genome.fa.s357.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168182.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_42, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251127

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3011--3059	6	8.2	6	79	0	53	26	0	44	28	1.54
3017--3059	12	3.6	12	83	0	59	25	0	46	27	1.53
3403--3527	18	6.9	18	72	13	105	32	36	4	26	1.77
3407--3449	21	2.0	21	90	0	68	25	46	2	25	1.65
3427--3528	33	3.0	34	81	5	134	34	34	4	26	1.78
10721--10773	26	2.0	26	100	0	106	50	11	7	30	1.65
11964--11996	16	2.1	16	94	0	57	39	6	18	36	1.75
17234--17262	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24920--24971	21	2.4	21	87	3	77	65	9	7	17	1.45
24920--24977	21	2.7	21	83	2	71	58	12	6	22	1.57
25654--25698	22	2.1	21	84	12	56	35	0	0	64	0.94
25778--25817	20	2.0	21	90	5	64	70	2	0	27	1.01
26196--26228	16	2.1	15	94	5	57	78	0	0	21	0.75
26195--26251	9	6.8	9	75	13	59	75	1	0	22	0.90
38643--38676	9	3.6	9	85	14	50	35	0	0	64	0.94
39718--39852	22	6.1	22	73	10	98	41	5	5	46	1.52
40000--40138	22	6.5	22	73	9	90	35	6	4	53	1.46
40065--40104	19	2.1	19	95	0	71	37	10	2	50	1.50
40096--40139	10	3.7	12	82	17	56	34	0	2	63	1.07
40203--40430	22	10.5	22	74	5	122	36	10	4	48	1.58
40203--40305	43	2.4	44	85	1	136	37	7	6	47	1.59
40236--40379	65	2.2	65	81	7	159	35	10	6	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40377--40437	11	5.5	11	73	11	54	36	9	0	54	1.34
40352--40437	44	2.0	44	90	0	136	36	11	0	52	1.38
40350--40441	22	4.2	21	82	9	105	35	14	0	50	1.43
40492--40537	22	2.1	22	84	8	58	41	8	6	43	1.61
40705--40749	14	3.3	14	72	27	51	33	6	0	60	1.23
41888--41924	18	2.0	19	89	5	58	62	5	5	27	1.39
42135--42174	2	20.5	2	89	5	64	47	0	0	52	1.00
43565--43709	36	4.1	36	92	7	242	11	16	7	64	1.47
50072--50110	18	2.2	18	85	0	51	41	17	2	38	1.64
50958--50990	16	2.1	16	94	0	57	39	6	18	36	1.75
55622--56126	57	8.7	58	83	5	500	34	14	7	43	1.73
55622--56126	116	4.3	114	78	7	498	34	14	7	43	1.73
58204--58246	20	2.2	20	83	8	52	72	2	4	20	1.14
59421--59451	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
67122--67173	21	2.4	21	87	3	77	65	9	7	17	1.45
67122--67179	21	2.7	21	83	2	71	58	12	6	22	1.57
67979--68018	20	2.0	21	90	5	64	70	2	0	27	1.01
68408--68448	22	1.9	22	90	5	66	68	2	0	29	1.03
80233--81010	47	16.9	47	76	11	557	28	11	20	39	1.87
80233--81022	138	5.8	138	76	13	634	28	11	20	40	1.87
80807--80888	42	2.0	42	90	0	128	24	9	21	43	1.83
81510--81559	23	2.2	23	92	0	82	66	10	6	18	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82302--82326	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
82305--82344	20	2.0	21	90	5	64	70	2	0	27	1.01
82350--82704	196	1.8	195	82	5	457	44	7	12	35	1.71
82350--82763	196	2.1	194	78	9	430	45	7	10	35	1.67
83576--83693	60	2.0	60	89	0	182	39	27	5	26	1.79
84116--84146	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
92776--92818	10	4.2	10	79	5	50	27	0	2	69	1.00
100765--100875	31	3.6	30	74	4	105	42	11	9	36	1.75
100751--100878	62	2.1	62	85	2	168	43	10	9	35	1.72
100964--101003	19	2.1	19	85	0	53	45	12	12	30	1.79
101017--101050	15	2.3	15	89	0	50	38	17	8	35	1.81
101331--101408	30	2.6	30	76	14	79	19	2	6	71	1.19
101464--101509	10	4.5	10	81	5	56	26	2	2	69	1.11
101331--101513	97	1.9	94	79	11	203	21	4	6	68	1.29
101465--101523	27	2.2	26	82	8	73	27	3	3	66	1.24
