genome.fa.s88.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold88
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1260485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

This is table  2  of  8  ( 920 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103925--104007	8	10.9	8	75	16	70	39	0	1	59	1.05
103969--104054	28	3.1	28	79	11	79	32	0	2	65	1.06
104598--104640	19	2.3	19	79	0	50	34	2	0	62	1.08
104693--104753	19	3.2	19	71	15	54	49	0	0	50	1.00
111406--111442	14	2.4	16	78	21	51	43	0	0	56	0.99
113107--113139	14	2.3	15	89	5	50	24	0	0	75	0.80
114539--114945	170	2.4	172	78	5	423	32	16	13	36	1.88
114868--115174	168	1.8	166	85	3	436	34	13	14	37	1.85
115960--116300	188	1.8	187	79	6	402	35	16	12	36	1.86
119367--119407	2	20.5	2	84	0	55	43	51	4	0	1.23
119409--119433	7	3.6	7	100	0	50	72	28	0	0	0.86
126857--126886	12	2.5	12	94	0	51	53	3	0	43	1.17
127754--127866	49	2.3	49	79	10	115	47	0	0	52	1.00
128905--128984	23	3.4	23	71	10	63	38	3	3	53	1.37
128984--129080	20	4.9	20	75	10	67	60	0	0	39	0.97
129020--129083	9	6.8	9	78	15	58	62	0	0	37	0.95
135382--135426	17	2.6	18	83	13	58	57	2	6	33	1.37
137571--137680	56	1.9	57	87	1	159	19	23	12	44	1.85
140750--140789	21	1.9	21	84	0	53	32	7	2	57	1.40
146001--146050	19	2.7	19	75	3	57	48	0	0	52	1.00
149039--149080	3	14.7	3	95	5	70	69	0	0	30	0.89
154697--154732	14	2.6	14	91	4	56	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154812--154893	17	4.6	17	70	24	55	41	1	3	53	1.26
156158--156186	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
156176--156372	93	2.1	93	98	0	376	26	17	7	47	1.74
156571--156636	20	3.2	20	81	14	64	48	0	0	51	1.00
157664--157696	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
159678--159714	18	2.1	18	89	0	56	45	0	0	54	1.00
160733--160805	5	14.2	5	73	8	58	47	4	2	45	1.36
160723--160807	37	2.3	37	95	0	152	47	3	4	44	1.41
162300--162343	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
163603--164120	275	1.9	278	91	3	848	28	21	20	29	1.98
167256--167293	18	2.1	18	100	0	76	31	23	5	39	1.77
167274--167357	43	2.0	43	85	0	114	39	22	9	28	1.85
169316--169365	19	2.7	19	76	14	59	42	0	0	58	0.98
169360--169400	20	2.0	21	86	13	59	60	2	0	36	1.10
171563--171593	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
171965--172005	7	5.6	7	85	8	55	85	0	14	0	0.60
172274--172314	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
177943--177972	4	7.8	4	92	7	53	23	0	0	76	0.78
177943--177972	11	2.6	12	94	5	53	23	0	0	76	0.78
178288--178358	35	2.0	35	97	0	133	29	8	15	46	1.75
179450--179514	22	3.0	22	82	8	64	60	0	0	40	0.97
179460--179517	22	2.6	21	84	10	71	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182025--182052	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
182651--182692	22	1.9	22	95	0	75	45	0	0	54	0.99
183028--183052	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
183539--183588	24	2.1	24	85	3	66	48	6	2	44	1.39
183904--183946	8	4.8	9	86	13	54	44	0	0	55	0.99
183928--183986	15	3.9	15	75	16	68	42	1	1	54	1.20
183961--184049	32	3.0	30	80	16	96	49	1	0	49	1.08
183986--184042	16	3.5	16	76	11	62	50	0	0	49	1.00
183969--184031	32	1.9	33	90	3	101	49	0	0	50	1.00
183979--184022	16	2.8	15	76	10	52	50	0	0	50	1.00
184334--184388	27	2.0	27	86	6	76	60	0	0	40	0.97
184787--184829	11	4.0	11	82	11	54	39	0	0	60	0.97
184778--184827	21	2.4	21	81	15	68	42	0	2	56	1.11
184880--184915	13	2.8	13	95	0	63	33	0	0	66	0.92
