--178383	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178371--178424	19	2.8	18	77	20	63	33	14	14	37	1.88
180547--180599	20	2.7	20	88	11	74	30	18	13	37	1.89
180629--180686	21	2.8	21	97	0	107	31	18	12	37	1.88
180691--180717	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
181254--181311	17	3.5	16	77	9	62	29	29	0	41	1.56
181288--181328	19	2.2	19	86	0	55	26	31	0	41	1.56
183027--183066	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49
183197--183221	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
189341--189407	33	2.0	33	88	5	100	32	16	11	38	1.85
189436--189492	19	2.9	19	86	5	69	38	17	12	31	1.87
189477--189503	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
190946--191034	20	4.7	19	81	13	103	39	12	14	33	1.84
190965--190995	16	1.9	16	100	0	62	38	16	12	32	1.86
190946--191014	36	1.9	36	93	0	120	39	11	14	34	1.82
191104--191159	21	2.7	21	97	0	103	37	14	16	32	1.88
191910--192067	52	3.0	52	81	5	194	34	14	25	25	1.94
191686--192060	165	2.3	164	87	2	545	36	14	24	25	1.93
191924--192106	52	3.5	51	77	5	163	33	14	25	26	1.95
191910--192126	104	2.1	103	80	6	233	36	13	24	25	1.92
192185--192272	43	2.0	43	82	0	104	27	20	25	27	1.99
192340--192681	32	10.7	32	71	11	211	21	19	29	29	1.98
192340--192681	96	3.6	96	83	4	379	21	19	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192861--192941	28	2.9	28	87	7	112	28	18	25	27	1.98
194276--194357	8	11.4	8	79	16	74	1	0	17	81	0.75
194268--194362	45	2.1	44	86	7	138	2	0	14	83	0.75
194299--194361	11	5.6	11	76	10	56	1	0	12	85	0.66
204603--204669	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
204623--204647	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
204711--204735	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
204744--204864	52	2.3	52	94	0	215	35	18	17	28	1.93
212039--212075	13	2.9	12	88	11	56	89	2	8	0	0.58
212039--212082	13	3.1	14	83	6	54	86	4	9	0	0.70
213066--213666	34	18.7	31	73	18	258	21	35	13	29	1.92
213061--213283	67	3.5	62	79	10	184	21	34	15	28	1.93
213076--213750	98	7.0	96	75	15	479	21	35	13	30	1.91
213220--213734	61	8.1	60	78	12	391	20	35	12	31	1.91
213160--213750	34	18.3	33	75	15	451	21	35	12	30	1.91
213737--214093	30	11.4	30	89	7	527	29	33	17	18	1.94
213737--214093	92	3.8	92	93	4	565	29	33	17	18	1.94
215302--215358	28	2.1	27	83	3	69	28	17	29	24	1.97
220985--221041	20	2.8	20	86	0	78	42	8	17	31	1.80
221007--221101	50	1.9	50	91	0	154	47	9	13	29	1.74
221682--221711	13	2.4	13	94	5	53	0	13	3	83	0.77
222248--222323	32	2.4	32	84	0	98	25	21	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222293--222768	28	16.6	28	86	5	441	23	18	29	27	1.98
222248--222769	56	9.0	56	85	5	508	24	18	29	27	1.98
222236--222768	84	6.1	84	85	4	553	24	18	29	27	1.98
224936--225007	21	3.5	21	77	7	67	40	11	16	31	1.84
225032--225093	22	2.9	21	78	9	63	38	9	14	37	1.79
229126--229419	154	1.9	157	86	3	425	39	20	15	24	1.92
230989--231051	30	2.1	30	100	0	126	50	6	20	22	1.70
231159--231354	98	2.0	98	100	0	392	23	13	17	45	1.83
231871--231900	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
231916--232019	20	5.6	20	75	18	91	28	17	16	37	1.91
231953--231979	13	2.1	13	100	0	54	29	18	14	37	1.91
231933--232075	33	4.1	33	77	13	135	31	17	15	35	1.91
231916--232019	53	2.0	52	84	5	138	28	17	16	37	1.91
231990--232039	19	2.6	19	87	9	66	40	18	18	24	1.91
232029--232056	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
232008--232075	34	2.0	34	85	5	93	33	16	14	35	1.89
234411--234536	51	2.5	51	88	5	184	29	27	10	32	1.90
234472--234695	76	2.9	76	84	6	236	27	28	14	29	1.95
234519--234695	76	2.3	78	88	4	261	27	28	15	29	1.96
234647--234743	51	1.9	51	93	0	167	35	19	7	38	1.79
234681--234960	79	3.5	79	78	5	287	30	23	11	35	1.90
234551--234825	130	2.1	128	85	3	365	29	24	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236243--236603	168	2.2	168	85	4	491	50	8	7	33	1.60
238218--238242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
238197--238259	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
238331--238356	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
238311--238378	33	2.1	32	89	8	102	35	14	16	33	1.89
241570--241601	16	2.0	16	100	0	64	56	6	25	12	1.59
242026--242121	19	5.7	18	68	26	68	34	12	18	34	1.89
242027--242129	32	3.2	32	88	0	170	33	12	19	33	1.89
242174--242201	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
242180--242220	21	2.0	21	90	0	64	31	12	14	41	1.83
248146--248183	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
250687--250736	19	2.5	20	83	3	66	34	22	16	28	1.95
250808--250833	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
250788--250855	33	2.1	32	91	8	111	35	14	16	33	1.89
253276--253314	20	2.0	20	94	0	69	48	5	7	38	1.54
254802--254848	21	2.2	22	84	3	60	27	6	6	59	1.46
261544--261612	33	2.1	33	86	5	95	39	17	11	31	1.85
261640--261726	20	4.8	19	73	20	78	36	14	13	34	1.86
261665--261726	33	1.9	32	86	3	88	38	12	14	33	1.84
264080--264121	21	2.0	21	86	9	59	45	0	23	30	1.53
272867--273065	107	1.9	108	87	3	294	29	25	14	31	1.95
283022--283094	1	73.0	1	77	0	74	89	8	0	2	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283022--283108	10	8.1	10	78	16	59	86	6	4	2	0.78
283022--283106	11	7.7	11	79	9	59	87	7	3	2	0.74
284068--284563	61	8.3	61	82	8	608	27	26	18	27	1.98
284097--284618	117	4.5	119	81	12	570	27	26	19	27	1.99
284065--284618	178	3.2	177	91	2	888	27	26	18	27	1.98
287780--287805	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
288215--289115	61	15.2	61	80	9	965	26	27	18	27	1.98
288219--289115	117	7.6	119	82	8	984	26	27	18	27	1.98
288211--289115	178	5.1	178	88	3	1299	26	27	18	27	1.98
289087--289179	37	2.5	38	82	3	125	17	31	17	34	1.93

Tables:   1   2   3