104517--104568	26	2.0	26	88	0	77	40	3	9	46	1.55
104528--104580	26	2.0	26	81	7	61	43	1	11	43	1.51
108259--108320	29	2.1	29	81	0	70	41	3	9	45	1.53
110202--110233	7	4.6	7	96	0	55	15	0	9	75	1.05
111064--111118	26	2.1	26	89	0	83	38	25	3	32	1.73
112708--112737	16	1.9	16	93	6	53	66	0	16	16	1.25
113720--113793	29	2.5	30	77	2	78	52	4	6	36	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119946--119998	25	2.2	25	83	6	65	26	1	5	66	1.25
121301--122048	47	15.4	48	75	13	449	37	22	11	28	1.89
121435--121577	70	2.0	70	95	0	259	37	24	11	26	1.90
121340--121667	165	2.0	165	85	6	441	37	24	12	26	1.90
121394--121621	117	1.9	117	83	4	289	37	23	12	25	1.91
121511--122062	93	5.9	93	79	8	550	38	21	11	28	1.88
121507--122087	47	12.4	47	77	10	489	37	21	11	28	1.89
121507--122065	140	4.0	140	80	8	584	37	21	11	29	1.89
122086--122323	49	4.9	49	89	1	329	38	23	10	26	1.88
132887--132917	5	6.2	5	92	0	53	0	0	16	83	0.64
132876--132917	15	2.7	15	88	3	57	2	0	11	85	0.68
134552--134603	23	2.2	24	83	10	63	25	1	7	65	1.30
137551--137575	12	2.1	12	100	0	50	48	0	16	36	1.46
138722--138750	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
142596--142660	32	2.0	32	100	0	130	18	6	24	50	1.69
145899--145940	6	6.5	6	84	15	57	0	45	21	33	1.52
145900--145949	21	2.4	21	100	0	100	0	42	24	34	1.55
145906--145934	15	1.9	15	100	0	58	0	41	24	34	1.55
148655--148684	13	2.2	14	94	5	53	90	3	6	0	0.56
148655--148684	14	2.1	14	93	0	51	90	3	6	0	0.56
155893--155938	23	2.0	23	100	0	92	34	21	21	21	1.97
161837--161987	81	1.9	81	97	0	284	42	14	9	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163512--163540	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
173723--173772	24	2.1	24	85	7	66	34	2	10	54	1.45
174062--174119	17	3.4	17	72	11	55	25	18	13	41	1.88
174063--174141	35	2.3	33	80	8	95	29	17	12	40	1.87
174346--174372	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
178010--178344	59	5.6	59	83	8	383	36	13	6	42	1.71
178365--178463	28	3.6	26	72	22	69	74	2	8	15	1.13
178369--178440	22	3.2	21	75	25	67	75	2	6	15	1.14
178399--178513	12	9.3	12	68	20	51	73	4	3	18	1.14
178404--178463	18	3.3	18	81	6	59	76	1	6	15	1.06
179318--179386	22	3.1	21	83	12	68	65	7	5	21	1.39
179487--179567	5	15.0	5	73	23	58	75	0	3	20	0.96
179487--179578	38	2.5	36	79	11	105	76	0	5	18	0.98
179513--179576	14	4.8	14	72	16	55	75	0	6	18	1.01
179790--179972	42	4.4	41	87	2	222	38	20	15	25	1.92
179790--179972	83	2.2	83	84	2	224	38	20	15	25	1.92
180969--181011	19	2.3	19	83	0	50	4	13	0	81	0.84
180981--181032	10	5.3	10	90	4	79	1	5	0	92	0.45
180981--181042	19	3.4	19	86	8	92	3	8	0	88	0.61
180981--181032	1	52.0	1	84	0	68	1	5	0	92	0.45
180981--181042	9	6.8	9	87	9	81	3	8	0	88	0.61
187906--188247	59	5.8	57	80	11	350	34	13	7	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187906--188175	117	2.3	119	90	3	420	35	14	8	42	1.75
188263--188354	18	4.9	18	70	23	57	75	2	6	16	1.11
188298--188365	6	11.3	6	70	17	52	77	1	4	16	0.99
188270--188356	33	2.5	35	80	17	92	74	2	5	17	1.11
188295--188429	16	8.8	16	68	21	67	73	2	3	20	1.10
188293--188370	18	4.3	18	77	7	70	76	1	5	16	1.02
189252--189308	24	2.4	23	77	16	62	68	3	5	22	1.25
189262--189307	23	2.0	24	86	4	67	69	4	4	21	1.24
189441--189515	9	7.9	10	71	23	56	74	0	1	24	0.89
189424--189517	6	15.0	6	77	16	84	75	0	2	22	0.91

Tables:   1   2