188544--188574	2	15.5	2	93	0	53	48	48	3	0	1.17
192591--192646	24	2.4	23	82	8	69	39	0	0	60	0.97
192594--192646	23	2.3	23	87	6	72	39	0	0	60	0.97
192775--192822	22	2.2	22	85	7	62	47	0	2	50	1.12
192912--192954	18	2.5	17	80	3	50	58	0	0	41	0.98
198124--198153	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
199001--199041	20	2.0	20	86	9	57	48	0	0	51	1.00
198974--199103	49	2.7	47	72	15	108	50	0	1	47	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199117--199154	16	2.4	16	90	0	58	47	5	0	47	1.24
204603--204697	49	1.9	49	93	0	163	41	13	11	33	1.81
205496--205554	24	2.3	26	83	16	70	45	0	1	52	1.10
215769--215810	22	1.9	22	90	9	68	40	0	0	59	0.97
217874--217903	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
218069--218121	23	2.3	23	81	9	56	45	1	3	49	1.31
219398--219495	12	7.1	15	74	15	54	40	0	1	58	1.05
219444--219523	25	3.3	24	70	19	60	36	0	1	62	1.03
220202--220244	21	2.2	19	88	12	61	30	0	2	67	1.03
220496--220563	30	2.3	30	85	5	95	45	0	0	54	0.99
220488--220576	34	2.9	30	80	8	81	44	0	1	53	1.07
220496--220566	29	2.5	28	84	6	97	45	0	0	54	0.99
220551--220581	5	6.0	5	92	7	53	58	0	0	41	0.98
220521--220588	35	1.9	35	82	5	84	52	0	0	47	1.00
220566--220606	21	2.0	21	85	0	55	53	0	0	46	1.00
220761--220791	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
221699--221761	18	3.5	19	68	20	55	65	0	0	34	0.93
221699--221814	20	5.9	19	69	13	65	62	0	0	37	0.95
221717--221808	15	6.3	14	71	18	55	60	0	0	39	0.97
221717--221814	11	9.4	11	69	20	50	61	0	0	38	0.96
222098--222158	31	2.0	31	90	0	95	40	0	0	59	0.98
222410--222441	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222491--222578	42	2.1	42	97	0	167	36	6	5	51	1.52
222868--222911	2	22.0	2	90	0	70	45	0	4	50	1.22
223349--223389	20	2.0	20	85	4	55	43	12	2	41	1.55
224073--224114	22	1.9	22	85	0	57	57	0	0	42	0.99
227083--227139	30	1.9	30	100	0	114	43	7	10	38	1.66
231524--231570	24	2.0	23	84	15	62	38	0	2	59	1.09
231543--231573	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
231561--231640	18	4.8	17	70	18	53	52	1	1	45	1.16
232682--232741	33	1.9	30	86	10	84	50	6	1	41	1.39
233225--233270	23	2.0	22	84	12	58	41	0	0	58	0.98
233346--233414	13	5.4	14	67	20	53	49	8	1	40	1.43
233425--233480	16	3.5	16	77	0	67	41	0	1	57	1.09
233603--233646	21	2.1	21	91	0	70	45	15	0	38	1.47
233903--233959	29	2.0	29	83	13	73	56	1	0	42	1.10
233906--233959	27	1.9	29	85	14	78	55	1	0	42	1.10
234055--234094	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
234474--234513	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
236274--236306	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
240531--240566	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
243048--243089	21	2.1	20	91	8	68	26	30	9	33	1.88
244752--244776	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
244993--245031	20	2.0	19	85	14	53	53	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245969--246018	26	2.0	25	84	11	66	52	4	0	44	1.20
246491--246525	18	1.9	18	88	0	52	54	0	5	40	1.24
246691--246729	19	2.0	20	85	5	53	51	5	0	43	1.24
247314--247355	20	2.1	20	90	0	66	35	0	4	59	1.19
247666--247759	38	2.4	40	79	12	113	39	0	3	57	1.15
247957--247999	20	2.3	18	84	8	50	37	0	0	62	0.95
248061--248105	22	2.0	23	83	12	58	42	0	0	57	0.98
250358--250400	2	21.5	2	90	0	68	44	0	4	51	1.22
252238--252287	26	1.9	26	91	0	82	56	4	22	18	1.58
252537--252589	2	28.5	2	78	14	60	52	3	0	43	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8