genome.fa.s86.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold86
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  313076

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1424--1524	50	2.0	51	98	1	195	11	28	17	41	1.85
11453--11527	20	3.8	20	85	7	107	38	13	16	32	1.87
11450--11527	40	2.0	39	92	2	129	38	14	15	32	1.87
18358--19044	85	8.3	84	75	10	380	20	27	14	37	1.92
17744--18593	435	2.0	435	98	0	1628	23	27	15	34	1.95
18833--18963	42	3.2	40	70	11	111	19	29	12	38	1.89
18819--19076	85	3.1	82	80	8	250	18	28	15	37	1.92
18819--19129	85	3.7	85	78	9	246	18	27	15	38	1.91
20141--20705	166	3.4	165	81	7	603	28	11	8	51	1.67
26164--26211	18	2.5	19	86	6	62	4	14	0	81	0.84
26171--26219	13	3.7	13	76	15	55	6	12	0	81	0.86
26171--26219	14	3.8	12	79	15	53	6	12	0	81	0.86
26622--27031	166	2.5	167	83	7	486	49	9	11	29	1.70
30758--31086	91	3.6	90	86	4	412	30	27	11	29	1.92
30787--31075	90	3.2	90	88	3	400	31	26	12	29	1.93
31458--31519	20	3.0	20	83	2	70	41	9	17	30	1.82
31576--31656	32	2.6	32	88	2	110	27	12	16	44	1.83
33520--33781	141	1.9	141	91	0	434	37	17	9	35	1.83
36225--36336	40	2.8	40	75	5	118	17	24	15	42	1.88
36206--36413	80	2.6	80	80	3	222	17	20	15	46	1.85
36677--36901	42	5.3	42	70	12	154	16	20	16	47	1.83
36589--36941	85	4.2	85	83	3	372	19	21	14	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36719--36859	43	3.3	43	73	13	146	15	19	15	49	1.79
36798--37095	154	1.9	154	83	1	382	19	21	12	46	1.82
38195--38956	332	2.3	331	81	6	850	30	12	8	48	1.71
38198--39028	166	5.0	166	80	5	676	30	12	9	48	1.71
40935--41489	148	3.8	145	78	6	517	24	15	20	39	1.91
43428--43453	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
44151--44194	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
45998--46022	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
48100--48130	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
49935--49979	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
52206--52231	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
54046--54093	16	3.0	15	82	11	51	14	22	6	56	1.61
58924--59118	34	5.7	34	86	6	259	18	34	12	34	1.88
58924--59138	105	2.1	103	83	7	265	19	35	11	33	1.88
59120--59259	34	4.5	31	88	7	180	29	38	17	14	1.89
59252--59819	49	11.7	49	85	6	737	24	25	17	32	1.97
59252--59885	98	6.4	98	91	4	896	24	25	17	32	1.97
59549--59819	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
59733--60116	67	6.7	55	72	14	264	24	23	14	37	1.93
59733--60127	171	2.3	171	94	1	691	24	24	14	36	1.93
60913--60978	20	3.7	20	73	26	83	37	12	15	34	1.84
60914--61013	33	3.0	33	94	0	164	36	12	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60934--60991	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
61114--61201	44	2.0	44	95	0	158	35	19	18	27	1.95
66134--66288	68	2.3	68	95	0	274	22	9	23	44	1.82
68330--68552	103	2.2	103	83	4	281	39	11	19	30	1.87
70661--70708	18	2.7	17	81	9	53	4	10	4	81	0.97
74838--74882	21	2.1	21	95	0	81	35	20	8	35	1.84
74869--74893	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
82087--82145	12	5.0	11	82	12	55	83	11	5	0	0.81
82111--82148	14	2.6	15	87	4	60	89	10	0	0	0.49
82088--82148	18	3.4	18	80	10	72	85	9	4	0	0.74
83094--83851	31	23.9	32	78	9	211	21	32	13	32	1.92
83130--83857	62	11.5	62	75	15	596	21	33	13	32	1.91
83160--83504	31	10.0	37	82	11	243	20	32	11	35	1.89
83132--83850	171	4.5	169	79	11	595	21	33	13	32	1.92
