genome.fa.s88.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold88
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1260485

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743004--743029	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
745108--745326	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.82
745108--745326	102	2.2	101	91	1	357	25	7	26	40	1.82
749737--749955	34	6.5	34	85	2	280	25	7	26	40	1.82
749737--749955	102	2.2	101	91	1	357	25	7	26	40	1.82
757647--757757	50	2.2	50	95	0	195	29	19	18	31	1.96
764931--764974	20	2.2	20	83	0	52	52	0	6	40	1.28
765087--765117	16	1.9	16	100	0	62	83	3	12	0	0.75
765755--765779	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
778177--778244	26	2.5	28	76	13	70	51	2	0	45	1.16
778190--778249	26	2.3	26	85	8	77	51	1	0	46	1.10
778237--778287	22	2.3	22	83	10	59	54	3	0	41	1.19
778243--778294	25	2.1	25	85	7	70	55	3	0	40	1.18
781063--781105	19	2.3	19	79	0	50	62	4	2	30	1.28
781445--781499	16	3.4	17	76	16	62	45	0	0	54	0.99
781445--781518	17	4.5	17	75	23	61	44	0	0	55	0.99
781717--781765	21	2.4	20	77	16	55	51	0	0	48	1.00
784015--784046	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
790948--790990	19	2.3	19	84	8	52	41	0	4	53	1.21
791120--791204	44	1.9	44	95	0	152	35	1	2	61	1.17
791120--791194	22	3.4	22	69	20	66	34	1	2	61	1.18
793209--793276	22	3.1	22	76	16	70	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794584--794666	11	7.6	11	74	15	75	65	1	1	32	1.08
794593--794665	22	3.4	21	88	5	101	67	1	1	30	1.08
800200--800256	22	2.5	24	80	11	73	63	0	0	36	0.95
800199--800304	33	3.2	32	80	9	99	55	0	1	42	1.10
801222--801270	11	4.2	11	75	14	53	63	0	0	36	0.95
801222--801264	13	3.5	13	81	12	56	60	0	0	39	0.97
803015--803056	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
804575--804609	17	2.1	16	89	5	52	51	5	0	42	1.25
805010--805051	20	2.2	19	91	8	68	40	11	4	42	1.63
805017--805072	20	2.7	22	84	13	75	42	12	3	41	1.60
805328--805363	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
807580--807609	14	2.1	14	93	0	51	30	0	6	63	1.20
809135--809165	14	2.2	14	94	0	53	58	0	0	41	0.98
809233--809273	20	2.0	20	90	9	66	41	2	0	56	1.13
809737--809774	16	2.2	18	90	9	62	36	0	7	55	1.29
812503--812552	25	1.9	27	88	8	77	42	2	2	54	1.23
815049--815105	20	2.7	21	84	10	64	63	1	0	35	1.05
815221--815267	21	2.2	21	96	0	85	40	8	36	14	1.77
822664--822698	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
825048--825076	14	2.0	15	93	6	51	65	0	0	34	0.93
825550--825671	61	2.0	61	93	0	208	27	29	18	23	1.98
827623--827689	14	4.5	15	67	22	52	62	1	0	35	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827974--828006	16	2.1	16	94	5	59	51	0	0	48	1.00
828667--828722	10	5.7	10	89	4	87	39	3	0	57	1.16
828667--828722	19	2.8	20	91	5	96	39	3	0	57	1.16
828667--828742	30	2.6	29	87	2	98	40	5	1	52	1.32
828943--828999	15	3.8	14	71	15	51	45	0	1	52	1.11
828942--828999	23	2.5	23	76	15	66	44	0	1	53	1.10
829075--829122	24	2.0	24	88	8	71	68	0	0	31	0.90
829210--829258	14	3.6	13	81	8	53	48	0	2	48	1.12
829210--829263	21	2.7	20	77	5	63	51	0	1	46	1.11
832176--832236	8	7.9	8	78	17	67	50	9	0	39	1.35
832174--832245	6	12.0	6	84	0	81	48	8	0	43	1.33
832170--832242	14	5.2	14	89	0	101	49	9	0	41	1.35
833260--833290	10	2.9	11	90	9	55	54	0	0	45	0.99
833261--833337	31	2.5	30	72	2	73	49	3	3	42	1.39
833744--833777	16	2.0	18	88	11	54	70	0	0	29	0.87
