genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168104.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_35, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  465013

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 205 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825--882	26	2.2	26	93	0	98	31	18	22	27	1.97
1167--1217	26	2.0	26	88	0	75	29	13	27	29	1.94
1920--2004	44	1.9	44	82	0	107	15	29	29	25	1.96
3273--3309	19	1.9	19	88	0	56	16	13	45	24	1.83
10552--11092	171	3.2	170	79	3	509	25	26	25	22	2.00
17611--17704	45	2.1	45	84	4	118	19	31	26	22	1.97
24862--24968	45	2.4	46	81	7	121	19	25	34	20	1.96
24949--25049	45	2.2	46	77	8	109	23	27	25	22	2.00
25631--25906	148	1.9	147	84	6	369	25	21	29	23	1.99
26111--26498	171	2.3	171	80	2	395	24	23	24	27	2.00
26434--26804	158	2.3	159	77	4	374	21	24	26	27	1.99
32394--32509	45	2.6	45	81	2	144	23	24	33	18	1.97
32738--32858	45	2.7	44	79	5	125	21	25	33	19	1.97
37935--37977	20	2.1	21	95	4	79	16	13	39	30	1.87
39050--39341	150	2.0	149	81	4	347	24	25	28	21	1.99
39439--39807	171	2.2	171	80	1	400	22	25	26	25	2.00
39491--39878	171	2.3	171	79	0	416	23	23	25	26	2.00
39833--40190	158	2.3	158	80	4	366	20	24	25	28	1.99
47859--47989	68	1.9	68	88	0	199	22	36	28	12	1.90
47939--48127	90	2.1	90	84	3	245	23	30	26	19	1.98
49151--49443	158	1.9	158	85	0	415	22	27	25	24	2.00
48958--49796	343	2.4	342	80	6	904	23	26	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49508--49859	157	2.2	156	81	3	395	23	26	25	24	2.00
49573--49949	157	2.4	157	80	6	379	22	26	24	26	2.00
54251--54993	370	2.0	370	84	2	981	20	27	21	29	1.98
55731--55833	45	2.3	44	80	5	125	19	24	27	29	1.98
55748--55852	45	2.3	45	81	0	120	24	28	20	25	1.99
65455--65480	9	2.9	9	100	0	52	53	11	11	23	1.69
68686--68732	19	2.5	19	83	10	53	70	4	0	25	1.05
68719--68757	12	3.2	12	89	7	60	69	12	0	17	1.19
68712--68760	25	2.0	25	84	7	66	71	10	0	18	1.13
69552--69612	30	2.1	29	90	6	97	67	3	3	26	1.22
69753--70098	39	8.9	39	82	4	335	40	23	12	23	1.88
69753--70098	115	3.0	115	84	4	437	40	23	12	23	1.88
69779--70095	76	4.1	77	81	4	356	41	23	11	23	1.87
75993--76378	158	2.4	157	81	4	409	27	27	26	18	1.98
76907--77178	149	1.8	152	86	2	406	22	25	25	27	2.00
78049--78590	45	12.0	45	72	5	193	19	27	29	22	1.98
78353--78566	90	2.4	90	76	3	214	21	26	28	23	1.99
78228--78599	135	2.8	134	73	2	334	20	27	28	23	1.99
78536--78668	67	2.0	68	90	1	214	15	27	34	22	1.94
79178--79220	22	2.0	22	100	0	86	11	23	46	18	1.82
92526--92579	26	2.1	26	86	6	74	38	18	14	27	1.90
105928--106014	45	1.9	45	85	0	120	18	36	27	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128964--129015	24	2.2	24	85	0	68	25	42	15	17	1.88
131882--131993	45	2.5	45	84	5	138	21	27	23	27	1.99
140083--140136	26	2.1	26	96	0	99	31	18	24	25	1.97
140109--140401	158	1.9	158	84	1	399	25	26	26	20	1.99
141157--141436	45	6.2	45	74	2	213	17	26	32	23	1.97
141350--141447	45	2.2	45	81	0	106	19	28	30	21	1.97
141537--141740	90	2.3	90	80	3	239	19	28	31	21	1.97
141585--141729	45	3.2	45	66	11	107	17	26	33	22	1.96
141756--141853	45	2.2	45	79	3	108	17	36	27	18	1.93
142356--142410	22	2.5	22	93	0	92	12	25	29	32	1.93
142562--142599	19	2.0	19	89	0	58	18	13	44	23	1.85
149947--150182	130	1.8	130	84	0	328	22	27	22	27	1.99
151544--151640	45	2.2	45	81	5	115	14	28	32	23	1.94
151601--151721	45	2.7	45	80	2	118	20	30	28	20	1.98
151656--151752	45	2.2	45	80	0	104	23	25	27	22	2.00