83355--83504	74	2.1	70	85	7	194	18	32	11	37	1.87
83567--83850	89	3.1	88	86	9	406	21	34	14	29	1.93
83865--84018	32	4.7	33	88	8	226	29	33	19	17	1.95
83865--84018	66	2.4	65	91	5	240	29	33	19	17	1.95
84027--84307	52	6.0	43	78	11	202	24	25	18	31	1.97
84014--84317	92	3.2	92	82	7	360	24	25	17	32	1.97
84159--84308	52	2.9	52	93	0	255	22	24	18	35	1.96
89839--90293	146	3.0	146	77	10	357	37	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90003--90304	158	1.9	158	83	7	398	38	12	18	30	1.88
93706--94235	79	6.7	78	79	6	507	37	13	21	27	1.91
93706--94240	160	3.4	156	82	8	595	37	13	21	27	1.90
94094--94143	27	1.9	25	84	8	64	34	18	24	24	1.96
96604--96722	51	2.3	51	88	4	168	37	12	17	31	1.87
98193--98641	62	7.1	62	74	10	263	34	17	21	26	1.95
98148--98912	189	4.1	192	74	13	621	34	17	22	25	1.96
98148--98912	128	6.1	126	75	12	625	34	17	22	25	1.96
98527--98739	113	1.9	113	89	0	327	34	18	21	25	1.96
98465--98809	175	2.0	170	82	8	417	33	17	23	25	1.96
98640--98912	66	4.3	63	81	7	293	32	19	23	25	1.97
99587--99659	20	3.7	20	80	15	80	2	8	6	82	0.94
99596--99668	14	5.1	14	75	21	64	2	5	8	83	0.88
99588--99659	21	3.6	20	77	11	76	2	6	6	83	0.90
99588--99668	39	2.1	37	84	8	101	2	6	7	83	0.87
100825--100945	51	2.4	51	87	1	172	28	19	12	39	1.88
101875--102336	62	7.3	62	83	7	527	34	16	23	25	1.95
101875--102541	128	5.4	125	77	10	588	34	17	22	25	1.96
101842--102333	190	2.6	189	86	5	632	34	16	23	25	1.96
102221--102442	113	2.0	114	85	4	306	36	17	21	25	1.95
102370--102541	62	2.8	61	83	3	211	33	19	20	26	1.96
104450--104567	51	2.3	51	88	4	177	28	19	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106311--106771	62	7.3	62	81	7	516	33	16	24	26	1.96
106310--107041	128	5.9	126	77	12	587	34	16	23	25	1.95
106280--107041	190	4.1	189	75	12	601	33	16	23	25	1.96
106280--107041	127	6.1	126	78	9	728	33	16	23	25	1.96
106770--107041	61	4.3	64	80	8	306	35	16	22	25	1.95
107755--107789	16	2.1	17	89	5	54	2	0	14	82	0.77
107762--107826	8	8.4	8	69	24	50	3	3	9	84	0.83
107760--107826	29	2.3	29	87	5	91	2	2	10	83	0.86
107753--107826	15	4.9	15	79	15	82	4	2	10	82	0.90
109211--109269	19	3.0	18	78	14	55	25	11	20	42	1.86
109928--109973	21	2.2	21	84	7	58	26	30	4	39	1.75
110801--110830	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
114739--114783	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
116965--117023	19	3.0	18	78	14	55	25	11	20	42	1.86
117854--117992	50	2.7	51	84	1	181	27	16	14	41	1.87
119851--119904	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
119933--119988	19	2.9	19	86	2	76	35	17	14	32	1.90
119973--119999	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
123589--123626	20	1.9	20	94	0	67	36	10	10	42	1.74
123593--123656	33	1.9	33	87	6	94	32	12	10	43	1.77
128524--128564	10	4.1	10	84	12	57	17	0	26	56	1.41
128534--128564	11	2.9	11	95	4	55	16	0	29	54	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128526--128564	21	1.9	21	89	5	62	15	0	28	56	1.40
128865--129341	79	6.1	80	80	6	476	27	26	12	32	1.93
128865--129394	158	3.4	155	80	4	580	27	26	12	33	1.92
141687--141774	1	88.0	1	72	0	50	84	5	5	4	0.88
141735--141774	15	2.4	17	88	12	57	87	0	12	0	0.54
141687--141774	17	5.1	16	79	14	68	84	5	5	4	0.88
142695--143034	61	5.6	61	83	0	421	25	24	18	31	1.98
142993--143076	42	2.0	42	97	0	159	19	29	21	29	1.97
142933--143134	103	2.0	102	88	1	296	23	26	20	29	1.99
143035--143227	61	3.2	61	83	5	212	25	25	18	29	1.98

Tables:   1   2   3