833704--833835	57	2.3	59	76	13	141	60	1	0	37	1.11
833744--833777	9	4.0	9	88	11	54	70	0	0	29	0.87
833808--833846	20	2.0	20	85	10	53	61	0	0	38	0.96
834788--834822	17	2.1	17	88	0	52	45	0	0	54	0.99
834942--834966	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
834976--835014	10	3.8	10	83	6	51	66	0	2	30	1.05
834989--835021	11	2.8	12	90	4	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
834974--835014	21	2.0	21	85	0	55	65	0	2	31	1.05
835228--835267	18	2.2	18	86	0	53	35	0	2	62	1.09
835686--835908	16	14.4	16	73	13	148	53	0	1	44	1.11
835760--835819	13	4.8	12	75	20	52	46	0	0	53	1.00
835720--835799	21	3.6	21	77	14	72	52	0	1	46	1.08
835686--835837	22	6.7	22	67	24	77	53	0	0	46	1.05
835685--835900	31	7.0	30	73	15	149	53	0	1	44	1.11
836540--837040	81	6.2	80	75	8	372	34	19	20	25	1.96
836700--836989	159	1.8	159	84	3	395	35	19	19	25	1.95
836584--837156	240	2.4	240	93	0	957	34	20	19	25	1.96
838849--838899	23	2.3	22	80	10	59	49	0	3	47	1.20
840906--840956	15	3.6	14	75	20	52	45	0	0	54	0.99
840898--840956	22	2.7	22	77	12	68	44	0	0	55	0.99
840891--840946	22	2.5	22	82	5	67	42	0	0	57	0.99
841886--841928	22	2.0	23	81	9	54	30	4	0	65	1.13
842166--842209	21	2.0	22	91	4	72	56	0	0	43	0.99
842185--842273	28	3.0	28	76	13	90	56	1	0	42	1.06
842198--842286	31	2.9	32	82	11	91	56	1	0	42	1.06
842239--842293	11	5.5	10	75	14	51	52	1	0	45	1.11
843456--843522	30	2.2	30	91	0	107	43	7	0	49	1.31
846213--846270	28	2.1	28	90	0	89	46	3	5	44	1.42
853582--853609	12	2.3	12	100	0	56	7	0	25	67	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856991--857415	90	4.7	90	94	1	744	33	17	23	25	1.96
861871--861918	17	2.8	18	78	9	55	41	2	0	56	1.11
861953--862017	24	2.7	26	81	13	93	58	3	0	38	1.14
862752--862801	13	4.2	12	74	20	52	30	0	2	68	1.01
862756--862832	23	3.5	22	74	13	61	31	0	3	64	1.11
862753--862799	10	4.7	10	76	7	51	27	0	2	70	0.99
862753--862838	33	2.8	29	74	15	66	33	0	3	62	1.12
862874--862985	28	3.8	27	74	22	91	41	0	0	58	1.04
862911--862990	35	2.3	34	91	4	124	41	0	0	58	0.98
862817--862985	88	1.9	89	81	7	209	37	0	2	59	1.17
862890--863020	63	2.1	63	80	5	140	41	0	1	55	1.14
863005--863039	13	2.6	14	90	4	54	42	0	0	57	0.99
864263--864290	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
866211--866251	11	3.8	11	78	18	50	41	0	0	58	0.98
866268--866297	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
868234--868276	22	2.0	22	86	9	61	67	2	0	30	1.03
868782--868846	33	1.9	34	84	3	87	36	1	3	58	1.23
868802--868886	17	5.1	17	71	18	54	34	1	1	63	1.10
870661--870876	34	6.4	34	88	1	292	24	7	27	40	1.83
870661--870878	67	3.2	67	88	1	319	24	7	27	40	1.82
875288--875505	34	6.5	34	88	1	296	24	7	27	40	1.82
875288--875507	67	3.3	67	88	1	323	24	7	27	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876480--876517	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
878355--878385	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
881101--881131	14	2.2	14	94	0	53	35	22	9	32	1.87
881669--881696	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
881756--881782	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
881737--881801	18	3.6	18	75	8	60	43	0	0	56	0.99
881791--881832	21	2.0	21	90	9	68	40	0	0	59	0.97
885268--885383	58	2.0	58	100	0	232	37	12	18	31	1.88
885435--885501	28	2.3	29	80	9	75	64	0	0	35	0.94
890772--890799	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8