151740--151783	21	2.1	21	95	0	79	38	38	6	15	1.75
156839--157051	89	2.4	90	80	3	214	23	30	25	20	1.98
156790--157113	45	7.2	45	72	4	170	21	30	26	21	1.99
164828--165052	45	5.0	45	69	5	159	20	26	31	21	1.98
164855--165122	45	6.0	45	74	1	223	19	27	31	21	1.98
164598--165099	90	5.6	90	80	2	443	19	28	29	21	1.98
175063--175448	158	2.4	156	80	3	434	25	26	28	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175064--175500	158	2.8	158	79	1	392	24	26	28	21	1.99
178586--178622	19	1.9	19	89	10	58	37	10	27	24	1.88
180186--180719	45	11.9	45	74	2	228	19	29	29	21	1.98
180641--180738	45	2.2	45	84	0	124	18	28	30	22	1.97
193064--194681	825	2.0	825	88	1	2445	29	18	24	27	1.98
195337--195623	158	1.8	158	79	4	337	27	25	22	23	2.00
195666--195716	26	2.0	26	92	7	86	33	19	19	27	1.96
196044--196364	149	2.1	150	83	0	392	22	27	22	27	1.99
196933--197024	45	2.0	45	83	4	114	18	33	28	19	1.95
202977--203326	90	3.9	90	79	5	341	21	27	28	22	1.99
203121--203262	45	3.2	45	64	7	108	21	30	27	21	1.98
202977--203326	180	1.9	180	81	3	418	21	27	28	22	1.99
213450--213757	158	1.9	158	81	2	368	24	24	27	23	2.00
216437--216778	156	2.2	156	82	4	384	25	28	26	19	1.99
216353--216778	159	2.7	156	79	4	417	26	27	26	19	1.99
216816--216852	19	1.9	19	94	0	65	35	10	29	24	1.89
217214--217534	149	2.1	150	83	0	383	22	27	23	26	1.99
218418--218607	45	4.2	45	73	7	161	18	30	30	21	1.97
218741--218910	45	3.8	45	75	3	162	17	26	32	23	1.96
218701--218867	90	1.9	90	82	2	210	19	25	32	22	1.98
218417--218924	135	3.8	134	75	3	428	19	28	30	21	1.97
232558--232611	26	2.1	26	85	0	72	38	18	14	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234734--234885	45	3.4	45	82	5	146	24	30	25	20	1.99
242332--242436	45	2.3	45	81	3	113	20	34	25	20	1.96
242258--242555	162	1.8	161	83	5	395	21	29	26	21	1.99
250914--251226	150	2.1	150	84	0	403	23	28	21	26	1.99
250959--251233	149	1.8	150	85	0	390	23	27	22	26	2.00
251809--251901	46	2.0	45	81	6	107	19	33	27	19	1.96
257947--257979	14	2.4	14	94	0	57	39	15	24	21	1.91
258214--258267	26	2.1	26	89	6	83	31	16	22	29	1.96
259507--259616	45	2.4	45	81	3	123	20	33	22	22	1.97
261289--261320	16	2.0	16	93	0	55	28	0	40	31	1.57
280279--280322	19	2.3	19	92	0	70	34	20	11	34	1.88
281795--282094	158	1.9	158	81	2	361	23	24	30	22	1.99
282523--282816	149	2.0	150	84	3	387	21	30	22	25	1.99
283841--284013	91	1.9	90	82	3	213	21	26	30	21	1.99
284182--284377	90	2.2	90	83	0	230	21	27	27	23	1.99
284314--284401	45	2.0	45	88	0	131	14	29	32	22	1.94
284315--284411	45	2.2	45	84	0	122	15	30	31	21	1.94
284347--284479	68	2.0	68	87	3	196	12	30	35	21	1.91
284685--284770	44	2.0	44	83	4	111	22	37	23	17	1.94
323799--323857	26	2.2	27	78	6	66	61	5	5	28	1.39
324084--324135	22	2.4	22	80	6	61	23	17	34	25	1.96
326430--326673	123	2.0	122	95	0	434	26	20	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326652--326764	45	2.5	45	86	0	172	30	23	27	17	1.97
346599--346711	45	2.5	44	78	7	113	24	26	28	20	1.99
353482--355007	181	8.5	183	75	7	721	41	9	8	40	1.68
353491--355114	176	9.1	177	76	8	1066	42	9	8	40	1.67
353899--355050	535	2.2	530	80	6	1308	43	9	7	38	1.66
355341--355395	20	2.8	20	73	24	55	40	9	5	45	1.59
355145--355817	178	3.7	179	76	9	620	41	9	6	42	1.63
356168--356487	160	2.0	160	79	3	349	37	7	8	46	1.63
356347--357546	182	6.7	178	73	9	492	39	8	8	42	1.66
356326--364289	181	44.6	179	75	8	4854	40	8	9	41	1.68

Tables:   1   2